Колпащиков Дмитрий Михайлович

Колпащиков Дмитрий Михайлович
кандидат химических наук
профессор (исследователь), химико-биологический кластер

Преподаваемые дисциплины в текущем учебном году

  • Молекулярная биоробототехника/ Molecular biorobotics

Наименование направления подготовки и (или) специальности

Педагогический стаж

Общий стаж:
10 лет

Публикации

72
Статья
2020 год

Kolpashchikov D.M., Spelkov A.A. Binary (Split) Light-up Aptameric Sensors. Angewandte Chemie - International Edition. 2020. pp. In Press.

Статья
2020 год

Nedorezova D.D., Fakhardo A.F., Molden T.A., Kolpashchikov D.M. Deoxyribozyme-based DNA Machines for Cancer Therapy. ChemBioChem. 2020. Vol. 21. No. 5. pp. 607-611.

Статья
2020 год

Spelkov A.A., Goncharova E.A., Savin A.M., Kolpashchikov D.M. Bifunctional RNA-Targeting Deoxyribozyme Nanodevice as a Potential Theranostic Agent. Chemistry - A European Journal. 2020. Vol. 26. No. 16. pp. 3489-3493.

Статья
2020 год

Kovtunov E.A., Shkodenko L.A., Goncharova E.A., Nedorezova D.D., Sidorenko S., Koshel E.I., Kolpashchikov D.M. Towards Point of Care Diagnostics: Visual Detection of Meningitis Pathogens Directly from Cerebrospinal Fluid. Chemistryselect. 2020. Vol. 5. No. 46. pp. 14572-14577.

Тезисы
2020 год

БИВАЛЕНТНЫЕ ДНК-УСТРОЙСТВА ДЛЯ ИНГИБИРОВАНИЯ СПЕЦИФИЧНЫХ РНК ДЛЯ ТЕРАПИИ РАКА// СБОРНИК ТЕЗИСОВ VII МЕЖДУНАРОДНОЙ КОНФЕРЕНЦИИ МОЛОДЫХ УЧЕНЫХ: БИОФИЗИКОВ, БИОТЕХНОЛОГОВ, МОЛЕКУЛЯРНЫХ БИОЛОГОВ И ВИРУСОЛОГОВ // ПЛОЩАДКА ОТКРЫТЫХ КОММУНИКАЦИЙ «OPENBIO 2020»

Статья
2020 год

Горбенко Д.А., Шкоденко Л.А., Мальцева Ю.И., Рубель М.С., Штро А.А., Зарубаев В.В., Слита А., Колпащиков Д.М. Пероксидазоподобные дезоксирибозимы для детекции бактериальных и вирусных патогенов. Современные достижения химико-биологических наук в профилактической и клинической медицине: сборник научных трудов Всероссийской научно-практической конференции с международным участием (СПб, 3декабря 2020г.). 2020. Т. Часть 1. С. 253-259.

Тезисы
2020 год

Visual detection of pathogenic bacteria with peroxidase-like deoxyribozymes

Тезисы
2020 год

Бинарный сенсор для быстрых обнаружения и идентификации близкородственных видов микроорганизмов по рРНК на основе каталитического расщепления молекулы молекулярного маяка дезоксирибозимом 10-23

Тезисы
2020 год

Визуальная детекция бактериальных патогенов с использованием пероксидазо-подобных дезоксирибозимов

Статья
2020 год

Gomes de Oliveira A., Dubovichenko M.V., Vandzhoi D., Kolpashchikov D.M. RNA cleaving DNA Thresholder Controlled by Concentrations of miRNA Cancer Marker. ChemBioChem. 2020. pp. n/a.

Статья
2019 год

Chalenko K.P., Rotkevich M.S., Kolpashchikov D.M., Koshel E.I. Target selection protocol for DNA-machines development. BMC bioinformatics. 2019. Vol. 20. No. Suppl.1(SI). pp. 516.

