Комиссаров Алексей Сергеевич

Тезисы

Phylogenetic analysis of the genomes of several sexual and parthenogenetic lizards of the genus Darevskia

Статья

Velichko N.S., Kokoulin M.S., Dmitrenok P.S., Grinev V.S., Kuchur P.D., Komissarov A.S., Fedonenko Y.P. Lipopolysaccharides of Herbaspirillum species and their relevance for bacterium–host interactions. International Journal of Biological Macromolecules. 2024. Vol. 261. No. 1. pp. 129516.

Статья

Urin A.V., Komissarov A.S. New genomic data on the origin of the hybrid parthenogenetic lizard speciesdarevskia unisexualis. ХРОМОСОМА - 2023: материалы Международной конференции (Новосибирск, 5-10 сентября 2023 г.). 2023. pp. 51-52.

Статья

Kusakin A.V., Goleva O.V., Danilov L., Krylov A.V., Tsay V.V., Kalinin R.S., Tian N.S., Eismont Y.A., Mukomolova A.L., Chukhlovin A.B., Komissarov A.S., Glotov O.S. The Telomeric Repeats of HHV-6A Do Not Determine the Chromosome into Which the Virus Is Integrated. Genes. 2023. Vol. 14. No. 2. pp. 521.

Статья

Yakupova A., Tomarovsky A., Totikov A., Beklemisheva V., Logacheva M., Perelman P.L., Komissarov A., Dobrinin P., Krasheninnikova K., Tamazian G., Serdyukova N.A., Rayko M., Bulyonkova T., Cherkasov N., Pylev V., Peterfeld V., Penin A., Balanovska E., Lapidus A., Dna Z., O’Brien S., Graphodatsky A., Koepfli K., Kliver S. Chromosome-Length Assembly of the Baikal Seal (Pusa sibirica) Genome Reveals a Historically Large Population Prior to Isolation in Lake Baikal. Genes. 2023. Vol. 14. No. 3. pp. 619.

Статья

Kliver S., Houck M.L., Perelman P.L., Totikov A., Tomarovsky A., Dudchenko O., Omer A.D., Colaric Z., Weisz D., Aiden E.L., Chan S., Hastie A., Komissarov A., Ryder O., Graphodatsky A., Johnson W., Maldonado J., Pukazhenthi B., Marinari P.E., Wildt D., Koepfli K. Chromosome-length genome assembly and karyotype of the endangered black-footed ferret (Mustela nigripes). Journal of Heredity. 2023. Vol. 114. No. 5. pp. 539-548.

Учебник, учебное пособие

Aifred Werner's Periodic Table

Статья

Majeske A., Mercado Capote A.J., Komissarov A., Bogdanova A., Schizas N.V., Castro Marquez S.O., Hilkert K., Wolfsberger W., Oleksyk T. The first complete mitochondrial genome of Diadema antillarum (Diadematoida, Diadematidae). GigaByte. 2022. Vol. 2022. pp. 12.

Статья

Takki O., Komissarov A., Kulak M., Galkina S. Identification of Centromere-Specific Repeats in the Zebra Finch Genome. Cytogenetic and Genome Research. 2022. Vol. 162. No. 1-2. pp. 55-63.

Статья

Abbas Q., Kusakin A.V., Sharruf K., Komissarov A.S., Jyakhwo S. Follow-up investigation and detailed mutational characterization of the SARS-CoV-2 Omicron variant and its lineages (BA.1, BA.2, and BA.3) and sub-lineage (BA.1.1). BioRxiv [база препринтов]. 2022. pp. 1.

Статья

Ochkalova S., Korchagin V., Vergun A., Urin A., Zilov D., Ryakhovsky S., Girnyk A., Martirosyan I., Zhernakova D.V., Arakelyan M., Danielyan F., Kliver S., Brukhin V., Komissarov A.S., Ryskov A. First Genome of Rock Lizard Darevskia valentini Involved in Formation of Several Parthenogenetic Species. Genes. 2022. Vol. 13. No. 9. pp. 1569.

