Комиссаров Алексей Сергеевич

Комиссаров Алексей Сергеевич
кандидат биологических наук
доцент (квалификационная категория "ординарный доцент"), химико-биологический кластер

Преподаваемые дисциплины в текущем учебном году

  • Биоинформатика / Bioinformatics
  • Геномика одной клетки / Single Cell Genomics
  • Функциональная геномика / Functional Genomics

Наименование направления подготовки и (или) специальности

Педагогический стаж

Общий стаж:
14 лет

Публикации

61
Статья
2022 год

Abbas Q., Kusakin A.V., Sharruf K., Komissarov A.S., Dzhiakkhvo S. Follow-up investigation and detailed mutational characterization of the SARS-CoV-2 Omicron variant and its lineages (BA.1, BA.2, and BA.3) and sub-lineage (BA.1.1). BioRxiv. 2022. pp. 1.

Учебник, учебное пособие
2022 год

Aifred Werner's Periodic Table

Статья
2021 год

Barua S., Komissarov A., Kaur H., Brodsky E. Transcriptomic analysis of DNA damage response in zebrafish embryos under simulated microgravity. BioRxiv. 2021.

Тезисы
2021 год

Innovative approaches to computational methods across diets, microbiomes and health care

Тезисы
2021 год

Применение методов машинного обучения для метагеномного и полногеномного анализов микробиоты кишечника

Тезисы
2021 год

Сравнительная геномика соматических антигенов симбиотических и условно-патогенных бактерий рода Herbaspirillum

Тезисы
2021 год

GINOFIP-пайплайн для поиска оперонов с генами интереса

Тезисы
2021 год

Identification and comparison of somatic antigen structures of symbiotic and pathogenic bacteria from Morganellaceae family

Статья
2021 год

Tamazian G., Dobrynin P.V., Zhuk A.S., Zhernakova D.V., Perelman P.L., Serdyukova N.A., Graphodatsky A., Komissarov A.S., Kliver S.F., Cherkasov N., Scott A.F., Mohr D.W., Koepfli K., O’Brien S., Krasheninnikova K. Draft de novo Genome Assembly of the Elusive Jaguarundi, Puma yagouaroundi. Journal of Heredity. 2021. Vol. 112. No. 6. pp. 540-548.

Статья
2021 год

Shevchenko A., Zhernakova D.V., Malov S., Komissarov A., Kolchanova S., Tamazian G., Antonik A., Cherkasov N., Kliver S., Turenko A., Rotkevich M., Evsyukov I., Vlahov D., Thami P., Gaseitsiwe S., Novitsky V., Essex M., O’Brien S. Genome-wide association study reveals genetic variants associated with HIV-1C infection in a Botswana study population. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2021. Vol. 118. No. 47. pp. e2107830118.

Статья
2021 год

Ryakhovsky S., Dikaya V., Korchagin V., Vergun A., Danilov L., Ochkalova S., Girnyk A., Zhernakova D.V., Arakelyan M., Brukhin V., Komissarov A.S., Ryskov A. De novo transcriptome assembly and annotation of parthenogenetic lizard Darevskia unisexualis and its parental ancestors Darevskia valentini and Darevskia raddei nairensis. Data in Brief. 2021. Vol. 39. pp. 107685.

Статья
2021 год

Kolchanova S., Komissarov A., Kliver S., Mazo-Vargas A., Afanador Y., Velez-Valentin J., De La Rosa R., Castro-Marquez S., Rivera-Colon I., Majeske A., Wolfsberger W., Hans T., Corvelo A., Martinez-Cruzado J., Glenn T., Robinson O., Koepfli K., Oleksyk T. Molecular phylogeny and evolution of amazon parrots in the greater antilles. Genes. 2021. Vol. 12. No. 4. pp. 608.

Статья
2021 год

Dukhinova M.S., Kokinos E., Kuchur P.D., Komissarov A., Shtro A. Macrophage-derived cytokines in pneumonia: Linking cellular immunology and genetics. Cytokine and Growth Factor Reviews. 2021. Vol. 59. pp. 46-61.

