Сергушичев Алексей Александрович

Статья

Сухов В.Д., Короткевич Г.В., Сергушичев А.А. Многоуровневое расщепление в методе Монте-Карло для оценки вероятностей редких событий в пермутационных тестах [Multilevel splitting for rare events estimation in permutation tests]. Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики [Scientific and Technical Journal of Information Technologies, Mechanics and Optics]. 2024. Т. 24. № 4. С. 654-660.

Статья

Kleverov M., Zenkova D., Kamenev V., Sablina M., Artyomov M.N., Sergushichev A.A. Phantasus, a web application for visual and interactive gene expression analysis. eLife. 2024. Vol. 13. pp. e85722.

Статья

Usoltsev D., Kolosov N., Rotar O., Loboda A., Boyarinova M., Moguchaya E., Kolesova E., Erina A., Tolkunova K., Rezapova V., Molotkov I., Melnik O., Freylikhman O., Paskar N., Alieva A., Baranova E., Bazhenova E., Beliaeva O., Vasilyeva E., Kibkalo S., Skitchenko R., Babenko A., Sergushichev A., Dushina A., Lopina E., Basyrova I., Libis R., Duplyakov D., Cherepanova N., Donner K., Laiho P., Kostareva A., Konradi A., Shlyakhto E., Palotie A., Daly M.J., Artomov M. Complex trait susceptibilities and population diversity in a sample of 4,145 Russians. Nature Communications. 2024. Vol. 15. No. 1. pp. 6212.

Статья

Mogilenko D.A., Sergushichev A., Artyomov M. Systems Immunology Approaches to Metabolism. Annual Review of Immunology. 2023. Vol. 41. pp. 317-342.

Статья

Larionova I., Kiselev A., Kazakova E., Liu T., Patysheva M., Iamshchikov P., Liu Q., Mossel D.M., Riabov V., Rakina M., Sergushichev A., Bezgodova N., Vtorushin S., Litviakov N., Denisov E., Koshkin P., Pyankov D., Tsyganov M., Ibragimova M., Cherdyntseva N., Kzhyshkowska J. Tumor-associated macrophages respond to chemotherapy by detrimental transcriptional reprogramming and suppressing stabilin-1 mediated clearance of EGF. Frontiers in Immunology. 2023. Vol. 14. pp. 1000497.

Статья

Pinakhina D., Loboda A., Sergushichev A., Artomov M. Gene, cell type, and drug prioritization analysis suggest genetic basis for the utility of diuretics in treating Alzheimer disease. Human Genetics and Genomics Advances. 2023. Vol. 4. No. 3. pp. 100203.

Статья

Gainullina A., Mogilenko D.A., Huang L.H., Todorov H., Narang V., Kim K., Yng L., Kent A., Jia B., Seddu K., Krchma K., Wu J., Crozat K., Tomasello E., Dress R., See P., Scott C., Gibbings S., Bajpai G., Desai J., Maier B., This S., Wang P., Aguilar S., Poupel L., Dussaud S., Zhou T., Angeli V., Blander J., Choi K., Dalod M., Dzhagalov I., Gautier E., Jakubzick C., Lavine K., Lionakis M., Paidassi H., Sieweke M.H., Ginhoux F., Guilliams M., Benoist C., Merad M., Randolph G.J., Sergushichev A., Artyomov M.N. Network analysis of large-scale ImmGen and Tabula Muris datasets highlights metabolic diversity of tissue mononuclear phagocytes. Cell Reports. 2023. Vol. 42. No. 2. pp. 112046.

Статья

Pinakhina D., Yermakovich D., Vergasova E., Kasyanov E., Rukavishnikov G., Rezapova V., Kolosov N., Sergushichev A., Popov I., Kovalenko E., Ilinskaya A., Kim A., Plotnikov N., Ilinsky V., Neznanov N., Mazo G., Kibitov A., Rakitko A., Artomov M. GWAS of depression in 4,520 individuals from the Russian population highlights the role of MAGI2 (S-SCAM) in the gut-brain axis. Frontiers in Genetics. 2023. Vol. 13. pp. 972196.

Статья

Emelianova M., Gainullina A., Poperechnyi N., Loboda A.A., Artyomov M., Sergushichev A. Shiny GATOM: omics-based identification of regulated metabolic modules in atom transition networks. Nucleic Acids Research. 2022. Vol. 50. No. 1. pp. W690-W696.

