Горбенко Дарья Александровна

Статья

Berezovskaya M.Y., Gorbenko D.A., Viskov M.A., Колпащиков Д.М. Improving Selectivity, Sensitivity and Hybridization Rates of Molecular Beacon Probe Using DNA Nanostructures. Analyst. 2026. pp. in press.

Статья

Berezovskaya M.Y., Gorbenko D.A., Filatov P.V., Bobkov G.A., Луганская П.С. Gold nanoparticle-capped oligonucleotides method of nucleic acid detection using four-way junction DNA probes. Doklady Physical Chemistry. 2026. pp. in press.

Статья

Filatov P., Reushev V., Shchekuteva E., Otinov G., Feng L., Vartanyan T., Gorbenko D., Zyuzin M. Selective detection of Staphylococcus aureus in food matrices using a chemiluminescent peroxidase-like DNA nanomachine. Biosensors and Bioelectronics. 2026. Vol. 298. pp. 118408.. doi: 10.1016/j.bios.2026.118408

Статья

Филатов П.В., Горбенко Д.А., Дададжанов Д.Р., Вартанян Т.А. Хемилюминесцентная ДНК-наномашина с пероксидазоподобной активностью для детекции бактериальных нуклеиновых кислот. Оптика и спектроскопия. 2025. Т. 133. № 11. С. 1195-1205.. doi: 10.61011/OS.2025.11.62169.8675-25

Тезисы

Comparison of the Conjugation Efficiency of 10-23 Deoxyribozyme with Streptavidin-Coated and Carboxyl-Functionalized Magnetic Nanoparticles

Тезисы

Дезоксирибозим 10-23 как универсальная метка для количественного определения олигонуклеотидов на поверхности наночастиц

Статья

Solyanikova V.V., Gorbenko D.A., Zryacheva V.V., Shtro A., Rubel M.S. Multicomponent DNA Nanomachines for Amplification-Free Viral RNA Detection. International Journal of Molecular Sciences. 2025. Vol. 26. No. 8. pp. 3652.. doi: 10.3390/ijms26083652

Тезисы

Особенности отклика клеток на фотодинамическое воздействие с протопорфирином IX

Тезисы

ВИЗУАЛЬНАЯ ДЕТЕКЦИЯ malB-ГЕНА С ПОМОЩЬЮ МАГНИТНЫХ НАНОЧАСТИЦ, МОДИФИЦИРОВАННЫХ 4WJ-СЕНСОРОМ

Тезисы

Оптимизация метода пришивки нуклеиновых кислот к магнитным наночастицам для детекции ДНК методом агрегации магнитных наночастиц и 4WJ ДНК-сенсоров

Тезисы

ХЕМИЛЮМИНЕСЦЕНТНЫЙ СЕНСОР НА ОСНОВЕ G-КВАДРУПЛЕКСА ДЛЯ ОБНАРУЖЕНИЯ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ БАКТЕРИЙ НА ПРЕДПРИЯТИЯХ ПИЩЕВОЙ ПРОМЫШЛЕННОСТИ

Тезисы

Создание хемилюминесцентной тест/системы на основе пероксидаза/подобных ДНК ферментов для обнаружения возбудителей пищевых инфекций

Тезисы

Математическая модель для оптимизации параметров нуклеотидных бинарных зондов для точной детекции нуклеиновых кислот

Статья

Berezovskaya M.Y., Filatov P.V., Afanasjeva A.V., Luganskaia P.S., Gorbenko D.A., Rubel M.S., Dadadzhanov D.R., Vartanyan T.A. Conjugates of DNA and plasmonic nanoparticles for the development of an SPR sensor for nucleic acids. Proceedings of SPIE. 2024. Vol. 13008. pp. 130080U.. doi: 10.1117/12.3022750

Статья

Filatov P., Gorbenko D., Viskov M., Vartanyan T. DNA-nanomachine-based chemiluminescent assay for pathogen detection in food borne infections. Proceedings of SPIE. 2024. Vol. 13008. pp. 130080Q.. doi: 10.1117/12.3022611

Тезисы

СОЗДАНИЕ ХЕМИЛЮМИНЕСЦЕНТНОЙ МИКРОФЛЮИДНОЙ СИСТЕМЫ С G-КВАДРУПЛЕКС/ГЕМИНОВЫМ КОМПЛЕКСОМ ДЛЯ ОБНАРУЖЕНИЯ АКТИВНЫХ ФОРМ КИСЛОРОДА

