Сергушичев Алексей Александрович

Сергушичев Алексей Александрович
кандидат технических наук
доцент, факультет информационных технологий и программирования

Преподаваемые дисциплины в текущем учебном году

  • Производственная, научно-исследовательская / Research Internship
  • Системная биология/ Systems Biology
  • Производственная, научно-исследовательская работа / Research Internship
  • Производственная, научно-исследовательская работа / Research Work

Наименование направления подготовки и (или) специальности

Педагогический стаж

Общий стаж:
8 лет

Публикации

68
Статья
2021 год

Gainullina A. Method of the Joint Clustering in Network and Correlation Spaces. Automatic Control and Computer Sciences. 2021. Vol. 55. No. 7. pp. in press.

Статья
2020 год

Ignatieva E.V., Ivanova O.A., Komarova M.Y., Khromova N.V., Polev D.E., Kostareva A.A., Sergushichev A.A., Dmitrieva R. Lmna mutations g232e and r482l cause dysregulation of skeletal muscle differentiation, bioenergetics, and metabolic gene expression profile. Genes. 2020. Vol. 11. No. 9. pp. 1057.

Статья
2020 год

Zlotina A., Melnik O., Fomicheva Y., Skitchenko R.K., Sergushichev A., Shagimardanova E., Gusev O., Gazizova G., Loevets T., Vershinina T., Kozyrev I., Gordeev M., Vasichkina E., Pervunina T., Kostareva A.A. A 300-kb microduplication of 7q36.3 in a patient with triphalangeal thumb-polysyndactyly syndrome combined with congenital heart disease and optic disc coloboma: a case report. BMC Medical Genomics. 2020. Vol. 13. No. 1. pp. 175.

Статья
2020 год

Aguilar S., Aguilar O., Allan R., Amir E., Angeli V., Artyomov M.N., Asinovski N., Astarita J., Austen K., Bajpai G., Barrett N., Baysoy A., Benoist C., Bellemare-Pelletier A., Berg B., Best A., Bezman N., Blair D., Blander J., Bogunovic M., Brennan P., Brenner M., Brown B., Buechler M., Buenrostro J., Casanova M., Choi K., Chow A., Chudnovskiy A., Cipoletta D., Cohen N., Collins J., Colonna M., Cook A., Costello J., Cremasco V., Crowl T., Crozat K., Cruse R., D’Angelo J., Dalod M., Davis S., Demiralp C., Deng T., Desai J., Desland F., Dhainaut M., Ding J., Doedens A., Dominguez C., Doran G., Dress R., Dustin M., Dwyer D., Dzhagalov I., Elpek K., Ergun A., Ericson J., Esomonu E., Fairfax K., Fletcher A., Frascoli M., Fuchs A., Gainullina A., Gal-Oz S., Gallagher M., Gautier E., Gazit R., Gibbings S., Giraud M., Ginhoux F., Goldrath A., Gotthardt D., Gray D., Greter M., Grieshaber-Bouyer R., Guilliams M., Haidermota S., Hardy R., Hashimoto D., Helft J., Hendricks D., Heng T., Hill J., Hyatt G., Idoyaga J., Jakubzick C., Jarjoura J., Jepson D., Jia B., Jianu R., Johanson T., Jordan S., Jojic V., Kamimura Y., Kana V., Kang J., Kapoor V., Kenigsberg E., Kent A., Kim C., Kim E., Kim F., Kim J., Kim K., Kiner E., Knell J., Koller D., Krchma K., Kozinn L., Kreslavsky T., Kronenberg M., Kwan W., Laidlaw D., Lam V., Lanier L., Laplace C., Lareau C., Lavin Y., Lavine K., Leader A., Leboeuf M., Lee J., Lee J., Li B., Li H., Li Y., Lionakis M., Luche H., Lynch L., Magen A., Maier B., Malhotra D., Malhotra N., Malissen M., Maslova A., Mathis D., Mcfarland A., Merad M., Meunier E., Miller J., Milner J., Mingueneau M., Min-Oo G., Monach P., Moodley D., Mortha A., Morvan M., Mostafavi S., Muller S., Muus C., Nabekura T., Nageswara Rao T., Narang V., Narayan K., Ner-Gaon H., Nguyen Q., Nigrovic P., Novakovsky G., Nutt S., Omilusik K., Ortiz-Lopez A., Paidassi H., Paik H., Painter M., Paynich M., Peng V., Potempa M., Pradhan R., Price J., Qi Y., Qi Y., Quon S., Ramirez R., Ramanan D., Randolph G., Regev A., Rhoads A., Robinette M., Rose S., Rossi D., Rothamel K., Sachidanandam R., Sathe P., Scott C., Seddu K., See P., Sergushichev A., Shaw L., Shay T., Shemesh A., Shinton S., Shyer J., Sieweke M., Smillie C., Spel L., Spidale N., Stifano G., Subramanian A., Sun J., Sylvia K., Tellier J., This S., Tomasello E., Todorov H., Turley S., Vijaykumar B., Wagers A., Wakamatsu E., Wang C., Wang P., Wroblewska A., Wu J., Yang E., Yang L., Yim A., Yng L., Yoshida H., Yu B., Zhou Y., Zhu Y., Ziemkiewicz C. ImmGen at 15. Nature Immunology. 2020. Vol. 21. No. 7. pp. 700-703.