Статья

Dufour C., Xia H., B’Chir W., Perry M., Kuzmanov U., Gainullina A., Dejgaard K., Scholtes C., Ouellet C., Zuo D., Sanguin-Gendreau V., Guluzian C., Smith H., Muller W., Audet-Walsh E., Sergushichev A.A., Emili A., Giguere V. Integrated multi-omics analysis of adverse cardiac remodeling and metabolic inflexibility upon ErbB2 and ERRAlpha deficiency. Communications Biology. 2022. Vol. 5. No. 1. pp. 955.

Статья

Rotar O., Boyarinova M.A., Moguchaya E.V., Tolkunova K., Kolosov N., Rezapova V., Freylikhman O., Usoltsev D., Melnik O., Sergushichev A.A., Solntsev V., Kostareva A.A., Dubinina E., Voortman T., Stevens C., Daly M., Konradi A.O., Schlyakhto E., Artomov M. Case Report: Supernormal Vascular Aging in Leningrad Siege Survivors. Frontiers in Cardiovascular Medicine. 2022. Vol. 9. pp. 843439.

Статья

Kolosov N., Rezapova V., Rotar O., Loboda A., Freylikhman O., Melnik O., Sergushichev A., Stevens C., Voortman T., Kostareva A., Konradi A., Daly M., Artomov M. Genotype imputation and polygenic score estimation in northwestern Russian population. PLoS ONE. 2022. Vol. 17. No. 6. pp. e0269434.

Тезисы

Fast gene set enrichment analysis with multi-level Monte-Carlo approach

Тезисы

Gene Set Co-regulation Analysis

Статья

Merlin J., Ivanov S., Dumont A., Sergushichev A.A., Gall J., Stunault M.I., Ayrault M., Vaillant N., Castiglione A., Swain A., Orange F., Gallerand A., Berton T., Martin J., Carobbio S., Masson J., Gaisler-Salomon I., Maechler P., Rayport S., Sluimer J., Biessen E., Guinamard R.R., Gautier E., Thorp E.B., Artyomov M.N., Yvan-Charvet L. Non-canonical glutamine transamination sustains efferocytosis by coupling redox buffering to oxidative phosphorylation. Nature Metabolism. 2021. Vol. 3. No. 10. pp. 1313-1326.

Статья

Gainullina A., Shalyto A.A., Sergushichev A.A. Method for Joint Clustering in Graph and Correlation Spaces. Automatic Control and Computer Sciences. 2021. Vol. 55. No. 7. pp. 647-657.

Статья

Santeford A., Lee A.Y., Sene A., Hassman L., Sergushichev A.A., Loginicheva E., Artyomov M.N., Ruzycki P.A., Apte R.S. Loss of Mir146b with aging contributes to inflammation and mitochondrial dysfunction in thioglycollate-elicited peritoneal macrophages. eLife. 2021. Vol. 10. pp. e66703.

Статья

Ignatieva E.V., Ivanova O.A., Komarova M.Y., Khromova N.V., Polev D.E., Kostareva A.A., Sergushichev A.A., Dmitrieva R. Lmna mutations g232e and r482l cause dysregulation of skeletal muscle differentiation, bioenergetics, and metabolic gene expression profile. Genes. 2020. Vol. 11. No. 9. pp. 1057.

Статья

Иванова О.А., Игнатьева Е.В., Лелявина Т.А., Галенко В.Л., Комарова М.Ю., Борцова М.А., Ситникова М.Ю., Костарева А.А., Сергушичев А.А., Дмитриева Р.И. Анализ транскриптома скелетной мускулатуры выявил влияние физических тренировок на молекулярные механизмы регуляции роста и метаболизма мышечной ткани у пациентов с хронической сердечной недостаточнстью. Российский кардиологический журнал [Russian Journal of Cardiology]. 2020. Т. 25. № 10. С. 79-86.

Статья

Bambouskova M., Gorvel L., Lampropoulou V., Sergushichev A., Loginicheva E., Jovanovic M., Klechevsky E., Stewart K.M., Randolph G.J., Artyomov M.N. Electrophilic properties of itaconate regulating macrophage activation. Journal of Immunology. 2020. Vol. 204. No. 1(Suppl.). pp. 152.17.

Статья

Гайнуллина А.Н., Шалыто А.А., Сергушичев А.А. Метод совместной кластеризации в графовом и корреляционном пространствах. Моделирование и анализ информационных систем. 2020. Т. 27. № 2. С. 180-193.

Статья

Zlotina A., Melnik O., Fomicheva Y., Skitchenko R.K., Sergushichev A., Shagimardanova E., Gusev O., Gazizova G., Loevets T., Vershinina T., Kozyrev I., Gordeev M., Vasichkina E., Pervunina T., Kostareva A.A. A 300-kb microduplication of 7q36.3 in a patient with triphalangeal thumb-polysyndactyly syndrome combined with congenital heart disease and optic disc coloboma: a case report. BMC Medical Genomics. 2020. Vol. 13. No. 1. pp. 175.