Статья

Gorbenko D.A., Filatov P.V., Dadadzhanov D.R., Kirichek K.K., Berezovskaya M.Y., Vartanyan T.A. Chemiluminescent detection of nucleic acids induced by peroxidase-like targeted DNA-nanomachines (PxDm) mixed with plasmonic nanoparticles. Proceedings of SPIE. 2023. Vol. 12663. pp. 1266307.. doi: 10.1117/12.2676447

Статья

Filatov P., Gorbenko D., Palekhova A., Dadadzhanov D., Gorbenko I., Kolpashchikov D. Optofluidic lab-on-chip for nucleic acid detection via G-quadruplex-based DNA-nanomachine. Proceedings of SPIE. 2023. Vol. 12627. pp. 126272S.. doi: 10.1117/12.2673319

Статья

Rubel M.S., Shkodenko L.V., Gorbenko D.A., Solyanikova V.V., Maltzeva Y.I., Rubel A.A., Koshel E.I., Kolpashchikov D.M. Detection of multiplex NASBA RNA products using colorimetric split G quadruplex probes. Methods in Molecular Biology. 2023. Vol. 2709. pp. 287–298.. doi: 10.1007/978-1-0716-3417-2_20

Статья

Maltzeva Y.I., Gorbenko D.A., Nikitina E.V., Rubel M.S., Kolpashchikov D.M. Visual Detection of Stem-Loop Primer Amplification (SPA) Products without Denaturation Using Peroxidase-like DNA Machines (PxDM). International Journal of Molecular Sciences. 2023. Vol. 24. No. 9. pp. 7812.. doi: 10.3390/ijms24097812

Тезисы

Исследование кинетики хемилюминесценции, индуцированной образованием гуанинового квадруплекса, для детекции уникальных последовательностей РНК организмов

Тезисы

Разработка хемилюминесцентного сенсора на основе пероксидазоподобных дезоксирибозимов для детекции нуклеиновых кислот

Тезисы

создание хемилюминесцентных cd-днк-конъюгатов для детекции патогенных микроорганизмов

Тезисы

G-quadruplex chemiluminescent sensor for the detection of specific nucleic acid sequences of pathogenic microorganisms

Тезисы

Разработка биолюминесцентного сенсора на основе гуаниновых тетрад для обнаружения возбудителей нозокомиальных инфекций.

Тезисы

РАЗРАБОТКА МЕТОДА ДЕТЕКЦИИ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ НА ОСНОВЕ 4WJ ДНК-СЕНСОРОВ И АГРЕГАЦИИ МАГНИТНЫХ ЧАСТИЦ

Тезисы

G-quadruplex chemiluminescent sensor for the detection of specific nucleic acid sequences of pathogenic microorganisms

Тезисы

ОПТИМИЗАЦИЯ КОНСТРУКЦИИ ДНК-НАНОМАШИНЫ ДЛЯ ОБНАРУЖЕНИЯ 16S РРНК STAPHYLOCOCCUS AUREUS

Статья

Gorbenko D.A., Berezovskaya M.Y., Korzhikov-Vlakh V.A., Bykovskaya M.A. Naked-eye detection of Mycobacterium tuberculosis provided by HigA1-targeted 4-way-junction sensor combined with magnetic nanoparticles. FEBS Open Bio. 2023. Vol. 13. No. S2. pp. 129-130.. doi: 001401044000369

Тезисы

Instrument-free detection of nucleic acids via gene-targeted four-way-junction sensor coupled with magnetic nanoparticles

Тезисы

Разработка хемилюминесцентного сенсора на основе пероксидазоподобных дезоксирибозимов для детекции нуклеиновых кислот

Тезисы

Детекция патогена Mycobacterium tuberculosis с помощью биосенсора на основе бинарных ДНК-зондов и агрегации магнитных наночастиц

Тезисы

Instrument-free detection of nucleic acids via gene-targeted four-way-junction sensor coupled with magnetic nanoparticles

Тезисы

Naked-eye detection of Mycobacterium tuberculosis provided by HigA1-targeted 4-way-junction sensor combined with magnetic nanoparticles

Статья

Rubel M.S., Zablotskay S., Pokatova O., El-Deeb A.A., Ateiah M.G., Gorbenko D.A., Shkodenko L., Kolpashchikov D.M. DNA-nanomachines for nucleic acid detection. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022) Novosibirsk, 04-08 июля 2022 г.. 2022. pp. 355-356.. doi: 10.18699/SBB-2022-200

Статья

Zhikhoreva A.A., Belashov A.V., Akhundzyanov A., Beglova E., Gorbenko D.A., Litvinov I., Salova A.V., Belyaeva T.N., Kornilova E.S., Semenova I.V., Vasyutinskii O.S. Holographic Study of the Response of HeLa Cells to Photodynamic Treatment with Endogenously Generated Protoporphyrin IX. Optics and Spectroscopy. 2022. Vol. 130. No. 2. pp. 123-129.. doi: 10.1134/S0030400X22010209