Статья
2020 год

Дикая В.А., Травина А.О., Остромышенский Д.И., Подгорная О.И., Комиссаров А.С. Анализ состава транскриптома травяной лягушки rana temporaria. Гены и клетки [Genes and Cells]. 2020. Т. 15. № S3. С. 132.

Тезисы
2020 год

МЕТАГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ БИОПТАТОВ ТОЛСТОЙ КИШКИ ПАЦИЕНТОВ С ЯЗВЕННЫМ КОЛИТОМ

Тезисы
2020 год

Comparative genomics analysis of o-antigen related genes in prokaryotic genomes

Тезисы
2020 год

Анализ состава транскриптома травяной лягушки Rana Temporaria

Тезисы
2020 год

Interoperable whole genome sequencing and metagenomics of colon biopsy samples from patients with ulcerative colitis

Тезисы
2020 год

CONTERA: A TOOL FOR PREPARATION DATA FOR PANGENOMIC ANALYSIS

Тезисы
2020 год

Митогеномика и молекулярная филогенетика попугаев рода Aratinga и Psittacus

Тезисы
2020 год

Mitogenomics and phylogenetics of vulnerable and endangered birds of genera Aratinga and Psittacus

Статья
2020 год

Буланцев Н.А., Комиссаров А.С., Кошель Е.И., Круглов Е.Е., Мякишева Ю.В., Кафтырева Л.А. Метагеномный анализ биоптатов толстой кишки пациентов с язвенным колитом. Гены и клетки [Genes and Cells]. 2020. Т. 15. № S3. С. 128.

Тезисы
2020 год

Metagenomic analysis of colon biopsy samples in patients with ulcerative colitis

Статья
2020 год

Rayko M., Komissarov A.S., Kwan J., Lim-Fong G., Rhodes A., Kliver S., Kuchur P.D., O’Brien S., Lopez J. Draft genome of Bugula neritina, a colonial animal packing powerful symbionts and potential medicines. Scientific Data. 2020. Vol. 7. No. 1. pp. 356.

Тезисы
2020 год

TRANSCRIPTOME ANALYSIS OF RANA TEMPORARIA IN THE EARLY STAGES OF EMBRYOGENESIS

Тезисы
2020 год

MGELSE: ПАЙПЛАЙН ДЛЯ ПОИСКА И АННОТАЦИИ МОБИЛЬНЫХ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ЭЛЕМЕНТОВ У ПРОКАРИОТ

Статья
2020 год

Velichko N.S., Kokoulin M.S., Sigida E.N., Kuchur P.D., Komissarov A.S., Kovtunov E.A., Fedonenko Y.P. Structural and genetic characterization of the colitose-containing O-specific polysaccharide from the lipopolysaccharide of Herbaspirillum frisingense GSF30T. International Journal of Biological Macromolecules. 2020. Vol. 161. pp. 891-897.

Статья
2020 год

Zhernakova D.A., Brukhin V., Malov S., Oleksyk T., Koepfli K., Zhuk A., Dobrynin P., Klivera S., Cherkasov N., Tamazian G., Rotkevich M., Krasheninnikova K., Evsyukov I., Sidorov S., Gorbunova A., Chernyaeva E., Shevchenko A., Kolchanova S., Komissarov A.S., Simonov S., Antonik A., Logachev A., Polevh D., Pavlovah O., Glotov A., Ulantsev V., Noskova E., Davydova T., Sivtseva T., Limborska S., Balanovsky O., Osakovsky V., Novozhilov A., Puzyrev V., O'Brien S. Genome-wide sequence analyses of ethnic populations across Russia. Genomics. 2020. Vol. 112. No. 1. pp. 442-458.

Статья
2020 год

Rayko M., Komissarov A.S. Quality control of low-frequency variants in SARS-CoV-2 genomes. BioRxiv. 2020.

Статья
2020 год

Zilov D.S., Komissarov A.S. Pannopi: prokaryotic genome assembly and annotation pipeline. BMC Bioinformatics. 2020. Vol. 21. No. Suppl20. pp. 6-7.

Статья
2020 год

Чеснокова П.Д., Ковтунов Е.А., Величко Н.С., Комиссаров А.С. Особенности структурной организации оперонов о-антигена в геноме herbaspirillum frisingense. Гены и клетки [Genes and Cells]. 2020. Т. 15. № S3. С. 153.