Статья
2020 год

Гайнуллина А.Н., Сухов В.Д., Шалыто А.А., Сергушичев А.А. Применение метода независимых компонент для определения начального приближения при поиске активных модулей в биологических графах [Independent component analysis for initial approximation determination in identification of active modules in biological graphs]. Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики [Scientific and Technical Journal of Information Technologies, Mechanics and Optics]. 2020. Т. 20. № 6(130). С. 888-892.

Тезисы
2020 год

FGSEA: fast gene set enrichment analysis

Статья
2020 год

Alexeev N., Isomurodov J., Sukhov V., Korotkevich G., Sergushichev A. Markov chain Monte Carlo for active module identification problem. BMC bioinformatics. 2020. Vol. 21. No. 6. pp. 261.

Статья
2020 год

Гайнуллина А.Н., Артемов М., Сергушичев А.А. Модификация метода совместной кластеризации в графовом и корреляционном пространствах [Method of joint clustering in network and correlation spaces]. Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики [Scientific and Technical Journal of Information Technologies, Mechanics and Optics]. 2020. Т. 20. № 6(130). С. 807-814.

Статья
2020 год

Vershinina T., Fomicheva Y., Muravyev A., Jorholt J., Kozyreva A., Kiselev A.M., Gordeev M., Vasichkina E., Sergushichev A., Pervunina T.М., Sjoberg G., Skyttner-Rahmani S., Sejersen T., Kostareva A.A. Genetic Spectrum of Left Ventricular Non-Compaction in Paediatric Patients. Cardiology. 2020. Vol. 145. No. 11. pp. 746-755.

Статья
2020 год

Perepelina K.I., Klauzen P., Khudiakov A., Zlotina A.M., Fomicheva Y., Rudenko D., Gordeev M., Sergushichev A.A., Malashicheva A.B., Kostareva A.A. Generation of two iPSC lines (FAMRCi006-A and FAMRCi006-B) from patient with dilated cardiomyopathy and Emery–Dreifuss muscular dystrophy associated with genetic variant LMNAp.Arg527Pro.. Stem Cell Research. 2020. Vol. 43. pp. 101714.

Статья
2020 год

Gainullina A., Sergushichev A.A. Samuel Rohl, Urszula Rykaczewska, Till Seime, Bianca E Suur, Maria Gonzalez Diez, Jesper R Gadin, Anastasiia Gainullina, Alexey A Sergushichev, Robert Wirka, Mariette Lengquist, Malin Kronqvist, Otto Bergman, Jacob Odeberg, Jan HN Lindeman, Thomas Quertermous, Anders Hamsten, Per Eriksson, Ulf Hedin, Anton Razuvaev, Ljubica Perisic Matic Transcriptomic profiling of experimental arterial injury reveals new mechanisms and temporal dynamics in vascular healing response. JVS: Vascular Science. 2020. pp. 1-15.

Статья
2020 год

Гайнуллина А.Н., Шалыто А.А., Сергушичев А.А. Метод совместной кластеризации в графовом и корреляционном пространствах. Моделирование и анализ информационных систем. 2020. Т. 27. № 2. С. 180-193.

Статья
2020 год

Perepelina K.I., Kostina A.S., Klauzen P., Khudiakov A., Rabino M., Crasto S., Zlotina A.M., Fomicheva Y., Sergushichev A.A., Oganesian M., Dmitriev A., Kostareva A.A., Di Pasquale E., Malashicheva A.B. Generation of two iPSC lines (FAMRCi007-A and FAMRCi007-B) from patient with Emery–Dreifuss muscular dystrophy and heart rhythm abnormalities carrying genetic variant LMNA p.Arg249Gln. Stem Cell Research. 2020. Vol. 47. pp. 101895.