Статья
2019 год

Nedorezova D.D., Fakhardo A.F., Nemirich D.V., Bryushkova E.A., Kolpashchikov D.M. Towards DNA Nanomachines for Cancer Treatment: Achieving Selective and Efficient Cleavage of Folded RNA. Angewandte Chemie - International Edition. 2019. Vol. 58. No. 14. pp. 4654-4658.

Статья
2019 год

Kolpashchikov D.M., Bakshi S., Zakharchenko A., Minko S., Katz E. Towards nanomaterials for cancer theranostics: A system of DNA-modified magnetic nanoparticles for detection and suppression of RNA marker in cancer cells. Magnetochemistry. 2019. Vol. 5. No. 2. pp. 24.

Статья
2019 год

Kolpashchikov D.M., Kikuchi N., Reed A., Gerasimova Y.V. Split Dapoxyl aptamer for sequence-selective analysis of nucleic acid sequence based amplification amplicons. Analytical Chemistry. 2019. Vol. 91. No. 4. pp. 2667-2671.

Статья
2019 год

Kolpashchikov D.M., Sun S., Dou H., Chuang M. Multi-labeled electrochemical sensor for cost-efficient detection of single nucleotide substitutions in folded nucleic acids. Sensors and Actuators, B: Chemical. 2019. Vol. 287. pp. 569-575.

Статья
2019 год

Kolpashchikov D.M., Mills D.M., Foguel M.V., Martin C.P., Trieu T.T., Kamar O., Calvo-Marzal P., Chumbimuni-Torres K.Y. Rapid detection of different DNA analytes using a single electrochemical sensor. Sensors and Actuators, B: Chemical. 2019. Vol. 293. pp. 11-15.

Тезисы
2019 год

ДЕТЕКЦИЯ ДВУХЦЕПОЧЕЧНОЙ ДНК MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS С ПОМОЩЬЮ ДНК-НАНОМАШИН

Тезисы
2019 год

Биосенсоры на основе G-квадруплексов как функциональный модуль в комплексном устройстве для быстрой детекции патогенов

Тезисы
2019 год

Deoxyribozyme-based gene therapy agents against Coxsackievirus

Тезисы
2019 год

Detection Of Double-Stranded Mycobacterium Tuberculosis Using Dna Nanomachine Based On Binary Deoxyribozyme Sensors

Тезисы
2019 год

DNA nanomachine suppressing the reproduction of Coxsakievirus B3 // Book of abstract of the second International school-conference for young researchers Smart Nanosystems for Life

Тезисы
2019 год

Development of deoxyribozyme DNA nanomachines for diagnostics and therapy

Тезисы
2019 год

Synthesis of nucleoside analogs for inhibition of HIV-1 RT

Тезисы
2019 год

The smart DNA-based biosensor as a new method for mRNA in vitro detection

Тезисы
2019 год

ОПТИМИЗАЦИЯ ДЕЗОКСИРИБОЗИМОВ ДЛЯ РАСЩЕПЛЕНИЯ ГЕНА ДОМАШНЕГО ХОЗЯЙСТВА DAD1

Статья
2019 год

Lyalina T.A., Goncharova E.A., Prokofeva N.Y., Voroshilina E., Kolpashchikov D.M. A DNA Minimachine for Selective and Sensitive Detection of DNA. Analyst. 2019. Vol. 144. No. 2. pp. 416-420.

Статья
2019 год

Reed A., Nedorezova D., Kikuchi N., Kolpashchikov D., Gerasimova Y. Real time monitoring of NASBA reaction using split hybridization probes. Abstracts of Papers of the American Chemical Society. 2019. Vol. 257. pp. 34.

Статья
2019 год

Kolpashchikov D., Nedorezova D., Spelkov A., Roldan C., Amanda C. Development of deoxyribozyme DNA nanomachines for diagnostics and therapy. Abstracts of Papers of the American Chemical Society. 2019. Vol. 257. pp. 161.

