Иванов Артем Борисович

Статья

Ivanov A., Popov V., Morozov M., Olekhnovich E., Ulyantsev V. MetaFX: feature extraction from whole-genome metagenomic sequencing data. Bioinformatics. 2026. Vol. 42. No. 2. pp. btag018.. doi: 10.1093/bioinformatics/btag018

Статья

Олехнович Е.И., Строкач А.А., Канаева В.А., Морозов М.Д., Веселовский В.А., Зорук П.Ю., Иванов А.Б., Одорская М.В., Колдман С.Д., Колдман В.А., Климина К.М. Пролиферативный и транскриптомный ответ экспериментальной меланомы B16-F10 на модификацию микробиоты мыши пероральным введением Lacticaseibacillus rhamnosus K32 и Bifidobacterium adolescentis 150 [Proliferative and transcriptomic response of experimental B16-F10 melanoma to modulation of murine microbiota by oral administration of Lacticaseibacillus rhamnosus K32 and Bifidobacterium adolescentis 150]. Гены и клетки [Genes and Cells]. 2026. Т. 21. № 1. С. 33-51.. doi: 10.17816/gc678874

Статья

Serdiukov A., Dravgelis V., Smutin D., Taldaev A., Ivanov A., Adonin L., Muravyov S. Efficient and Verified Research Data Extraction with LLM. Algorithms. 2026. Vol. 19. No. 3. pp. 214.. doi: 10.3390/a19030214

Статья

Иванов А.Б., Шалыто А.А., Ульянцев В.И. Метод сравнительного анализа временных серий наборов данных, заданных в виде множества строк, с использованием графов де Брейна [Comparative analysis method for time series data objects represented as sets of strings based on de Bruijn graphs]. Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики [Scientific and Technical Journal of Information Technologies, Mechanics and Optics]. 2025. Т. 25. № 4. С. 718-726.. doi: 10.17586/2226-1494-2025-25-4-718-726

Тезисы

Разработка и применение алгоритмов машинного обучения для анализа, генерации и оптимизации гибридизационных зондов

Тезисы

Извлечение признаков из метагеномных данных и классификация образцов с помощью библиотеки MetaFx

Статья

Сердюков А.Н., Иванов А.Б. РАЗРАБОТКА И ПРИМЕНЕНИЕ АЛГОРИТМОВ МАШИННОГО ОБУЧЕНИЯ ДЛЯ АНАЛИЗА, ГЕНЕРАЦИИ И ОПТИМИЗАЦИИ ГИБРИДИЗАЦИОННЫХ ЗОНДОВ. Сборник трудов XIV Конгресса молодых ученых (Санкт-Петербург, 7-11 апреля 2025 г.). 2025. Т. не указано. № не указано. С. не указаны.

Статья

Иванов А.Б., Шалыто А.А., Ульянцев В.И. Методы извлечения k-меров и признаков из наборов метагеномных графов де Брейна на основе информации о классах образцов [Feature extraction methods for metagenome de Bruijn graphs collections based on samples classification information]. Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики [Scientific and Technical Journal of Information Technologies, Mechanics and Optics]. 2025. Т. 25. № 3. С. 545-553.. doi: 10.17586/2226-1494-2025-25-3-545-553

Статья

Сердюков А.Н., Иванов А.Б. Разработка и применение алгоритмов машинного обучения для анализа, генерации и оптимизации гибридизационных зондов. Альманах научных работ молодых ученых Университета ИТМО. 2025. С. 482-486.