Статья
2019 год

Sukhov V.D., Korotkevich G.V., Sergushichev A.A. Rare-event probability estimation in the functional gene set enrichment analysis. не указано. 2019. Vol. не указан. No. не указан. pp. не указаны.

Статья
2019 год

Zlotina A., Kiselev A., Sergushichev A., Parmon E., Kostareva A.A. Synemin expression profile during tissue-specific differentiation of mesenchymal stromal cells confirms its possible involvement in heart-hand syndrome. European Journal of Human Genetics. 2019. Vol. 27. No. Suppl.1. pp. 1008-1009.

Статья
2019 год

Kiselev A., Vaz R., Knyazeva A., Sergushichev A.A., Dmitrieva R., Khudiakov A., Jorholt J., Smolina N.A., Sukhareva K., Fomicheva Y., Mikhaylov E.N., Mitrofanova L.B., Predeus A.V., Sjoberg G., Rudenko D., Sejersen T., Lindstrand A., Kostareva A.A. Truncating variant in MYOF gene is associated with limb-girdle type muscular dystrophy and cardiomyopathy. Frontiers in Genetics. 2019. Vol. 10. pp. 608.

Статья
2019 год

Иванова О.А., Игнатьева Е., Лелявина Т.А., Галенко В.Л., Комарова М.Ю., Ситникова М.Ю., Костарева А.А., Сергушичев А.А., Дмитриева Р.И. Исследование дифференциальной экспрессии и сигнальных путей в скелетной мускулатуре пациентов с ХСН после физической реабилитации. Гены и клетки [Genes and Cells]. 2019. Т. 14. № Приложение. С. 101.

Статья
2019 год

Lelyavina T., Galenko V.L., Ivanova O.A., Komarova M.Y., Ignatieva E.V., Bortsova M.A., Yukina G.Y., Khromova N.V., Sitnikova M.Y., Kostareva A.A., Sergushichev A., Dmitrieva R.I. Clinical Response to Personalized Exercise Therapy in Heart Failure Patients with Reduced Ejection Fraction Is Accompanied by Skeletal Muscle Histological Alterations. International Journal of Molecular Sciences. 2019. Vol. 20. No. 21. pp. 5514.

Статья
2019 год

Dmitrieva R.I., Lelyavina T.A., Komarova M.Y., Galenko V.L., Ivanova O.A., Tikanova P.A., Khromova N., Golovkin A.S., Bortsova M.A., Sergushichev A.A., Sitnikova M.Y., Kostareva A.A. Skeletal muscle resident progenitor cells coexpress mesenchymal and myogenic markers and are not affected by chronic heart failure-induced dysregulations. Stem Cells International. 2019. pp. 5690345.

Статья
2019 год

Pelgrom L.R., Patente T.A., Sergushichev A.A., Esaulova E., Otto F., Ozir-Fazalalikhan A., Van Der Zande H.J., Van Der Ham A.J., Van Der Stel S., Artyomov M.N., Everts B. LKB1 expressed in dendritic cells governs the development and expansion of thymus-derived regulatory T cells. Cell Research. 2019. Vol. 29. No. 5. pp. 406-419.

Статья
2019 год

Трезубов К.А., Сергушичев А.А. Разработка алгоритма для поиска соответствия атомов в биохимических реакциях. Сборник тезисов докладов конгресса молодых ученых (VIII Всероссийский конгресс молодых ученых, 15-19апреля 2019г.). Электронное издание. 2019. С. -.

Статья
2019 год

Dmitrieva R.I., Ivanova O.A., Lelyavina T.A., Galenko V.L., Ignatieva E.V., Komarova M.Y., Khromova N.V., Sitnikova M.Y., Sergushichev A.A., Kostareva A.A. Anaerobic threshold-based exercise training programme stimulates genes that control skeletal muscle differentiation and function in heart failure patients. Journal of Cachexia, Sarcopenia and Muscle. 2019. Vol. 10. No. 6. pp. 1431.

Статья
2019 год

Ivanova O.A., Ignatieva E.V., Lelyavina T.A., Galenko V.L., Kiselev A.M., Sitnikova M.Y., Kostareva A.A., Dmitrieva R.I., Sergushichev A. Transcriptome sequencing revealed the upregulation of pathways that control regeneration and calcium handling in skeletal muscles of heart failure patients undergoing exercise rehabilitation program. European Journal of Heart Failure. 2019. Vol. 21. No. S1. pp. 578-579.