Статья

Aguilar S., Aguilar O., Allan R., Amir E., Angeli V., Artyomov M.N., Asinovski N., Astarita J., Austen K., Bajpai G., Barrett N., Baysoy A., Benoist C., Bellemare-Pelletier A., Berg B., Best A., Bezman N., Blair D., Blander J., Bogunovic M., Brennan P., Brenner M., Brown B., Buechler M., Buenrostro J., Casanova M., Choi K., Chow A., Chudnovskiy A., Cipoletta D., Cohen N., Collins J., Colonna M., Cook A., Costello J., Cremasco V., Crowl T., Crozat K., Cruse R., D’Angelo J., Dalod M., Davis S., Demiralp C., Deng T., Desai J., Desland F., Dhainaut M., Ding J., Doedens A., Dominguez C., Doran G., Dress R., Dustin M., Dwyer D., Dzhagalov I., Elpek K., Ergun A., Ericson J., Esomonu E., Fairfax K., Fletcher A., Frascoli M., Fuchs A., Gainullina A., Gal-Oz S., Gallagher M., Gautier E., Gazit R., Gibbings S., Giraud M., Ginhoux F., Goldrath A., Gotthardt D., Gray D., Greter M., Grieshaber-Bouyer R., Guilliams M., Haidermota S., Hardy R., Hashimoto D., Helft J., Hendricks D., Heng T., Hill J., Hyatt G., Idoyaga J., Jakubzick C., Jarjoura J., Jepson D., Jia B., Jianu R., Johanson T., Jordan S., Jojic V., Kamimura Y., Kana V., Kang J., Kapoor V., Kenigsberg E., Kent A., Kim C., Kim E., Kim F., Kim J., Kim K., Kiner E., Knell J., Koller D., Krchma K., Kozinn L., Kreslavsky T., Kronenberg M., Kwan W., Laidlaw D., Lam V., Lanier L., Laplace C., Lareau C., Lavin Y., Lavine K., Leader A., Leboeuf M., Lee J., Lee J., Li B., Li H., Li Y., Lionakis M., Luche H., Lynch L., Magen A., Maier B., Malhotra D., Malhotra N., Malissen M., Maslova A., Mathis D., Mcfarland A., Merad M., Meunier E., Miller J., Milner J., Mingueneau M., Min-Oo G., Monach P., Moodley D., Mortha A., Morvan M., Mostafavi S., Muller S., Muus C., Nabekura T., Nageswara Rao T., Narang V., Narayan K., Ner-Gaon H., Nguyen Q., Nigrovic P., Novakovsky G., Nutt S., Omilusik K., Ortiz-Lopez A., Paidassi H., Paik H., Painter M., Paynich M., Peng V., Potempa M., Pradhan R., Price J., Qi Y., Qi Y., Quon S., Ramirez R., Ramanan D., Randolph G., Regev A., Rhoads A., Robinette M., Rose S., Rossi D., Rothamel K., Sachidanandam R., Sathe P., Scott C., Seddu K., See P., Sergushichev A., Shaw L., Shay T., Shemesh A., Shinton S., Shyer J., Sieweke M., Smillie C., Spel L., Spidale N., Stifano G., Subramanian A., Sun J., Sylvia K., Tellier J., This S., Tomasello E., Todorov H., Turley S., Vijaykumar B., Wagers A., Wakamatsu E., Wang C., Wang P., Wroblewska A., Wu J., Yang E., Yang L., Yim A., Yng L., Yoshida H., Yu B., Zhou Y., Zhu Y., Ziemkiewicz C. ImmGen at 15. Nature Immunology. 2020. Vol. 21. No. 7. pp. 700-703.

Статья

Гайнуллина А.Н., Сухов В.Д., Шалыто А.А., Сергушичев А.А. Применение метода независимых компонент для определения начального приближения при поиске активных модулей в биологических графах [Independent component analysis for initial approximation determination in identification of active modules in biological graphs]. Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики [Scientific and Technical Journal of Information Technologies, Mechanics and Optics]. 2020. Т. 20. № 6(130). С. 888-892.

Статья

Лобода А.А., Сергушичев А.А. Вывод генных регуляторных сетей по данным экспрессии генов при помощи байесовских сетей [Inferring of regulatory networks from expression data using bayesian networks]. Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики [Scientific and Technical Journal of Information Technologies, Mechanics and Optics]. 2020. Т. 20. № 6(130). С. 835-840.