Тезисы
2019 год

Детекция двухцепочечной ДНК Mycobacterium tuberculosis с помощью ДНКнаномашин (Ломоносов 2019)

Тезисы
2019 год

Детекция двухцепочечной ДНК Mycobacterium tuberculosis с помощью ДНКнаномашин (КМУ)

Тезисы
2019 год

The First DNA-Machines Against Antibiotic Resistant Bacteria

Тезисы
2019 год

Target selection protocol for DNA-machines development

Тезисы
2019 год

СОЗДАНИЕ ТЕСТ-СИСТЕМЫ С ИЗОТЕРМИЧЕСКОЙ АМПЛИФИКАЦИЕЙ ДЛЯ ДЕТЕКЦИИ ПАТОГЕНОВ ЦНС В КЛИНИЧЕСКИХ ОБРАЗЦАХ

Тезисы
2019 год

Aptamer-Based Sensors for RNA Detection

Тезисы
2019 год

Target selection protocol for DNA-machines development

Статья
2018 год

Karadeema R.J., Stancescu M., Steidl T.P., Bertot S.C., Kolpashchikov D.M. The owl sensor: A 'fragile' DNA nanostructure for the analysis of single nucleotide variations. Nanoscale. 2018. Vol. 10. No. 21. pp. 10116-10122.

Тезисы
2018 год

DNA Nanomachine: New Approach for Cancer Treatment

Статья
2018 год

Bakshi S.F., Guz N., Zakharchenko A., Deng H., Tumanov A.V., Woodworth C.D., Minko S., Kolpashchikov D.M., Katz E. Nanoreactors based on DNAzyme-functionalized magnetic nanoparticles activated by magnetic field. Nanoscale. 2018. Vol. 10. No. 3. pp. 1356-1365.

Статья
2018 год

Mills D.M., Martin C.P., Armas A.M., Calvo-Marzal P., Kolpashchikov D.M., Chumbimuni-Torres K. A universal and label-free impedimetric biosensing platform for discrimination of single nucleotide substitutions in long nucleic acid strands. Biosensors and Bioelectronics. 2018. Vol. 109. pp. 35-42.

Тезисы
2018 год

Modeling of the DNA-nanodevices for inactivation of Influenza A Virus

Тезисы
2018 год

Modeling and optimizing DNA-Nanodevices for the Inactivation of Ifluenza A Virus

Тезисы
2018 год

Improvement of the deoxyribozymes 10-23 cleavage efficiency

Тезисы
2018 год

Evolution of hybridization based-biosensors to DNA nanorobots for biosensing and gene therapy

Тезисы
2018 год

Альтернативные подходы к терапии и детекции онкологических заболеваний

Статья
2018 год

Evangelista B.A., Kim Y.S., Kolpashchikov D.M. FaptaSyme: A Strategy for Converting a Monomer/Oligomer-Nonselective Aptameric Sensor into an Oligomer-Selective One. ChemBioChem. 2018. Vol. 19. No. 11. pp. 1123-1126.

Тезисы
2018 год

ДНК-нанороботы в клинической диагностике как способ обнаружения целевой РНК

Тезисы
2018 год

Real time detection of NASBA product by Split DNA aptameric sensor

Тезисы
2018 год

Real time detection of NASBA product by Split DNA aptameric sensor

Тезисы
2018 год

Creating a DNA computer using five interconnected NAND gates with a half-adder function

Тезисы
2018 год

dsDNA cleavage via deoxyribozyme DNA construct

Тезисы
2018 год

An alternative to real-time PCR

Тезисы
2018 год

Детекция одноцепочечной ДНК с помощью дезоксирибозимов

Тезисы
2018 год

Development and Optimization DNA Platform for Suppressing Cancer Cells

Статья
2018 год

dsDNA cleavage via deoxyribozyme DNA construct

Статья
2018 год

Kolpashchikov D.M. Evolution of Hybridization Probes to DNA Machines and Robots. Accounts of chemical research. 2018. Vol. 52. No. 7. pp. 1949-1956.

Статья
2018 год

Development and optimization DNA platform for suppressing cancer cells

Статья
2018 год

Lanchuk Y.V., Ulasevich S.A., Fedotova T.A., Kolpashchikov D.M., Skorb E.V. Towards sustainable diagnostics: replacing unstable H2O2 by photoactive TiO2 in testing systems for visible and tangible diagnostics for use by blind people. RSC Advances. 2018. Vol. 8. No. 66. pp. 37735-37739.