Статья

Afonnikova S.D., Komissarov A.S., Kuchur P.D. Unique or not unique? Comparative genetic analysis of bacterial O-antigens from the Oxalobacteraceae family [Сравнительный генетический анализ О-антигенов бактерий семейства Oxalobacteraceae: уникальность или тривиальность?]. Вавиловский журнал генетики и селекции = Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 2022. Vol. 26. No. 8. pp. 810-818.

Статья

Ryakhovsky S., Zhernakova D.V., Korchagin V., Vergun A., Girnyk A., Dikaya V., Arakelyan M., Komissarov A.S., Ryskov A. The mixed liver and kidney transcriptome dataset of Darevskia valentini rock lizard. BMC Research Notes. 2022. Vol. 15. No. 1. pp. 345.

Статья

Barua S., Komissarov A., Kaur H., Brodsky E. Transcriptomic analysis of DNA damage response in zebrafish embryos under simulated microgravity. BioRxiv [база препринтов]. 2021.

Статья

Dukhinova M.S., Kokinos E., Kuchur P.D., Komissarov A., Shtro A. Macrophage-derived cytokines in pneumonia: Linking cellular immunology and genetics. Cytokine and Growth Factor Reviews. 2021. Vol. 59. pp. 46-61.

Статья

Kolchanova S., Komissarov A., Kliver S., Mazo-Vargas A., Afanador Y., Velez-Valentin J., De La Rosa R., Castro-Marquez S., Rivera-Colon I., Majeske A., Wolfsberger W., Hans T., Corvelo A., Martinez-Cruzado J., Glenn T., Robinson O., Koepfli K., Oleksyk T. Molecular phylogeny and evolution of amazon parrots in the greater antilles. Genes. 2021. Vol. 12. No. 4. pp. 608.

Статья

Ryakhovsky S., Dikaya V., Korchagin V., Vergun A., Danilov L., Ochkalova S., Girnyk A., Zhernakova D.V., Arakelyan M., Brukhin V., Komissarov A.S., Ryskov A. De novo transcriptome assembly and annotation of parthenogenetic lizard Darevskia unisexualis and its parental ancestors Darevskia valentini and Darevskia raddei nairensis. Data in Brief. 2021. Vol. 39. pp. 107685.

Статья

Shevchenko A., Zhernakova D.V., Malov S., Komissarov A., Kolchanova S., Tamazian G., Antonik A., Cherkasov N., Kliver S., Turenko A., Rotkevich M., Evsyukov I., Vlahov D., Thami P., Gaseitsiwe S., Novitsky V., Essex M., O’Brien S. Genome-wide association study reveals genetic variants associated with HIV-1C infection in a Botswana study population. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2021. Vol. 118. No. 47. pp. e2107830118.

Статья

Tamazian G., Dobrynin P.V., Zhuk A.S., Zhernakova D.V., Perelman P.L., Serdyukova N.A., Graphodatsky A., Komissarov A.S., Kliver S.F., Cherkasov N., Scott A.F., Mohr D.W., Koepfli K., O’Brien S., Krasheninnikova K. Draft de novo Genome Assembly of the Elusive Jaguarundi, Puma yagouaroundi. Journal of Heredity. 2021. Vol. 112. No. 6. pp. 540-548.

Тезисы

Identification and comparison of somatic antigen structures of symbiotic and pathogenic bacteria from Morganellaceae family

Тезисы

Innovative approaches to computational methods across diets, microbiomes and health care

Тезисы

GINOFIP-пайплайн для поиска оперонов с генами интереса

Тезисы

Применение методов машинного обучения для метагеномного и полногеномного анализов микробиоты кишечника

Тезисы

Усовершенствование GINOFIP – алгоритма для идентификации оперонов интереса. Сборник тезисов XXI Всероссийской конференции молодых ученых «Биотехнология в растениеводстве, животноводстве и сельскохозяйственной микробиологии»

Тезисы

Сравнительная геномика соматических антигенов симбиотических и условно-патогенных бактерий рода Herbaspirillum

Статья

Rayko M., Komissarov A.S. Quality control of low-frequency variants in SARS-CoV-2 genomes. BioRxiv [база препринтов]. 2020.