Тезисы

SAMOVA.R: АВТОМАТИЧЕСКИЙ БЕНЧМАРКИНГ МЕТАГЕНОМНЫХ ПРОГРАММ НА СГЕНЕРИРОВАННЫХ ДАННЫХ

Статья

Абдурасулова И.Н., Чернявская Е.А., Никитина В.А., Иванов А.Б., Людыно В.И., Нартова А.А., Мацулевич А.В., Скрипченко Е.Ю., Бисага Г.Н., Ульянцев В.И., Дмитриев А.В. Изменения в таксономическом составе микробиома кишечника и их связь с биосинтезом и метаболизмом витаминов группы в у детей с рассеянным склерозом. Журнал эволюционной биохимии и физиологии [Zhurnal evoliutsionnoi biokhimii i fiziologii]. 2024. Т. 60. № 1. С. 114-134.. doi: 10.31857/S0044452924010098

Статья

Zakharevich N.V., Morozov M.D., Kanaeva V.A., Filippov M.S., Zyubko T.I., Ivanov A.B., Ulyantsev V.I., Klimina K.M., Olekhnovich E.I. Systemic metabolic depletion of gut microbiome undermines responsiveness to melanoma immunotherapy. Life Science Alliance. 2024. Vol. 7. No. 5. pp. e202302480.. doi: 10.26508/lsa.202302480

Тезисы

Модели машинного обучения в задаче генерации реалистичных синтетических метагеномных наборов данных

Статья

Khachatryan L., Xiang Y., Ivanov A., Glaab E., Graham G., Granata I., Giordano M., Maddalena L., Piccirillo M., Manipur I., Baruzzo G., Cappellato M., Avot B., Stan A., Battey J., Lo Sasso G., Boue S., Ivanov N.V., Peitsch M.C., Hoeng J., Falquet L., Di Camillo B., Guarracino M., Ulyantsev V., Sierro N., Poussin C. Results and lessons learned from the sbv IMPROVER metagenomics diagnostics for inflammatory bowel disease challenge. Scientific Reports. 2023. Vol. 13. No. 1. pp. 6303.. doi: 10.1038/s41598-023-33050-0

Статья

Olekhnovich E.I., Ivanov A.B., Babkina A.A., Sokolov A.A., Ulyantsev V.I., Fedorov D.E., Ilina E.N. Consistent Stool Metagenomic Biomarkers Associated with the Response To Melanoma Immunotherapy. mSystems. 2023. Vol. 8. No. 2.. doi: 10.1128/msystems.01023-22

Тезисы

Разработка библиотеки алгоритмов извлечения признаков из групп полногеномного секвенирования метагеномных образцов

Тезисы

Алгоритмы извлечения признаков из метагеномных данных полногеномного секвенирования и их визуализация на графе де Брейна

Тезисы

MetaFX: извлечение признаков для сравнительного анализа полногеномных метагеномных данных

Тезисы

Разработка методов построения и визуализации геномного контекста с учетом Hi-C связей в метагеномных данных

Тезисы

Методы машинного обучения в задачах сравнительной метагеномики с применением омиксных данных

Статья

Шостина А.Д., Иванов А.Б. MetaCherchant: использование Hi-C связей при выделении геномного контекста из метагеномов. Альманах научных работ молодых ученых Университета ИТМО. 2022. Т. 2. С. 406-408.

Статья

Звягинцева Д.А., Иванов А.Б. Разработка метода выделения признаков из метагеномных образцов, основанного на раскраске графа де Брюина. Альманах научных работ молодых ученых Университета ИТМО. 2022. Т. 2. С. 258-261.

Статья

Попов В.В., Иванов А.Б. Сравнение методов выделения признаков из метагеномов для решения задачи классификации воспалительных заболеваний кишечника. Альманах научных работ молодых ученых Университета ИТМО. 2022. Т. 2. С. 331-335.

Статья

Иванов А.Б. Извлечение метагеномных признаков и машинное обучение для диагностирования воспалительных заболеваний кишечника. Альманах научных работ молодых ученых Университета ИТМО. 2022. Т. 2. С. 262-265.

Статья

Kaplina A., Zaikova E., Ivanov A.B., Volkova Y., Alkhova T., Nikiforov V., Latypov A., Khavkina M., Fedoseeva T., Pervunina T., Skorobogatova Y., Volkova S., Ulyantsev V., Kalinina O., Sitkin S., Petrova N. Intestinal microbiome changes in an infant with right atrial isomerism and recurrent necrotizing enterocolitis: A case report and review of literature. World Journal of Clinical Cases. 2022. Vol. 10. No. 29. pp. 10583–10599.. doi: 10.12998/wjcc.v10.i29.10583

Статья

Попов В.В., Иванов А.Б. Статистический отбор признаков для классификации групп метагеномных образцов в программе MetaFast. Сборник трудов XI Конгресса молодых учёных (Санкт-Петербург, 4-8 апреля 2022 г.). 2022. Т. 2. С. 106-110.