Тезисы
2017 год

DNA nanomachines for targeting nucleic acids in cancer cells

Статья
2017 год

Kolpashchikov D.M., Smith A.L. Divide and control: comparison of split and switch hybridization sensors. ChemistrySelect. 2017. Vol. 2. No. 19. pp. 5427.

Статья
2017 год

Kamar O., Sun S., Lin C., Chung W., Lee M., Liao Y., Kolpashchikov D.M., Chuang M. A mutation-resistant deoxyribozyme OR gate for highly selective detection of viral nucleic acids. Chemical Communications. 2017. Vol. 53. No. 76. pp. 10592-10595.

Тезисы
2017 год

Molecular DNA-nanorobots for the influenza virus therapy

Статья
2017 год

Kolpashchikov D.M., Gamella M., Zakharchenko A., Guz N., Masi M., Minko S., Iken H., Poghossian A., Schoning M.J., Katz E. DNA Computing Systems Activated by Electrochemically?triggered DNA Release from a Polymer?brush?modified Electrode Array. Electroanalysis. 2017. Vol. 29. No. 2. pp. 398-408.

Статья
2017 год

Kolpashchikov D.M., Kikuchi N. A universal split spinach aptamer (USSA) for nucleic acid analysis and DNA computation. Chemical Communications. 2017. Vol. 53. No. 36. pp. 4977-4980.

Статья
2017 год

Kolpashchikov D.M., Mills D.M., Calvo?Marzal P., Pinzon J.M., Armas S., Chumbimuni?Torres K.Y. A single electrochemical probe used for analysis of multiple nucleic acid sequences. Electroanalysis. 2017. Vol. 29. No. 3. pp. 873-879.

Статья
2017 год

Kolpashchikov D.M., Bengtson H.N., Homolka S., Niemann S., Reis A., Da Silva P., Gerasimova Y.V., Rohde K.H. Multiplex detection of extensively drug resistant tuberculosis using binary deoxyribozyme sensors. Biosensors and Bioelectronics. 2017. Vol. 94. pp. 176-183.

Статья
2017 год

Kolpashchikov D.M., Calvo-Marzal P., Chumbimuni-Torres K.Y. Nucleic acid detection using a universal electrochemical sensor for SNS differentiation. Revista ECIPeru Volumen. 2017. Vol. 14. No. 2. pp. 5-12.

Статья
2017 год

Bakshi S.F., Guz N.V., Zakharchenko A., Deng H., Tumanov A.V., Woodworth C.D., Minko S., Kolpashchikov D.M., Katz E. Magnetic Field-Activated Sensing of mRNA in Living Cells. Journal of the American Chemical Society. 2017. Vol. 139. No. 35. pp. 12117-12120.

Тезисы
2017 год

Translational Tools for Diagnostics and In Vivo Drug Testing of Non-Tuberculous Mycobacteria (NTM)

Статья
2017 год

Kolpashchikov D.M., Campbell E.A., Peterson E. Self-Assembling Molecular Logic Gates Based on DNA Crossover Tiles. ChemPhysChem. 2017. Vol. 18. No. 13. pp. 1730-1734.

Тезисы
2017 год

Translational Tools for Diagnostics and In Vivo Drug Testing of Non-Tuberculous Mycobacteria (NTM)

Статья
2017 год

Kolpashchikov D.M. Nucleic Acid Analysis Using Multifunctional Hybridization Sensors. Multidisciplinary Digital Publishing Institute Proceedings. 2017. Vol. 1. No. 8. pp. 773.

Статья
2017 год

Fedotova T.A., Kolpashchikov D.M. Liquid-to-gel transition for visual and tactile detection of biological analytes. Chemical Communications. 2017. Vol. 53. No. 94. pp. 12622-12625.

Повышение квалификации

Повышение квалификации
2018 год
Система оценивания результатов обучения в электронной информационно-образовательной среде университета

Российская Федерация, Санкт-Петербург