Тезисы

DNA-nanomachines for nucleic acid detection

Статья

Жихорева А.А., Белашов А.И., Ахундзянов А.А., Беглова Е.В., Горбенко Д.А., Литвинов И.К., Салова А.В., Беляева Т.Н., Корнилова Е.С., Семенова И.В., Васютинский О.С. Голографическое исследование отклика клеток линии HeLa на фотодинамическое воздействие с эндогенно генерируемым протопорфирином IX. Оптика и спектроскопия. 2022. Т. 130. № 2. С. 282-288.. doi: 10.21883/OS.2022.02.51996.2660-21

Тезисы

Multi-component platform for structured RNA and double- stranded DNA detection

Тезисы

Multi-component platform for structured RNA and double- stranded DNA detection

Тезисы

Development of multicomponent probes for visual detection of structured RNA and single-stranded DNA analytes

Тезисы

Биолюминесцентный сенсор на основе G-квадруплекса для обнаружения специфических последовательностей нуклеиновых кислот патогенных микроорганизмов

Тезисы

ДНК-НАНОМАШИНА ДЛЯ ВИЗУАЛЬНОГО ОБНАРУЖЕНИЯ СТРУКТУРИРОВАННОЙ РНК И ДВУХЦЕПОЧЕЧНОЙ ДНК

Тезисы

, Шкоденко Л.А., Горбенко Д.А., Мударисова Р.С. (науч. рук. Колпащиков Д.М.) Обнаружение патогенов с помощью изотермической амплификации и ДНК-наносенсоров

Статья

Berezovskaya M.Y., Gorbenko D.A. Mycobacterium tuberculosis detection and genotyping using molecular probe-based biosensor. Proceedings of SPIE. 2022. Vol. 12212. pp. 1221202.. doi: 10.1117/12.2634320

Статья

Gorbenko D.A., Shkodenko L.A., Rubel M.S., Slita A.V., Nikitina E.V., Martens E.A., Kolpashchikov D.M. DNA nanomachine for visual detection of structured RNA and double stranded DNA. Chemical Communications. 2022. Vol. 58. No. 35. pp. 5395-5398.. doi: 10.1039/D2CC00325B

Тезисы

ДЕТЕКЦИЯ ОДНОНУКЛЕОТИДНОГО ПОЛИМОРФИЗМА M. TUBERСULOSIS С ПОМОЩЬЮ БИНАРНЫХ ГИБРИДИЗАЦИОННЫХ ЗОНДОВ ПРИ ТЕМПЕРАТУРЕ ОКРУЖАЮЩЕЙ СРЕДЫ

Статья

Gorbenko D.A., Belashov A.V., Zhikhoreva A.A., Litvinov I.K., Salova A.V., Belyaeva T.N., Kornilova E.S., Semenova I.V., Vasyutinskii O.S. 5-ALA-induced death dynamics and pathways of HeLa cells in vitro depending on FBS content and irradiation dose. Proceedings of SPIE. 2021. Vol. 11921. pp. 119210R.. doi: 10.1117/12.2615650

Тезисы

Быстрое обнаружение нуклеиновых кислот на основе комбинации методов изотермической амплификации и ДНК-наномашин

Тезисы

Увеличение чувствительности детекции мультиплексных патогенов, основанной на реакции NASBA и пероксидазоподобном аптамере

Статья

Gorbenko D.A., Belashov A.V., Belyaeva T.N., Kornilova E.S., Litvinov I.K., Semenova I.V., Vasyutinskii O.S. Dynamics of 5-Aminolevulinic Acid-Induced Accumulation of Protoporphyrin IX in Three Cell Lines of Different Origin. Technical Physics. 2021. Vol. 66. No. 1. pp. 145-148.. doi: 10.1134/S1063784221010084

Статья

Горбенко Д.А., Белашов А.В., Беляева Т.Н., Корнилова Е.С., Литвинов И.К., Семёнова И.В., Васютинский О.С. Динамика накопления протопорфирина IX, индуцированного 5-аминолевулиновой кислотой в трех клеточных линиях разного происхождения. Журнал технической физики. 2021. Т. 91. № 1. С. 152-156.. doi: 10.21883/JTF.2021.01.50288.147-20

Статья

Мальцева Ю.И., Горбенко Д.А., Шкоденко Л.А., Рубель М.С., Зарубаев В.В., Слита А., Колпащиков Д.М. Jбнаружение нуклеиновых кислот на основе комбинации методов изотермической амплификации и ДНК-наномашин. Современные достижения химико-биологических наук в профилактической и клинической медицине: сборник научных трудов II Всероссийской научно-практической конференции с международным участием (СПб, 2-3декабря 2021г.). 2021. С. 247-252.