Статья

Иванов А.Б. Методы машинного обучения в задачах сравнительной метагеномики с применением омиксных данных. Сборник трудов XI Конгресса молодых учёных (Санкт-Петербург, 4-8 апреля 2022 г.). 2022. Т. 2. С. 50-54.

Статья

Ivanova V., Chernevskaya E., Vasiluev P., Ivanov A.B., Tolstoganov I., Shafranskaya D., Ulyantsev V., Korobeynikov A., Razin S.V., Beloborodova N., Ulianov S.V., Tyakht A. Hi-C Metagenomics in the ICU: Exploring Clinically Relevant Features of Gut Microbiome in Chronically Critically Ill Patients. Frontiers in Microbiology. 2022. Vol. 12. pp. 770323.. doi: 10.3389/fmicb.2021.770323

Тезисы

Cтатистический отбор признаков для классификации групп метагеномных образцов в программе MetaFast

Статья

Ivanov A., Avdeyev P., Alexeev N. Scaffolding Based on Hi-C Reads and Neural Networks. Институт биоинформатики. Сборник тезисов 2020/21. 2021. pp. 21.

Статья

Ivanov A., Barbitoff Y. Adding Context to Nonsense: Analysis of Sequence Properties at Plof Variant Sites. Институт биоинформатики. Сборник тезисов 2020/21. 2021. pp. 54.

Статья

Olekhnovich E.I., Ivanov A.B., Ulyantsev V.I., Ilina E.N. Separation of donor and recipient microbial diversity allows determination of taxonomic and functional features of gut microbiota restructuring following fecal transplantation. mSystems. 2021. Vol. 6. No. 4. pp. e00811-21.. doi: 10.1128/mSystems.00811-21

Тезисы

Иванов А.Б. Методы выделения признаков из метагеномных данных для классификации воспалительных заболеваний кишечника // Сборник тезисов докладов конгресса молодых ученых. Электронное издание. – СПб: Университет ИТМО, 2021.

Тезисы

Иванов А.Б. Разработка и реализация алгоритма для диагностирования воспалительных заболеваний кишечника на основе неинвазивных клинических исследований // Сборник тезисов докладов конгресса молодых ученых. Электронное издание. – СПб: Университет ИТМО, 2020.

Статья

Abdurasulova I., Tarasova E., Matsulevich A., Ivanov A.B., Ulyantsev V., Bisaga G., Negoreeva I., Stoliarov I. Immunomodulating and phychomodulating role of intestinal microbiome in multiple scerosis. Журнал эволюционной биохимии и физиологии [Zhurnal evoliutsionnoi biokhimii i fiziologii]. 2020. Vol. 56. No. 7. pp. 727.. doi: 10.31857/S0044452920071390

Статья

Абдурасулова И.Н., Тарасова Е.А., Серебрякова М.К., Иванов А.Б., Ульянцев В.И., Бисага Г.Н., Ильвес А.Г., Шкильнюк Г.Г., Негореева И.Г., Столяров И.Д., Суворов А.Н. Типы изменений микробиома кишечника при рассеянном склерозе и их связь с особенностями субпопуляционного состава иммунных клеток. Гастроэнтерология Санкт-Петербурга. 2020. № 1-2. С. 76.

Тезисы

Алгоритмы сравнительного анализа серий метагеномных образцов с использованием графов де Брейна для библиотек метагеномных чтений

Статья

Иванов А.Б. Алгоритмы сравнительного анализа серий метагеномных образцов с использованием графов де Брейна для библиотек метагеномных чтений. Аннотированный сборник научно-исследовательских выпускных квалификационных работ среди бакалавров и специалистов Университета ИТМО 2019. 2019. С. 65-69.