Статья

Perepelina K.I., Kostina A.S., Klauzen P., Khudiakov A., Rabino M., Crasto S., Zlotina A.M., Fomicheva Y., Sergushichev A.A., Oganesian M., Dmitriev A., Kostareva A.A., Di Pasquale E., Malashicheva A.B. Generation of two iPSC lines (FAMRCi007-A and FAMRCi007-B) from patient with Emery–Dreifuss muscular dystrophy and heart rhythm abnormalities carrying genetic variant LMNA p.Arg249Gln. Stem Cell Research. 2020. Vol. 47. pp. 101895.

Статья

Alexeev N., Isomurodov J., Sukhov V., Korotkevich G., Sergushichev A. Markov chain Monte Carlo for active module identification problem. BMC Bioinformatics. 2020. Vol. 21. No. 6. pp. 261.

Статья

Гайнуллина А.Н., Артемов М., Сергушичев А.А. Модификация метода совместной кластеризации в графовом и корреляционном пространствах [Method of joint clustering in network and correlation spaces]. Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики [Scientific and Technical Journal of Information Technologies, Mechanics and Optics]. 2020. Т. 20. № 6(130). С. 807-814.

Статья

Vershinina T., Fomicheva Y., Muravyev A., Jorholt J., Kozyreva A., Kiselev A.M., Gordeev M., Vasichkina E., Sergushichev A., Pervunina T.М., Sjoberg G., Skyttner-Rahmani S., Sejersen T., Kostareva A.A. Genetic Spectrum of Left Ventricular Non-Compaction in Paediatric Patients. Cardiology. 2020. Vol. 145. No. 11. pp. 746-755.

Статья

Perepelina K.I., Klauzen P., Khudiakov A., Zlotina A.M., Fomicheva Y., Rudenko D., Gordeev M., Sergushichev A.A., Malashicheva A.B., Kostareva A.A. Generation of two iPSC lines (FAMRCi006-A and FAMRCi006-B) from patient with dilated cardiomyopathy and Emery–Dreifuss muscular dystrophy associated with genetic variant LMNAp.Arg527Pro.. Stem Cell Research. 2020. Vol. 43. pp. 101714.

Статья

Gainullina A., Sergushichev A.A. Transcriptomic profiling of experimental arterial injury reveals new mechanisms and temporal dynamics in vascular healing response. JVS: Vascular Science. 2020. pp. 1-15.

Тезисы

Адаптивный многоуровневый подход Монте-Карло для задачи функционального анализа представленности генов // Сборник тезисов докладов конгресса молодых ученых. Электронное издание. [2019, электронный ресурс]. - Режим доступа: https://kmu.itmo.ru/digests/article/710

Тезисы

FGSEA: fast gene set enrichment analysis

Статья

Pelgrom L.R., Patente T.A., Sergushichev A.A., Esaulova E., Otto F., Ozir-Fazalalikhan A., Van Der Zande H.J., Van Der Ham A.J., Van Der Stel S., Artyomov M.N., Everts B. LKB1 expressed in dendritic cells governs the development and expansion of thymus-derived regulatory T cells. Cell Research. 2019. Vol. 29. No. 5. pp. 406-419.

Тезисы

Rare-event probability estimation in the functional gene set enrichment analysis

Статья

Ivanova O.A., Ignatieva E.V., Lelyavina T.A., Galenko V.L., Kiselev A.M., Sitnikova M.Y., Kostareva A.A., Dmitrieva R.I., Sergushichev A. Transcriptome sequencing revealed the upregulation of pathways that control regeneration and calcium handling in skeletal muscles of heart failure patients undergoing exercise rehabilitation program. European Journal of Heart Failure. 2019. Vol. 21. No. S1. pp. 578-579.

Статья

Korotkevich G., Sukhov V.D., Sergushichev A. Fast gene set enrichment analysis. bioRxiv. 2019. pp. 1-29.

Статья

Трезубов К.А., Сергушичев А.А. Разработка алгоритма для поиска соответствия атомов в биохимических реакциях. Сборник тезисов докладов конгресса молодых ученых (VIII Всероссийский конгресс молодых ученых, 15-19апреля 2019г.). Электронное издание. 2019. С. -.

Тезисы

Algorithm for gene regulatory network inference recovers biological insights from large-scale gene expression data (Abstract/Program #1426). Presented at the 69th Annual Meeting of The American Society of Human Genetics, October 18, Houston.

Учебник, учебное пособие

Internship guidance and methodological advice for foreign students of ITMO University: Student handbook.