Тезисы

Митогеномика и молекулярная филогенетика попугаев рода Aratinga и Psittacus

Статья

Velichko N.S., Kokoulin M.S., Sigida E.N., Kuchur P.D., Komissarov A.S., Kovtunov E.A., Fedonenko Y.P. Structural and genetic characterization of the colitose-containing O-specific polysaccharide from the lipopolysaccharide of Herbaspirillum frisingense GSF30T. International Journal of Biological Macromolecules. 2020. Vol. 161. pp. 891-897.

Статья

Rayko M., Komissarov A.S., Kwan J., Lim-Fong G., Rhodes A., Kliver S., Kuchur P.D., O’Brien S., Lopez J. Draft genome of Bugula neritina, a colonial animal packing powerful symbionts and potential medicines. Scientific Data. 2020. Vol. 7. No. 1. pp. 356.

Тезисы

Mitogenomics and phylogenetics of vulnerable and endangered birds of genera Aratinga and Psittacus

Тезисы

Automatic annotation of operons responsible for O-antigen synthesis

Тезисы

Влияние человеческого фактора на результативность генетических исследований в рамках прогнозирования атеросклероза

Тезисы

Особенности структурной организации оперонов О-антигена в геноме Herbaspirillum frisingense

Тезисы

Pannopi: a tool for pangenome based prokaryotic genome assembly and annotation

Статья

Чеснокова П.Д., Ковтунов Е.А., Величко Н.С., Комиссаров А.С. Особенности структурной организации оперонов о-антигена в геноме herbaspirillum frisingense. Гены и клетки [Genes and Cells]. 2020. Т. 15. № S3. С. 153.

Тезисы

TRANSCRIPTOME ANALYSIS OF RANA TEMPORARIA IN THE EARLY STAGES OF EMBRYOGENESIS

Тезисы

Comparative genomics analysis of o-antigen related genes in prokaryotic genomes

Тезисы

CONTERA: A TOOL FOR PREPARATION DATA FOR PANGENOMIC ANALYSIS

Тезисы

Анализ состава транскриптома травяной лягушки Rana Temporaria

Тезисы

МЕТАГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ БИОПТАТОВ ТОЛСТОЙ КИШКИ ПАЦИЕНТОВ С ЯЗВЕННЫМ КОЛИТОМ

Тезисы

MGELSE: ПАЙПЛАЙН ДЛЯ ПОИСКА И АННОТАЦИИ МОБИЛЬНЫХ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ЭЛЕМЕНТОВ У ПРОКАРИОТ

Тезисы

Metagenomic analysis of colon biopsy samples in patients with ulcerative colitis

Тезисы

Interoperable whole genome sequencing and metagenomics of colon biopsy samples from patients with ulcerative colitis

Статья

Ряховский С.С., Комиссаров А.С. Поиск и визуализация TAAR генов в собранных геномах позвоночных. Гены и клетки [Genes and Cells]. 2020. Т. 15. № S3. С. 147.

Статья

Буланцев Н.А., Комиссаров А.С., Кошель Е.И., Круглов Е.Е., Мякишева Ю.В., Кафтырева Л.А. Метагеномный анализ биоптатов толстой кишки пациентов с язвенным колитом. Гены и клетки [Genes and Cells]. 2020. Т. 15. № S3. С. 128.

Статья

Дикая В.А., Травина А.О., Остромышенский Д.И., Подгорная О.И., Комиссаров А.С. Анализ состава транскриптома травяной лягушки rana temporaria. Гены и клетки [Genes and Cells]. 2020. Т. 15. № S3. С. 132.

Статья

Zilov D.S., Komissarov A.S. Pannopi: prokaryotic genome assembly and annotation pipeline. BMC Bioinformatics. 2020. Vol. 21. No. Suppl20. pp. 6-7.

