Иванов Артем Борисович

Тезисы

Модели машинного обучения в задаче генерации реалистичных синтетических метагеномных наборов данных

Статья

Абдурасулова И.Н., Чернявская Е.А., Иванов А.Б., Никитина В.А., Людыно В.И., Нартова А.А., Мацулевич А.В., Скрипченко Е.Ю., Бисага Г.Н., Ульянцев В.И., Дмитриев А.В. Изменения в таксономическом составе микробиома кишечника и их связь с биосинтезом и метаболизмом витаминов группы в у детей с рассеянным склерозом. Журнал эволюционной биохимии и физиологии [Zhurnal evoliutsionnoi biokhimii i fiziologii]. 2024. Т. 60. № 1. С. 114-134.

Статья

Zakharevich N.V., Morozov M.D., Kanaeva V.A., Filippov M.S., Zyubko T.I., Ivanov A.B., Ulyantsev V.I., Klimina K.M., Olekhnovich E.I. Systemic metabolic depletion of gut microbiome undermines responsiveness to melanoma immunotherapy. Life Science Alliance. 2024. Vol. 7. No. 5. pp. e202302480.

Статья

Khachatryan L., Xiang Y., Ivanov A., Glaab E., Graham G., Granata I., Giordano M., Maddalena L., Piccirillo M., Manipur I., Baruzzo G., Cappellato M., Avot B., Stan A., Battey J., Lo Sasso G., Boue S., Ivanov N.V., Peitsch M.C., Hoeng J., Falquet L., Di Camillo B., Guarracino M., Ulyantsev V., Sierro N., Poussin C. Results and lessons learned from the sbv IMPROVER metagenomics diagnostics for inflammatory bowel disease challenge. Scientific Reports. 2023. Vol. 13. No. 1. pp. 6303.

Тезисы

Разработка библиотеки алгоритмов извлечения признаков из групп полногеномного секвенирования метагеномных образцов

Тезисы

MetaFX: извлечение признаков для сравнительного анализа полногеномных метагеномных данных

Тезисы

Алгоритмы извлечения признаков из метагеномных данных полногеномного секвенирования и их визуализация на графе де Брейна

Статья

Olekhnovich E.I., Ivanov A.B., Babkina A.A., Sokolov A.A., Ulyantsev V.I., Fedorov D.E., Ilina E.N. Consistent Stool Metagenomic Biomarkers Associated with the Response To Melanoma Immunotherapy. mSystems. 2023. Vol. 8. No. 2.

Тезисы

Методы машинного обучения в задачах сравнительной метагеномики с применением омиксных данных

Тезисы

Cтатистический отбор признаков для классификации групп метагеномных образцов в программе MetaFast

Статья

Kaplina A., Zaikova E., Ivanov A.B., Volkova Y., Alkhova T., Nikiforov V., Latypov A., Khavkina M., Fedoseeva T., Pervunina T., Skorobogatova Y., Volkova S., Ulyantsev V., Kalinina O., Sitkin S., Petrova N. Intestinal microbiome changes in an infant with right atrial isomerism and recurrent necrotizing enterocolitis: A case report and review of literature. World Journal of Clinical Cases. 2022. Vol. 10. No. 29. pp. 10583–10599.

Статья

Ivanova V., Chernevskaya E., Vasiluev P., Ivanov A.B., Tolstoganov I., Shafranskaya D., Ulyantsev V., Korobeynikov A., Razin S.V., Beloborodova N., Ulianov S.V., Tyakht A. Hi-C Metagenomics in the ICU: Exploring Clinically Relevant Features of Gut Microbiome in Chronically Critically Ill Patients. Frontiers in Microbiology. 2022. Vol. 12. pp. 770323.

Статья

Попов В.В., Иванов А.Б. Статистический отбор признаков для классификации групп метагеномных образцов в программе MetaFast. Сборник трудов XI Конгресса молодых учёных (Санкт-Петербург, 4-8 апреля 2022 г.). 2022. Т. 2. С. 106-110.

