Студенты бакалавриата и специалитета ИТМО проходят обучение по индивидуальной образовательной траектории. Каждому первокурснику предстоит сделать собственный выбор среди ряда дисциплин и модулей, а также освоить фундаментальные модули, общие для каждой группы направлений подготовки.
Каждый студент магистерской программы Университета ИТМО обучается по индивидуальной траектории, которую определяет самостоятельно в два этапа:
1 этап - выбор типа магистратуры;
2 этап - выбор учебной траектории на основе элективных дисциплин и модулей, которые изучаются вместе с фундаментальными модулями образовательной программы.
Университет ИТМО носит статус научно-исследовательского университета России и является одним из крупнейших научных центров страны. Аспиранты ИТМО проводят научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы по заказу крупных предприятий, ведут совместные исследования с зарубежными компаниями и обучаются по программам двойных дипломов.