Статья
2020 год

Ряховский С.С., Комиссаров А.С. Поиск и визуализация TAAR генов в собранных геномах позвоночных. Гены и клетки [Genes and Cells]. 2020. Т. 15. № S3. С. 147.

Тезисы
2020 год

Pannopi: a tool for pangenome based prokaryotic genome assembly and annotation

Тезисы
2020 год

Особенности структурной организации оперонов О-антигена в геноме Herbaspirillum frisingense

Тезисы
2020 год

Влияние человеческого фактора на результативность генетических исследований в рамках прогнозирования атеросклероза

Тезисы
2020 год

Automatic annotation of operons responsible for O-antigen synthesis

Статья
2019 год

Kulak M., Komissarov A.S., Dyomin A., Fillon V., Gaginskaya E., Saifitdinova A., Galkina S. Description of new tandem repeats in the genome of Japanese quail. Molecular Cytogenetics. 2019. Vol. 12. No. S1. pp. 4.

Тезисы
2019 год

Молекулярные основы классических признаков у кур: факты и гипотезы

Тезисы
2019 год

Long-Read sequencing and de novo genome assembly of the Manila clam, Ruditapes philippinarum (Bivalvia, Veneridae)

Статья
2019 год

Marra N.J., Stanhope M.J., Jue N.K., Wang M., Sun Q., Bitar P.P., Richards V.P., Komissarov A., Rayko M., Kliver S. White shark genome reveals ancient elasmobranch adaptations associated with wound healing and the maintenance of genome stability. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2019. Vol. 116. No. 10. pp. 4446-4455.

Тезисы
2019 год

THE GENOME RUSSIA PROJECT-2019

Статья
2019 год

Koepfli K., Tamazian G., Wildt D., Dobrynin P., Kim C., Frandsen P.B., Godinho R., Yurchenko A.A., Komissarov A., Krasheninnikova K., Kliver S., Kolchanova S. Whole genome sequencing and re-sequencing of the sable antelope (Hippotragus niger): a resource for monitoring diversity in ex situ and in situ populations. G3: Genes, Genomes, Genetics. 2019. Vol. 9. No. 6. pp. 1785-1793.

Тезисы
2019 год

Гетерохроматиновые районы в хромосомах японского перепела

Статья
2019 год

Kolchanova S., Kliver S., Komissarov A.S., Dobrinin P., Tamazian G., Grigorev K., Wolfsberger W., Majeske A., Velez-Valentin J., De La Rosa R., Paul-Murphy J.R., Guzman D.S., Court M.H., Rodriguez-Flores J.L., Martinez-Cruzado J., Oleksyk T. Genomes of Three Closely Related Caribbean Amazons Provide Insight for Species History and Conservation. Genes. 2019. Vol. 10. No. 1. pp. 54.

Статья
2018 год

Kulak M.M., Dyomin A.G., Komissarov A.S., Fillon V., Saifitdinova A.F., Pavlova O.A., Gaginskaya E.R., Galkina S.A. New pericentromeric repeat identified in the genome of japanese quail. Comparative Cytogenetics. 2018. Vol. 12. No. 3. pp. 337-338.

Тезисы
2018 год

Assembly and comparative analysis of some apomicticBoechera species genomes

Тезисы
2018 год

Diversity of genomic variants and population genetics of ethnic and regional groups across Russia

Тезисы
2018 год

Annotation of genetic variation within Genome Russia project

Тезисы
2018 год

Assembly and annotation of genomes of some species from the apomictic genus Boechera and evolutionary analysis of apomixis-associated genes

Статья
2018 год

Komissarov A., Vij S., Yurchenko A., Trifonov V., Thevasagayam N., Saju J., Sridatta P.S., Purushothaman K., Graphodatsky A., Orban L., Kuznetsova I. B Chromosomes of the Asian seabass (Lates calcarifer) contribute to genome variations at the level of individuals and populations. Genes. 2018. Vol. 9. No. 10. pp. 464.