Тезисы

Сборник материалов конференции СПИСОК-2019

Тезисы

Анализ транскриптома выявил влияние физических тренировок на молекулярные механизмы регуляции роста и метаболизма мышечной ткани у пациентов с ХСН

Статья

., Korotkevich G.V., Sergushichev A.A. Rare-event probability estimation in the functional gene set enrichment analysis. не указано. 2019. Vol. не указан. No. не указан. pp. не указаны.

Статья

Zlotina A., Kiselev A., Sergushichev A., Parmon E., Kostareva A.A. Synemin expression profile during tissue-specific differentiation of mesenchymal stromal cells confirms its possible involvement in heart-hand syndrome. European Journal of Human Genetics. 2019. Vol. 27. No. Suppl.1. pp. 1008-1009.

Тезисы

Адаптивный многоуровневый подход Монте-Карло для задачи функционального анализа представленности генов // Сборник тезисов докладов конгресса молодых ученых. Электронное издание. - 2019 [Электронный ресурс]. - Режим доступа: https://kmu.itmo.ru/digests/article/710, своб.

Статья

Kiselev A., Vaz R., Knyazeva A., Sergushichev A.A., Dmitrieva R., Khudiakov A., Jorholt J., Smolina N.A., Sukhareva K., Fomicheva Y., Mikhaylov E.N., Mitrofanova L.B., Predeus A.V., Sjoberg G., Rudenko D., Sejersen T., Lindstrand A., Kostareva A.A. Truncating variant in MYOF gene is associated with limb-girdle type muscular dystrophy and cardiomyopathy. Frontiers in Genetics. 2019. Vol. 10. pp. 608.

Статья

Иванова О.А., Игнатьева Е., Лелявина Т.А., Галенко В.Л., Комарова М.Ю., Ситникова М.Ю., Костарева А.А., Сергушичев А.А., Дмитриева Р.И. Исследование дифференциальной экспрессии и сигнальных путей в скелетной мускулатуре пациентов с ХСН после физической реабилитации. Гены и клетки [Genes and Cells]. 2019. Т. 14. № Приложение. С. 101.

Тезисы

Исследование дифференциальной экспрессии и сигнальных путей в скелетной мускулатуре пациентов с ХСН после физической реабилитации

Статья

Lelyavina T., Galenko V.L., Ivanova O.A., Komarova M.Y., Ignatieva E.V., Bortsova M.A., Yukina G.Y., Khromova N.V., Sitnikova M.Y., Kostareva A.A., Sergushichev A., Dmitrieva R.I. Clinical Response to Personalized Exercise Therapy in Heart Failure Patients with Reduced Ejection Fraction Is Accompanied by Skeletal Muscle Histological Alterations. International Journal of Molecular Sciences. 2019. Vol. 20. No. 21. pp. 5514.

Статья

Dmitrieva R.I., Lelyavina T.A., Komarova M.Y., Galenko V.L., Ivanova O.A., Tikanova P.A., Khromova N., Golovkin A.S., Bortsova M.A., Sergushichev A.A., Sitnikova M.Y., Kostareva A.A. Skeletal muscle resident progenitor cells coexpress mesenchymal and myogenic markers and are not affected by chronic heart failure-induced dysregulations. Stem Cells International. 2019. pp. 5690345.

Статья

Dmitrieva R.I., Ivanova O.A., Lelyavina T.A., Galenko V.L., Ignatieva E.V., Komarova M.Y., Khromova N.V., Sitnikova M.Y., Sergushichev A.A., Kostareva A.A. Anaerobic threshold-based exercise training programme stimulates genes that control skeletal muscle differentiation and function in heart failure patients. Journal of Cachexia, Sarcopenia and Muscle. 2019. Vol. 10. No. 6. pp. 1431.

Статья

Kiselev A., Vaz R., Knyazeva A., Khudiakov A., Tarnovskaya S., Liu J., Sergushichev A.A., Kazakov S.V., Frishman D., Smolina N.A., Pervunina T., Jorholt J., Sjoberg G., Vershinina T., Rudenko D., Arner A., Sejersen T., Lindstrand A., Kostareva A.A. De novo mutations in FLNC leading to early-onset restrictive cardiomyopathy and congenital myopathy. Human Mutation. 2018. Vol. 39. No. 9. pp. 1161-1172.

Статья

Alexeev N., Isomurodov J.E., Korotkevich G., Sergushichev A. The Soft Vertex Classification for Active Module Identification Problem. BioRxiv [база препринтов]. 2018. pp. 1-20.

Статья

Kiselev A., Kornishina T., Sergushichev A., Smolina N., Klyushina A., Pervunina T., Bang M.L., Sjoberg G., Sejersen T., Kostareva A. New variant in CMYA5 gene is associated with early-onset restrictive cardiomyopathy and autism-spectrum disorder. Cardiovascular Research. 2018. Vol. 114. No. suppl.1. pp. S19.