Тезисы

Visual detection of pathogenic bacteria with peroxidase-like deoxyribozymes

Тезисы

Accumulation dynamics of protoporphyrin IX induced by 5- aminolevulenic acid in A549, HeLa and 3T3 cell lines

Тезисы

PpIX-induced early cell death dynamics in vitro assessed by digital holographic tomography

Тезисы

Исследование динамики накопления протопорфирина IX в клеточных линиях A549, HeLa и 3T3

Тезисы

Мониторинг динамики гибели клеток, вызванной ppix, методом голографической томографической микроскопии

Тезисы

Визуальная детекция бактериальных патогенов с использованием пероксидазо-подобных дезоксирибозимов

Тезисы

Неинвазивный мониторинг динамики гибели клеток, индуцированной 5-аминолевулиновой кислотой, методом голографической томографии

Тезисы

Dynamics of PpIX accumulation in A549, HeLa and 3T3 cell lines

Тезисы

Динамика гибели клеток HeLa in vitro при фотодинамическом воздействии с помощью эндогенного PpIX, индуцированного 5-ALA

Статья

Belashov A.V., Gorbenko D.A., Zhikhoreva A.A., Belyaeva T.N., Kornilova E.S., Semenova I.V., Vasyutinskii O.S. Estimation of cell volume determination accuracy using digital holographic tomography and microscopy. Optics InfoBase Conference Papers. 2020. pp. JTu1B.11... doi: 10.1364/FIO.2020.JTu1B.11

Статья

Gorbenko D.A., Shkodenko L.V., Nedorezova D.D., Rubel M.S. Visual detection of bacterial and viral pathogens with peroxidase-like deoxyribozymes. Proceedings of SPIE. 2020. Vol. 11477. pp. 1147709.. doi: 10.1117/12.2567499

Статья

Gorbunova I.A., Bezverkhnii N.O., Sasin M.E., Gadzhiev I.M., Gorbenko D.A., Vasyutinskii O.S. Ultrafast polarization-modulation transient spectroscopy to study electronic excited state dynamics in biological molecules. Proceedings of SPIE. 2020. Vol. 11497. pp. 1149713.. doi: 10.1117/12.2567532

Статья

Gorbenko D.A., Belashov A.V., Litvinov I.K., Belyaeva T.N., Kornilova E.S., Semenova I.V., Vasiutinskii O.S. Monitoring of PpIX-induced death dynamics in HeLa cells by digital holographic tomography. Proceedings of SPIE. 2020. Vol. 11490. pp. 1149013.. doi: 10.1117/12.2567498

Статья

Горбенко Д.А., Недорезова Д.Д., Рубель М.Д., Колпащиков Д.М. Визуальная детекция бактериальных патогенов с использованием пероксидазо-подобных дезоксирибозимов. Гены и клетки [Genes and Cells]. 2020. Т. 15. № S3. С. 45-46.

Тезисы

Применение цифровой голографической микроскопии для оценки восприимчивости к фотодинамическому воздействию различных клеточных культур

Тезисы

Исследование синтеза протопорфирина IX,индуцированного 5-аминолевулиновой кислотой, в клеточных линия HeLa, A549 и 3T3, методом конфокальной флуоресцентной микроскопии

Тезисы

Parameters of polarized fluorescence of FAD in water-methanol solutions

Тезисы

Ultrafast polarization-modulation transient spectroscopy for studying anisotropic relaxation in biological molecules

Статья

Горбенко Д.А., Шкоденко Л.А., Мальцева Ю.И., Рубель М.С., Штро А.А., Зарубаев В.В., Слита А., Колпащиков Д.М. Пероксидазоподобные дезоксирибозимы для детекции бактериальных и вирусных патогенов. Современные достижения химико-биологических наук в профилактической и клинической медицине: сборник научных трудов Всероссийской научно-практической конференции с международным участием (СПб, 3декабря 2020г.). 2020. Т. Часть 1. С. 253-259.