Статья

Zhernakova D.A., Brukhin V., Malov S., Oleksyk T., Koepfli K., Zhuk A., Dobrynin P., Klivera S., Cherkasov N., Tamazian G., Rotkevich M., Krasheninnikova K., Evsyukov I., Sidorov S., Gorbunova A., Chernyaeva E., Shevchenko A., Kolchanova S., Komissarov A.S., Simonov S., Antonik A., Logachev A., Polevh D., Pavlovah O., Glotov A., Ulantsev V., Noskova E., Davydova T., Sivtseva T., Limborska S., Balanovsky O., Osakovsky V., Novozhilov A., Puzyrev V., O'Brien S. Genome-wide sequence analyses of ethnic populations across Russia. Genomics. 2020. Vol. 112. No. 1. pp. 442-458.

Тезисы

Гетерохроматиновые районы в хромосомах японского перепела

Статья

Marra N.J., Stanhope M.J., Jue N.K., Wang M., Sun Q., Bitar P.P., Richards V.P., Komissarov A., Rayko M., Kliver S. White shark genome reveals ancient elasmobranch adaptations associated with wound healing and the maintenance of genome stability. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2019. Vol. 116. No. 10. pp. 4446-4455.

Тезисы

THE GENOME RUSSIA PROJECT-2019

Статья

Kolchanova S., Kliver S., Komissarov A.S., Dobrinin P., Tamazian G., Grigorev K., Wolfsberger W., Majeske A., Velez-Valentin J., De La Rosa R., Paul-Murphy J.R., Guzman D.S., Court M.H., Rodriguez-Flores J.L., Martinez-Cruzado J., Oleksyk T. Genomes of Three Closely Related Caribbean Amazons Provide Insight for Species History and Conservation. Genes. 2019. Vol. 10. No. 1. pp. 54.

Статья

Koepfli K., Tamazian G., Wildt D., Dobrynin P., Kim C., Frandsen P.B., Godinho R., Yurchenko A.A., Komissarov A., Krasheninnikova K., Kliver S., Kolchanova S. Whole genome sequencing and re-sequencing of the sable antelope (Hippotragus niger): a resource for monitoring diversity in ex situ and in situ populations. G3: Genes, Genomes, Genetics. 2019. Vol. 9. No. 6. pp. 1785-1793.

Статья

Kulak M., Komissarov A.S., Dyomin A., Fillon V., Gaginskaya E., Saifitdinova A., Galkina S. Description of new tandem repeats in the genome of Japanese quail. Molecular Cytogenetics. 2019. Vol. 12. No. S1. pp. 4.

Тезисы

Long-Read sequencing and de novo genome assembly of the Manila clam, Ruditapes philippinarum (Bivalvia, Veneridae)

Тезисы

Молекулярные основы классических признаков у кур: факты и гипотезы

Статья

Kulak M.M., Dyomin A.G., Komissarov A.S., Fillon V., Saifitdinova A.F., Pavlova O.A., Gaginskaya E.R., Galkina S.A. New pericentromeric repeat identified in the genome of japanese quail. Comparative Cytogenetics. 2018. Vol. 12. No. 3. pp. 337-338.

Тезисы

Diversity of genomic variants and population genetics of ethnic and regional groups across Russia

Тезисы

Assembly and comparative analysis of some apomicticBoechera species genomes

Тезисы

Annotation of genetic variation within Genome Russia project

Статья

Grigorev K., Kliver S., Dobrynin P., Komissarov A., Wolfsberger W., Krasheninnikova K., Afanador-Hernandez Y.M., Brandt A.L., Paulino L.A., Carreras R., Rodriguez L.E., Nunez A., Brandt J.R., Silva F., Hernandez-Martich J.D., Majeske A., Antunes A., Roca A.L., O'Brien S.J., Martinez-Cruzado J., Oleksyk T. Innovative assembly strategy contributes to understanding the evolution and conservation genetics of the endangered Solenodon paradoxus from the island of Hispaniola. GigaScience. 2018. Vol. 7. No. 6. pp. giy025.