Статья
2019 год

Korotkevich G., Sukhov V.D., Sergushichev A. Fast gene set enrichment analysis. bioRxiv. 2019. pp. 1-29.

Тезисы
2019 год

Rare-event probability estimation in the functional gene set enrichment analysis

Тезисы
2019 год

Исследование дифференциальной экспрессии и сигнальных путей в скелетной мускулатуре пациентов с ХСН после физической реабилитации

Тезисы
2019 год

Анализ транскриптома выявил влияние физических тренировок на молекулярные механизмы регуляции роста и метаболизма мышечной ткани у пациентов с ХСН

Тезисы
2019 год

Сборник материалов конференции СПИСОК-2019

Тезисы
2019 год

Адаптивный многоуровневый подход Монте-Карло для задачи функционального анализа представленности генов // Сборник тезисов докладов конгресса молодых ученых. Электронное издание. [2019, электронный ресурс]. - Режим доступа: https://kmu.itmo.ru/digests/article/710

Тезисы
2019 год

Адаптивный многоуровневый подход Монте-Карло для задачи функционального анализа представленности генов // Сборник тезисов докладов конгресса молодых ученых. Электронное издание. - 2019 [Электронный ресурс]. - Режим доступа: https://kmu.itmo.ru/digests/article/710, своб.

Тезисы
2019 год

Algorithm for gene regulatory network inference recovers biological insights from large-scale gene expression data (Abstract/Program #1426). Presented at the 69th Annual Meeting of The American Society of Human Genetics, October 18, Houston.

Учебник, учебное пособие
2019 год

Internship guidance and methodological advice for foreign students of ITMO University: Student handbook.

Статья
2018 год

Kiselev A., Kornishina T., Sergushichev A., Smolina N., Klyushina A., Pervunina T., Bang M.L., Sjoberg G., Sejersen T., Kostareva A. New variant in CMYA5 gene is associated with early-onset restrictive cardiomyopathy and autism-spectrum disorder. Cardiovascular Research. 2018. Vol. 114. No. suppl.1. pp. S19.

Статья
2018 год

Howard N.C., Marin N.D., Ahmed M., Rosa B.A., Martin J., Bambouskova M., Sergushichev A., Loginicheva E., Kurepina N., Rangel-Moreno J., Chen L., Kreiswirth B.N., Klein R.S., Balada-Llasat J., Torrelles J.B., Amarasinghe G.K., Mitreva M., Artyomov M.N., Hsu F.F., Mathema B., Khader S.A. Mycobacterium tuberculosis carrying a rifampicin drug resistance mutation reprograms macrophage metabolism through cell wall lipid changes. Nature Microbiology. 2018. Vol. 3. No. 10. pp. 1099-1108.

Статья
2018 год

Isomurodov J.E., Sergushichev A., Korotkevich G. The Soft Vertex Classification for Active Module Identification Problem. не указано. 2018. pp. 1-20.

Статья
2018 год

Zlotina A., Kiselev A., Sergushichev A.A., Parmon E., Kostareva A.A. Rare case of ulnar-mammary-like syndrome with left ventricular tachycardia and lack of TBX3 mutation. Frontiers in Genetics. 2018. Vol. 9. pp. 209.

Статья
2018 год

Howard N.C., Marin N.D., Ahmed M., Rosa B.A., Martin J., Bambouskova M., Sergushichev A.A., Loginicheva E., Kurepina N., Rangel-Moreno J., Chen L., Kreiswirth B.N., Klein R.S., Balada-Llasat J., Torrelles J.B., Amarasinghe G.K., Mitreva M., Artyomov M.N., Hsu F.F., Mathema B., Khader S.A. Erratum to: Mycobacterium tuberculosis carrying a rifampicin drug resistance mutation reprograms macrophage metabolism through cell wall lipid changes (Nature Microbiology, (2018), 3, 10, (1099-1108), 10.1038/s41564-018-0245-0). Nature Microbiology. 2018. Vol. 3. No. 11. pp. 1327.

Статья
2018 год

Freylikhman O., Kiselev A., Kazakov S., Sergushichev A., Panferova Y., Tokarevich N., Kostareva A. Draft genome sequence of Coxiella burnetii historical strain Leningrad-2, isolated from blood of a patient with acute Q fever in Saint Petersburg, Russia. Genome announcements. 2018. Vol. 6. No. 3. pp. e01464-17.