Статья

Freylikhman O., Kiselev A., Kazakov S., Sergushichev A., Panferova Y., Tokarevich N., Kostareva A. Draft genome sequence of Coxiella burnetii historical strain Leningrad-2, isolated from blood of a patient with acute Q fever in Saint Petersburg, Russia. Genome announcements. 2018. Vol. 6. No. 3. pp. e01464-17.

Статья

Zlotina A., Kiselev A., Sergushichev A.A., Parmon E., Kostareva A.A. Rare case of ulnar-mammary-like syndrome with left ventricular tachycardia and lack of TBX3 mutation. Frontiers in Genetics. 2018. Vol. 9. pp. 209.

Тезисы

Определение структуры генной регуляторной сети по профилям экспрессии генов

Статья

Howard N.C., Marin N.D., Ahmed M., Rosa B.A., Martin J., Bambouskova M., Sergushichev A.A., Loginicheva E., Kurepina N., Rangel-Moreno J., Chen L., Kreiswirth B.N., Klein R.S., Balada-Llasat J., Torrelles J.B., Amarasinghe G.K., Mitreva M., Artyomov M.N., Hsu F.F., Mathema B., Khader S.A. Erratum to: Mycobacterium tuberculosis carrying a rifampicin drug resistance mutation reprograms macrophage metabolism through cell wall lipid changes (Nature Microbiology, (2018), 3, 10, (1099-1108), 10.1038/s41564-018-0245-0). Nature Microbiology. 2018. Vol. 3. No. 11. pp. 1327.

Статья

Kostina A., Kiselev A., Bjorck H., Irtyuga O., Sergushichev A.A., Baranov Y., Eriksson P., Kostareva A., Malashicheva A. Notch signaling pathway is attenuated in aortic endothelial cells of patients with aortic pathologies associated with bicuspid aortic valve. Cardiovascular Research. 2018. Vol. 114. No. suppl.1. pp. S83.

Статья

Bambouskova M., Gorvel L., Lampropoulou V., Sergushichev A.A., Loginicheva E., Johnson K., Korenfeld D., Mathyer M.E., Kim H., Huang L.H., Duncan D., Bregman H., Keskin A., Santeford A., Apte R.S., Sehgal R., Johnson B., Amarasinghe G.K., Soares M.P., Satoh T., Akira S., Hai T., Strong C.D., Auclair K., Roddy T.P., Biller S.A., Jovanovic M., Klechevsky E., Stewart K.M., Randolph G.J., Artyomov M.N. Electrophilic properties of itaconate and derivatives regulate the I kappa B zeta-ATF3 inflammatory axis. Nature. 2018. Vol. 556. No. 7702. pp. 501-504.

Статья

Howard N.C., Marin N.D., Ahmed M., Rosa B.A., Martin J., Bambouskova M., Sergushichev A., Loginicheva E., Kurepina N., Rangel-Moreno J., Chen L., Kreiswirth B.N., Klein R.S., Balada-Llasat J., Torrelles J.B., Amarasinghe G.K., Mitreva M., Artyomov M.N., Hsu F.F., Mathema B., Khader S.A. Mycobacterium tuberculosis carrying a rifampicin drug resistance mutation reprograms macrophage metabolism through cell wall lipid changes. Nature Microbiology. 2018. Vol. 3. No. 10. pp. 1099-1108.

Статья

Ulland T.K., Song W., Huang S.C., Ulrich J.D., Sergushichev A.A., Beatty W.L., Loboda A.A., Zhou Y., Cairns N.J., Kambal A., Loginicheva E., Gilfillan S., Cella M., Virgin H.W., Unanue E.R., Wang Y., Artyomov M.N., Holtzman D.M., Colonna M. TREM2 Maintains Microglial Metabolic Fitness in Alzheimer's Disease. Cell. 2017. Vol. 170. No. 4. pp. 649-663.e13.

Тезисы

Science in a Competitive Format

Статья

Isomurodov J.E., Loboda A.A., Sergushichev A.A. Ranking Vertices for Active Module Recovery Problem. Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics). 2017. Vol. 10252. pp. 75-84.

Статья

Khudiakov A., Kostina D., Zlotina A., Yany N., Sergushichev A.A., Pervunina T., Tomilin A., Kostareva A.A., Malashicheva A.B. Generation of iPSC line from patient with arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy carrying mutations in PKP2 gene. Stem Cell Research. 2017. Vol. 24. pp. 85-88.