Тезисы

Разработка методов построения и визуализации геномного контекста с учетом Hi-C связей в метагеномных данных

Статья

Шостина А.Д., Иванов А.Б. MetaCherchant: использование Hi-C связей при выделении геномного контекста из метагеномов. Альманах научных работ молодых ученых Университета ИТМО. 2022. Т. 2. С. 406-408.

Статья

Звягинцева Д.А., Иванов А.Б. Разработка метода выделения признаков из метагеномных образцов, основанного на раскраске графа де Брюина. Альманах научных работ молодых ученых Университета ИТМО. 2022. Т. 2. С. 258-261.

Статья

Иванов А.Б. Извлечение метагеномных признаков и машинное обучение для диагностирования воспалительных заболеваний кишечника. Альманах научных работ молодых ученых Университета ИТМО. 2022. Т. 2. С. 262-265.

Статья

Иванов А.Б. Методы машинного обучения в задачах сравнительной метагеномики с применением омиксных данных. Сборник трудов XI Конгресса молодых учёных (Санкт-Петербург, 4-8 апреля 2022 г.). 2022. Т. 2. С. 50-54.

Статья

Попов В.В., Иванов А.Б. Сравнение методов выделения признаков из метагеномов для решения задачи классификации воспалительных заболеваний кишечника. Альманах научных работ молодых ученых Университета ИТМО. 2022. Т. 2. С. 331-335.

Статья

Ivanov A., Barbitoff Y. Adding Context to Nonsense: Analysis of Sequence Properties at Plof Variant Sites. Институт биоинформатики. Сборник тезисов 2020/21. 2021. pp. 54.

Тезисы

Иванов А.Б. Методы выделения признаков из метагеномных данных для классификации воспалительных заболеваний кишечника // Сборник тезисов докладов конгресса молодых ученых. Электронное издание. – СПб: Университет ИТМО, 2021.

Статья

Ivanov A., Avdeyev P., Alexeev N. Scaffolding Based on Hi-C Reads and Neural Networks. Институт биоинформатики. Сборник тезисов 2020/21. 2021. pp. 21.

Статья

Olekhnovich E.I., Ivanov A.B., Ulyantsev V.I., Ilina E.N. Separation of donor and recipient microbial diversity allows determination of taxonomic and functional features of gut microbiota restructuring following fecal transplantation. mSystems. 2021. Vol. 6. No. 4. pp. e00811-21.

Статья

Abdurasulova I., Tarasova E., Matsulevich A., Ivanov A.B., Ulyantsev V., Bisaga G., Negoreeva I., Stoliarov I. Immunomodulating and phychomodulating role of intestinal microbiome in multiple scerosis. Журнал эволюционной биохимии и физиологии [Zhurnal evoliutsionnoi biokhimii i fiziologii]. 2020. Vol. 56. No. 7. pp. 727.

Тезисы

Иванов А.Б. Разработка и реализация алгоритма для диагностирования воспалительных заболеваний кишечника на основе неинвазивных клинических исследований // Сборник тезисов докладов конгресса молодых ученых. Электронное издание. – СПб: Университет ИТМО, 2020.

Статья

Абдурасулова И.Н., Тарасова Е.А., Серебрякова М.К., Иванов А.Б., Ульянцев В.И., Бисага Г.Н., Ильвес А.Г., Шкильнюк Г.Г., Негореева И.Г., Столяров И.Д., Суворов А.Н. Типы изменений микробиома кишечника при рассеянном склерозе и их связь с особенностями субпопуляционного состава иммунных клеток. Гастроэнтерология Санкт-Петербурга. 2020. № 1-2. С. 76.

Статья

Иванов А.Б. Алгоритмы сравнительного анализа серий метагеномных образцов с использованием графов де Брейна для библиотек метагеномных чтений. Аннотированный сборник научно-исследовательских выпускных квалификационных работ среди бакалавров и специалистов Университета ИТМО 2019. 2019. С. 65-69.

Тезисы

Алгоритмы сравнительного анализа серий метагеномных образцов с использованием графов де Брейна для библиотек метагеномных чтений