Статья
2018 год

Volodkina V.A., Kulak M.M., Komissarov A.S., Galkina S.A., Gaginskaya E.R., Saifitdinova A.F. Chicken tandem repeats Ggal10 and Ggal20 are specific to different microchromosomes. Comparative Cytogenetics. 2018. Vol. 12. No. 3. pp. 357-358.

Статья
2018 год

O'Brien S.J., Tamazian G., Komissarov A.S., Dobrynin P.V., Krasheninnikova K.V., Kliver S.F., Cherkasov N.A., Koepfli K. A Moving Landscape for Comparative Genomics in Mammals. Comparative Cytogenetics. 2018. Vol. 12. No. 3. pp. 301.

Статья
2018 год

Kliver S., Rayko M., Komissarov A., Bakin E., Zhernakova D.V., Prasad K., Rushworth C., Baskar R., Smetanin D., Schmutz J., Rokhsar D.S., Mitchell-Olds T., Grossniklaus U., Brukhin V. Assembly of the Boechera retrofracta genome and evolutionary analysis of apomixis-associated genes. Genes. 2018. Vol. 9. No. 4. pp. 185.

Статья
2018 год

Grigorev K., Kliver S., Dobrynin P., Komissarov A., Wolfsberger W., Krasheninnikova K. Innovative assembly strategy contributes to understanding the evolution and conservation genetics of the endangered Solenodon paradoxus from the island of Hispaniola. Oxford University Press. 2018. Vol. 7. No. 6. pp. giy025.

Статья
2018 год

Komissarov A.S., Galkina S.A., Koshel E.I., Kulak M.M., Dyomin A.G., O'Brien S.J., Gaginskaya E.R., Saifitdinova A.F. New high copy tandem repeat in the content of the chicken W chromosome. Chromosoma. 2018. Vol. 127. No. 1. pp. 73-83.

Тезисы
2017 год

The Japanese quail genome a cytogenetic revision

Статья
2017 год

Komissarov A.S., Ghiselli F., Milani L., Dunham J.P., Breton S., Nuzhdin S.V., Passamonti M. The draft genome of Ruditapes philippinarum (the Manila clam), a promising model system for mitochondrial biology. PeerJ PrePrints. 2017.

Статья
2017 год

Figueiro H.V., Li G., Trindade F.J., Assis J., Pais F., Fernandes G., Santos S.H., Hughes G.M., Komissarov A., Antunes A., Trinca C.S., Rodrigues M., Linderoth T., Bi K., Silveira L., Azevedo F.C., Kantek D., Ramalho E., Brassaloti R.A., Villela P.M., Nunes A.L., Teixeira R.H., Morato R.G., Loska D., Saragueta P., Gabaldon T., Teeling E., O'Brien S.J., Nielsen R., Coutinho L.L., Oliveira G., Murphy W.J., Eizirik E. Genome-wide signatures of complex introgression and adaptive evolution in the big cats. Science Advances. 2017. Vol. 3. No. 7. pp. e1700299.

Статья
2017 год

Brandt A.L., Grigorev K., Afanador-Hernandez Y.M., Paulino L.A., Murphy W.J., Nunez A., Komissarov A., Brandt J.R., Dobrynin P., Hernandez-Martich J.D., Maria R., O’Brien S.J. Mitogenomic sequences support a north–south subspecies subdivision within Solenodon paradoxus. Mitochondrial DNA Part A: DNA Mapping, Sequencing, and Analysis. 2017. Vol. 28. No. 5. pp. 662-670.

Тезисы
2017 год

Filling in the gaps in the chicken sex W chromosome map

Статья
2017 год

Biltueva L.S., Prokopov D.Y., Makunin A.I., Komissarov A.S., Kudryavtseva A.V., Lemskaya N.A., Vorobieva N.V., Serdyukova N.A., Romanenko S.A., Gladkikh O.L., Graphodatsky A., Trifonov V.A. Genomic organization and physical mapping of tandemly arranged repetitive DNAs in sterlet (Acipenser ruthenus). Cytogenetic and Genome Research. 2017. Vol. 152. No. 3. pp. 148-157.

Повышение квалификации

Повышение квалификации
2022 год
Школа PI

Российская Федерация, Санкт-Петербург