Статья

Khudiakov A., Kostina D., Zlotina A., Nikulina T., Sergushichev A.A., Gudkova A., Tomilin A., Malashicheva A.B., Kostareva A.A. Generation of iPSC line from desmin-related cardiomyopathy patient carrying splice site mutation of DES gene. Stem Cell Research. 2017. Vol. 24. pp. 77-80.

Статья

Lu Q., Yokoyama C.C., Williams J.W., Baldridge M.T., Jin X., Desrochers B., Bricker T., Wilen C.B., Bagaitkar J., Loginicheva E., Sergushichev A., Kreamalmeyer D., Keller B.C., Zhao Y., Kambal A., Green D.R., Martinez J., Dinauer M.C., Holtzman M.J., Crouch E.C., Beatty W., Boon A.C., Zhang H., Randolph G.J., Artyomov M.N., Virgin H.W. Homeostatic Control of Innate Lung Inflammation by Vici Syndrome Gene Epg5 and Additional Autophagy Genes Promotes Influenza Pathogenesis. Cell Host and Microbe. 2016. Vol. 19. No. 1. pp. 102-113.

Статья

Sergushichev A.A., Loboda A.A., Jha A.K., Vincent E.E., Driggers E.M., Jones R.G., Pearce E.J., Artyomov M.N. GAM: a web-service for integrated transcriptional and metabolic network analysis. Nucleic Acids Research. 2016. Vol. 44. No. 1. pp. W194-W200.

Статья

Loboda A.A., Artyomov M.N., Sergushichev A.A. Solving generalized maximum-weight connected subgraph problem for network enrichment analysis. Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics). 2016. Vol. 9838. pp. 210-221.

Статья

Lampropoulou V., Sergushichev A.A., Bambouskova M., Nair S., Vincent E.E., Loginicheva E., Cervantes-Barragan L., Ma X., Huang S., Griss T., Weinheimer C.J., Khader S.A., Randolph G.J., Pearce E.J., Jones R.G., Diwan A., Diamond M.S., Artyomov M.N. Itaconate Links Inhibition of Succinate Dehydrogenase with Macrophage Metabolic Remodeling and Regulation of Inflammation. Cell Metabolism. 2016. Vol. 24. No. 1. pp. 158–166.

Статья

Izreig S., Samborska B., Johnson R.M., Sergushichev A., Ma E.H., Lussier C., Loginicheva E., Donayo A.O., Poffenberger M.C., Sagan S.M., Vincent E.E., Artyomov M.N., Duchaine T.F., Jones R.G. The miR-17 similar to 92 microRNA Cluster Is a Global Regulator of Tumor Metabolism. Cell Reports. 2016. Vol. 16. No. 7. pp. 1915-1928.

Статья

Artyomov M.N., Sergushichev A., Schilling J. Integrating immunometabolism and macrophage diversity. Seminars in Immunology. 2016. Vol. 28. No. 5. pp. 417-424.

Статья

Derr A.C., Yang C., Zilionis R., Sergushichev A.A., Blodgett D., Redick S., Bortell R., Luban J., Harlan В.M., Kadener S., Greiner D.L., Klein A., Artyomov M.N., Garber M. End Sequence Analysis Toolkit (ESAT) expands the extractable information from single-cell RNA-seq data. Genome Research. 2016. Vol. 26. No. 10. pp. 1397-1410.

Статья

Jha A.K., Huang S.C., Sergushichev A.A., Lampropoulou V., Ivanova Y., Loginicheva E., Chmielewski K., Stewart K.M., Ashall J., Everts B., Pearce E.J., Driggers E.M., Artyomov M.N. Network integration of parallel metabolic and transcriptional data reveals metabolic modules that regulate macrophage polarization. Immunity. 2015. Vol. 42. No. 3. pp. 419-430.

Статья

Vincent E.E., Sergushichev A.A., Griss T., Gingras M., Samborska B., Ntimbane T., Coelho P.P., Blagih J., Raissi T.C., Choiniere L., Bridon G., Loginicheva E., Flynn B.R., Thomas E.C., Tavare J.M., Avizonis D.Z., Pause A.P., Elder D.J., Artyomov M.N., Jones R.G. Mitochondrial Phosphoenolpyruvate Carboxykinase Regulates Metabolic Adaptation and Enables Glucose-Independent Tumor Growth. Molecular Cell. 2015. Vol. 60. No. 2. pp. 195-207.

Статья

Glotov A.S., Kazakov S., Zhukova E.A., Alexandrov A., Glotov O.S., Pakin V.S., Danilova M.M., Poliakova I.V., Niyazova S.S., Chakova N.N., Komissarova S.M., Kurnikova E.A., Sarana A.M., Sherbak S.G., Sergushichev A., Shalyto A., Baranov V.S. Targeted next-generation sequencing (NGS) of nine candidate genes with custom AmpliSeq in patients and a cardiomyopathy risk group. Clinica Chimica Acta. 2015. Vol. 446. pp. 132-140.

