Lobov A., Kuchur P., Boyarskaya N., Perepletchikova D., Taraskin I., Ivashkin A., Kostina D., Khvorova I., Uspensky V., Repkin E., Denisov E., Gerashchenko T., Tikhilov R., Bozhkova S., Karelkin V., Wang C., Xu K., Malashicheva A. Similar, but not the same: multiomics comparison of human valve interstitial cells and osteoblast osteogenic differentiation expanded with an estimation of data-dependent and data-independent PASEF proteomics. GigaScience. 2025. Vol. 14. pp. giae110.. doi: 10.1093/gigascience/giae110
Perepletchikova D., Kuchur P.D., Basovich L.S., Khvorova I., Lobov A., Azarkina K., Aksenov N., Bozhkova S., Karelkin V., Malashicheva A. Endothelial-mesenchymal crosstalk drives osteogenic differentiation of human osteoblasts through Notch signaling. Cell Communication and Signaling. 2025. Vol. 23. No. 1. pp. 100.. doi: https://doi.org/10.1186/s12964-025-02096-0
Svetlova A.O., Komissarov A.A., Karaseva M.A., Chukhontseva K.N., Pobeguts O.V., Galyamina M.A., Smirnov I.P., Kuchur P.D., Izotova A.O., Toshchakov S.V., Demidyuk I.V. Photorin controls the intracellular activation and bacteriotoxic effect of Photorhabdus laumondii protease S during its expression in Escherichia coli. Elsevier. 2025. Vol. 775. No. 110672. pp. 110672.. doi: https://doi.org/10.1016/j.abb.2025.110672
O-antigen operons of pathogenic bacteria Herbaspirillum sp. contain fragmented genes / BGRS/SB-2024: The 14th International Conference "On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology
Velichko N.S., Kokoulin M.S., Dmitrenok P.S., Grinev V.S., Kuchur P.D., Komissarov A.S., Fedonenko Y.P. Lipopolysaccharides of Herbaspirillum species and their relevance for bacterium–host interactions. International Journal of Biological Macromolecules. 2024. Vol. 261. No. 1. pp. 129516.. doi: 10.1016/j.ijbiomac.2024.129516
Lobov A., Kuchur P.D., Khizhina A., Kotova A., Ivashkin A., Kostina D., Klausen P., Khokhlova E., Repkin E., Postnikova K., Perepletchikova D., Denisov E., Gerashchenko T., Tikhilov R., Bozhkova S., Sereda A., Karelkin V., Enukashvily N., Malashicheva A. Mesenchymal cells retain the specificity of embryonal origin during osteogenic differentiation. Stem Cells. 2024. Vol. 42. No. 1. pp. 76-89.. doi: 10.1093/stmcls/sxad081
Bakalenko N., Smirnova D., Gaifullina L., Kuchur P., Ian D., Atyukov M., Liu J., Malashicheva A. NOTCH4 is a new player in the development of pulmonary fibrosis. Gene Expression. 2024. Vol. 23. No. 4. pp. 273-281.. doi: 10.14218/ge.2024.00006
Сравнительная и эволюционная геномика соматических антигенов бактерий семейства Oxalobacteraceae
StemCellBio
Kuchur P.D. Identification and comparison of somatic antigen composition for bacteria from Providencia genus. BioRxiv [база препринтов]. 2022. pp. 1-19.. doi: 10.1101/2022.04.05.486866
Пущино / Особенности структуры соматических антигенов патогенных микроорганизмов
Afonnikova S.D., Komissarov A.S., Kuchur P.D. Unique or not unique? Comparative genetic analysis of bacterial O-antigens from the Oxalobacteraceae family [Сравнительный генетический анализ О-антигенов бактерий семейства Oxalobacteraceae: уникальность или тривиальность?]. Вавиловский журнал генетики и селекции = Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 2022. Vol. 26. No. 8. pp. 810-818.. doi: 10.18699/VJGB-22-98
Kuchur O.A., Kuchur P.D., Kuzmina D., Zavirsky A.V., Shtil A. Differential Regulation of BBC3/PUMA and PMAIP1/Noxa in Ionizing Radiation: the Role of p53. Cell and Tissue Biology. 2021. Vol. 15. No. 6. pp. 544-553.. doi: 10.1134/S1990519X21060043
Dukhinova M.S., Kokinos E., Kuchur P.D., Komissarov A., Shtro A. Macrophage-derived cytokines in pneumonia: Linking cellular immunology and genetics. Cytokine and Growth Factor Reviews. 2021. Vol. 59. pp. 46-61.. doi: 10.1016/j.cytogfr.2020.11.003
GINOFIP-пайплайн для поиска оперонов с генами интереса
Сравнительная геномика соматических антигенов симбиотических и условно-патогенных бактерий рода Herbaspirillum
Усовершенствование GINOFIP – алгоритма для идентификации оперонов интереса. Сборник тезисов XXI Всероссийской конференции молодых ученых «Биотехнология в растениеводстве, животноводстве и сельскохозяйственной микробиологии»
Identification and comparison of somatic antigen structures of symbiotic and pathogenic bacteria from Morganellaceae family
Кучур О.А., Кучур П.Д., Кузьмина Д.О., Завирский А.В., Штиль А.А. Дифференциальная регуляция BBC3/PUMA и PMAIP1/Noxa при ионизирующем излучении: роль p53 [Differential Regulation of BBC3/PUMA and PMAIP1/Noxa by Ionizing Radiation: A Role for p53]. Цитология [Tsitologiya]. 2021. Т. 63. № 4. С. 363-372.. doi: 10.31857/S0041377121040039
Automatic annotation of operons responsible for O-antigen synthesis
Rayko M., Komissarov A.S., Kwan J., Lim-Fong G., Rhodes A., Kliver S., Kuchur P.D., O’Brien S., Lopez J. Draft genome of Bugula neritina, a colonial animal packing powerful symbionts and potential medicines. Scientific Data. 2020. Vol. 7. No. 1. pp. 356.. doi: 10.1038/s41597-020-00684-y
Comparative genomics analysis of o-antigen related genes in prokaryotic genomes
Анализ генов, отвечающих за синтез соматического антигена в геномах бактерий
Влияние человеческого фактора на результативность генетических исследований в рамках прогнозирования атеросклероза
Создание пайплайна для автоматизации поиска О-антигена грамотрицательных бактерий
Velichko N.S., Kokoulin M.S., Sigida E.N., Kuchur P.D., Komissarov A.S., Kovtunov E.A., Fedonenko Y.P. Structural and genetic characterization of the colitose-containing O-specific polysaccharide from the lipopolysaccharide of Herbaspirillum frisingense GSF30T. International Journal of Biological Macromolecules. 2020. Vol. 161. pp. 891-897.. doi: 10.1016/j.ijbiomac.2020.06.093
Особенности структурной организации оперонов О-антигена в геноме Herbaspirillum frisingense
Российская Федерация
Российская Федерация, Санкт-Петербург