Статья

Komissarov A., Vij S., Yurchenko A., Trifonov V., Thevasagayam N., Saju J., Sridatta P.S., Purushothaman K., Graphodatsky A., Orban L., Kuznetsova I. B Chromosomes of the Asian seabass (Lates calcarifer) contribute to genome variations at the level of individuals and populations. Genes. 2018. Vol. 9. No. 10. pp. 464.

Статья

Volodkina V.A., Kulak M.M., Komissarov A.S., Galkina S.A., Gaginskaya E.R., Saifitdinova A.F. Chicken tandem repeats Ggal10 and Ggal20 are specific to different microchromosomes. Comparative Cytogenetics. 2018. Vol. 12. No. 3. pp. 357-358.

Статья

Kliver S., Rayko M., Komissarov A., Bakin E., Zhernakova D.V., Prasad K., Rushworth C., Baskar R., Smetanin D., Schmutz J., Rokhsar D.S., Mitchell-Olds T., Grossniklaus U., Brukhin V. Assembly of the Boechera retrofracta genome and evolutionary analysis of apomixis-associated genes. Genes. 2018. Vol. 9. No. 4. pp. 185.

Статья

Komissarov A.S., Galkina S.A., Koshel E.I., Kulak M.M., Dyomin A.G., O'Brien S.J., Gaginskaya E.R., Saifitdinova A.F. New high copy tandem repeat in the content of the chicken W chromosome. Chromosoma. 2018. Vol. 127. No. 1. pp. 73-83.

Статья

O'Brien S.J., Tamazian G., Komissarov A.S., Dobrynin P.V., Krasheninnikova K.V., Kliver S.F., Cherkasov N.A., Koepfli K. A Moving Landscape for Comparative Genomics in Mammals. Comparative Cytogenetics. 2018. Vol. 12. No. 3. pp. 301.

Тезисы

Assembly and annotation of genomes of some species from the apomictic genus Boechera and evolutionary analysis of apomixis-associated genes

Статья

Komissarov A.S., Ghiselli F., Milani L., Dunham J.P., Breton S., Nuzhdin S.V., Passamonti M. The draft genome of Ruditapes philippinarum (the Manila clam), a promising model system for mitochondrial biology. PeerJ PrePrints. 2017.

Статья

Biltueva L.S., Prokopov D.Y., Makunin A.I., Komissarov A.S., Kudryavtseva A.V., Lemskaya N.A., Vorobieva N.V., Serdyukova N.A., Romanenko S.A., Gladkikh O.L., Graphodatsky A., Trifonov V.A. Genomic organization and physical mapping of tandemly arranged repetitive DNAs in sterlet (Acipenser ruthenus). Cytogenetic and Genome Research. 2017. Vol. 152. No. 3. pp. 148-157.

Тезисы

Filling in the gaps in the chicken sex W chromosome map

Статья

Brandt A.L., Grigorev K., Afanador-Hernandez Y.M., Paulino L.A., Murphy W.J., Nunez A., Komissarov A., Brandt J.R., Dobrynin P., Hernandez-Martich J.D., Maria R., O’Brien S.J. Mitogenomic sequences support a north–south subspecies subdivision within Solenodon paradoxus. Mitochondrial DNA Part A: DNA Mapping, Sequencing, and Analysis. 2017. Vol. 28. No. 5. pp. 662-670.

Тезисы

The Japanese quail genome a cytogenetic revision

Статья

Figueiro H.V., Li G., Trindade F.J., Assis J., Pais F., Fernandes G., Santos S.H., Hughes G.M., Komissarov A., Antunes A., Trinca C.S., Rodrigues M., Linderoth T., Bi K., Silveira L., Azevedo F.C., Kantek D., Ramalho E., Brassaloti R.A., Villela P.M., Nunes A.L., Teixeira R.H., Morato R.G., Loska D., Saragueta P., Gabaldon T., Teeling E., O'Brien S.J., Nielsen R., Coutinho L.L., Oliveira G., Murphy W.J., Eizirik E. Genome-wide signatures of complex introgression and adaptive evolution in the big cats. Science Advances. 2017. Vol. 3. No. 7. pp. e1700299.