Статья

Bradnam K.R., Fass J.N., Alexandrov A., Baranay P., Bechner M., Birol I., Boisvert S., Chapman J.A., Chapuis G., Chikhi R., Chitsaz H., Chou W., Corbeil J., Del Fabbro C., Docking T.R., Durbin R., Earl D., Emrich S., Fedotov P., Fonseca N.A., Ganapathy G., Gibbs R.A., Gnerre S., Godzaridis E., Goldstein S., Haimel M., Hall G., Haussler D., Hiatt J.B., Ho I.Y., Howard J., Hunt M., Jackman S.D., Jaffe D.B., Jarvis E.D., Jiang H., Kersey P.J., Kazakov S., Kitzman J.O., Knight J.R., Koren S., Lam T., Lavenier D., Laviolette F., Li Z., Li Y., Liu B., Liu Y., Luo R., Maccallum I., Macmanes M.D., Maillet N., Melnikov S., Naquin D., Ning Z., Otto T.D., Paten B., Paulo O., Phillippy A.M., Pina-Martins F., Place M., Przybylski D., Qin X., Qu C., Ribeiro F.J., Richards S., Rokhsar D.S., Ruby J.G., Scalabrin S., Schatz M.C., Schwartz D.C., Sergushichev A., Sharpe T., Shaw T.I., Shendure J., Shi Y., Simpson J.T., Song H., Tsarev F., Vezzi F., Vicedomini R., Vieira B.M., Wang J., Worley K.C., Yin S., Yiu S., Yuan J., Zhang G., Zhang H., Zhou S., Korf I.F. Assemblathon 2: evaluating de novo methods of genome assembly in three vertebrate species. GigaScience. 2013. Vol. 2. No. 1. pp. 10.

Статья

Сергушичев А.А., Александров А.В., Казаков С.В., Царев Ф.Н., Шалыто А.А. Совместное применение графа де Брейна, графа перекрытий и микросборки для de novo сборки генома [Combining De Bruijn Graphs, Overlap Graphs and Microassembly for De Novo Genome Assembly]. Известия Саратовского университета. Новая серия. Серия: Математика. Механика. Информатика [ Izvestiya of Saratov University. New Series. Series: Mathematics. Mechanics. Informatics]. 2013. Т. 13. № 2-2. С. 51–57.

Статья

Сергушичев А.А., Царев Ф.Н. Сборка генома и технология MapReduce. Суперкомпьютеры. 2013. № 4 (12). С. 40-43.

Статья

Aleksandrov A.V., Tsarev F.N., Kazakov S.V., Sergushichev A.A., Shalyto A.A. The use of evolutionary programming based on training examples for the generation of finite state machines for controlling objects with complex behavior. Journal of Computer and Systems Sciences International. 2013. Vol. 52. No. 3. pp. 410-425.

Статья

Александров А.В., Казаков С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н., Шалыто А.А. Применение эволюционного программирования на основе обучающих примеров для генерации конечных автоматов, управляющих объектами со сложным поведением. Известия Российской академии наук. Теория и системы управления. 2013. № 3. С. 85-100.

Статья

Александров А.В., Казаков С.В., Мельников С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н. Метод сборки контигов геномных последовательностей на основе совместного применения графов Де Брюина и графов перекрытий. Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики [Scientific and Technical Journal of Information Technologies, Mechanics and Optics]. 2012. № 6(82). С. 93-98.

Статья

Александров А.В., Казаков С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н., Шалыто А.А. Генерация конечных автоматов для управления моделью беспилотного самолета. Научно-технический вестник Санкт-Петербургского государственного университета информационных технологий, механики и оптики. 2011. № 2(72). С. 3-11.

Статья

Александров А.В., Казаков С.В., Мельников С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н., Шалыто А.А. Метод исправления ошибок в наборе чтений нуклеотидной последовательности. Научно-технический вестник Санкт-Петербургского государственного университета информационных технологий, механики и оптики. 2011. № 5(75). С. 81-84.

Статья

Aleksandrov A.V., Sergushichev A.A., Kazakov S.V., Tsarev F.N. Genetic algorithm for induction of finite automata with continuous and discrete output actions. Genetic and Evolutionary Computation Conference, GECCO'11 - Companion Publication. 2011. pp. 775-778.

Тезисы

Genetic Algorithm for Induction of Finite Automata with Continuous and Discrete Actions