Статья

Krasnopevtceva M.K., Belik V.P., Gorbenko D.A., Semenova I.V., Smolin A.G., Vasyutinskii O.S. Anisotropic decay of polarized fluorescence of FAD in water-methanol solutions. Proceedings of SPIE. 2020. Vol. 11497. pp. 1149714.. doi: 10.1117/12.2567943

Тезисы

Monitoring of PpIX-induced death dynamics in HeLa cells by digital holographic tomography

Статья

Gorbenko D.A., Belashov A.V., Belyaeva T.N., Kornilova E.S., Semenova I.V., Vasyutinskii O.S. Dynamics of PpIX accumulation in A549, HeLa and 3T3 cell lines. Proceedings - International Conference Laser Optics 2020, ICLO 2020. 2020. pp. 9285888.. doi: 10.1109/ICLO48556.2020.9285888

Статья

Горбенко Д.А., Белашов А.В., Беляева Т.Н., Литвинов И.К., Корнилова Е.С., Семёнова И.В., Васютинский О.С. Мониторинг динамики гибели клеток, вызванной ppix, методом голографической томографической микроскопии. Гены и клетки [Genes and Cells]. 2020. Т. 15. № S3. С. 46.

Тезисы

Исследование изменений внутриклеточной морфологии клеточной линии HeLa при фотодинамическом воздействии

Статья

Жихорева А.А., Белашов А.В., Горбенко Д.А., Авдонкина Н., Балдуева И., Данилова А., Гельфонд М.Л., Нехаева Т., Семёнова И., Васютинский О.С. Исследование морфологических изменений клеток злокачественных новообразований при фотодинамическом воздействии методами цифровой голографической микроскопии. Химическая физика. 2019. Т. 38. № 6. С. 8-14.

Статья

Gorbenko D.A., Belashov A.V., Belyaeva T.N., Kornilova E.S., Semenova I.V., Vasyutinskii O.S. Quantification of changes in cellular morphology during cell necrosis obtained from 3D refractive index distributions. Journal of Physics: Conference Series. 2019. Vol. 1236. No. 1. pp. 012015.. doi: 10.1088/1742-6596/1236/1/012015

Статья

Белашов А.В., Горбенко Д.А., Жихорева А.А., Беляева Т.Н., Корнилова Е.С., Семёнова И., Васютинский О.С. Разработка алгоритмов сегментации в голографической микроскопии и томографии для определения морфологических параметров клеток. Письма в Журнал технической физики. 2019. Т. 45. № 22. С. 24-27.. doi: 10.21883/PJTF.2019.22.48644.17980

Статья

Zhikhoreva A.A., Belashov A.V., Gorbenko D.A., Avdonkina N., Baldueva I., Danilova A., Gelfond M.L., Nekhaeva T., Semenova I.V., Vasyutinskii O.S. Morphological Changes in Malignant Tumor Cells at Photodynamic Treatment Assessed by Digital Holographic Microscopy. Russian Journal of Physical Chemistry B. 2019. Vol. 13. No. 3. pp. 394–400.. doi: 10.1134/S1990793119030242

Статья

Belashov A.V., Gorbenko D.A., Zhikhoreva A.A., Belyaeva T.N., Kornilova E.S., Semenova I.V., Vasyutinskii O.S. The Development of Segmentation Algorithms in Holographic Microscopy and Tomography for Determination of Morphological Parameters of Cells. Technical Physics Letters. 2019. Vol. 45. No. 11. pp. 1140–1143.. doi: 10.1134/S1063785019110191

Тезисы

Response of three types of cancer cells to photodynamic treatment assessed by means of digital holographic microscopy

Тезисы

Digital holographic microscopy in investigation of response of patient-specific cell cultures to photodynamic treatment

Тезисы

Исследование изменений клеточной морфологии при фотодинамическом воздействии с использованием голографической томографии и конфокальной флуоресцентной микроскопии

Тезисы

Visual detection of central nervous system pathogens

Тезисы

Измерение объема и площади мембраны фиксированных клеток линии HeLa методами цифровой голографической томографии и конфокальной флуоресцентной микроскопии

Тезисы

Анализ изменений морфологии онкологических клеток при фотодинамическом воздействии методами голографической томографии и конфокальной флуоресцентной микроскопии

Тезисы

Holographic monitoring of cell death pathways induced by reactive oxygen species

Тезисы

Digital holographic microscopy and tomography in necrosis detection in three types of cancer cells. Latin America Optics and Photonics Conference

Тезисы

Исследование изменений внутриклеточной морфологии при фотодинамическом воздействии методом голографической томографии

Тезисы

Применение метода голографической томографии для мониторинга морфологических изменений во внутриклеточных структурах

Тезисы

Измерение морфологических характеристик клеток HeLa при фотодинамическом воздействии методом голографической томографии

Тезисы

Изменение внутриклеточной морфологии при фотодинамическом воздействие