Статья
2018 год

Bambouskova M., Gorvel L., Lampropoulou V., Sergushichev A.A., Loginicheva E., Johnson K., Korenfeld D., Mathyer M.E., Kim H., Huang L.H., Duncan D., Bregman H., Keskin A., Santeford A., Apte R.S., Sehgal R., Johnson B., Amarasinghe G.K., Soares M.P., Satoh T., Akira S., Hai T., Strong C.D., Auclair K., Roddy T.P., Biller S.A., Jovanovic M., Klechevsky E., Stewart K.M., Randolph G.J., Artyomov M.N. Electrophilic properties of itaconate and derivatives regulate the I kappa B zeta-ATF3 inflammatory axis. Nature. 2018. Vol. 556. No. 7702. pp. 501-504.

Тезисы
2018 год

Определение структуры генной регуляторной сети по профилям экспрессии генов

Статья
2018 год

Alexeev N., Isomurodov J., Korotkevich G., Sergushichev A. The Soft Vertex Classification for Active Module Identification Problem. bioRxiv. 2018. pp. 1-20.

Статья
2018 год

Kiselev A., Vaz R., Knyazeva A., Khudiakov A., Tarnovskaya S., Liu J., Sergushichev A.A., Kazakov S.V., Frishman D., Smolina N.A., Pervunina T., Jorholt J., Sjoberg G., Vershinina T., Rudenko D., Arner A., Sejersen T., Lindstrand A., Kostareva A.A. De novo mutations in FLNC leading to early-onset restrictive cardiomyopathy and congenital myopathy. Human Mutation. 2018. Vol. 39. No. 9. pp. 1161-1172.

Статья
2018 год

Kostina A., Kiselev A., Bjorck H., Irtyuga O., Sergushichev A.A., Baranov Y., Eriksson P., Kostareva A., Malashicheva A. Notch signaling pathway is attenuated in aortic endothelial cells of patients with aortic pathologies associated with bicuspid aortic valve. Cardiovascular Research. 2018. Vol. 114. No. suppl.1. pp. S83.

Статья
2017 год

Khudiakov A., Kostina D., Zlotina A., Nikulina T., Sergushichev A.A., Gudkova A., Tomilin A., Malashicheva A.B., Kostareva A.A. Generation of iPSC line from desmin-related cardiomyopathy patient carrying splice site mutation of DES gene. Stem Cell Research. 2017. Vol. 24. pp. 77-80.

Статья
2017 год

Khudiakov A., Kostina D., Zlotina A., Yany N., Sergushichev A.A., Pervunina T., Tomilin A., Kostareva A.A., Malashicheva A.B. Generation of iPSC line from patient with arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy carrying mutations in PKP2 gene. Stem Cell Research. 2017. Vol. 24. pp. 85-88.

Статья
2017 год

Isomurodov J.E., Loboda A.A., Sergushichev A.A. Ranking Vertices for Active Module Recovery Problem. Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics). 2017. Vol. 10252. pp. 75-84.

Статья
2017 год

Ulland T.K., Song W., Huang S.C., Ulrich J.D., Sergushichev A.A., Beatty W.L., Loboda A.A., Zhou Y., Cairns N.J., Kambal A., Loginicheva E., Gilfillan S., Cella M., Virgin H.W., Unanue E.R., Wang Y., Artyomov M.N., Holtzman D.M., Colonna M. TREM2 Maintains Microglial Metabolic Fitness in Alzheimer's Disease. Cell. 2017. Vol. 170. No. 4. pp. 649-663.e13.

Тезисы
2017 год

Science in a Competitive Format

Статья
2016 год

Loboda A.A., Artyomov M.N., Sergushichev A.A. Solving generalized maximum-weight connected subgraph problem for network enrichment analysis. Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics). 2016. Vol. 9838. pp. 210-221.

Статья
2016 год

Izreig S., Samborska B., Johnson R.M., Sergushichev A., Ma E.H., Lussier C., Loginicheva E., Donayo A.O., Poffenberger M.C., Sagan S.M., Vincent E.E., Artyomov M.N., Duchaine T.F., Jones R.G. The miR-17 similar to 92 microRNA Cluster Is a Global Regulator of Tumor Metabolism. Cell Reports. 2016. Vol. 16. No. 7. pp. 1915-1928.

Статья
2016 год

Sergushichev A.A., Loboda A.A., Jha A.K., Vincent E.E., Driggers E.M., Jones R.G., Pearce E.J., Artyomov M.N. GAM: a web-service for integrated transcriptional and metabolic network analysis. Nucleic Acids Research. 2016. Vol. 44. No. 1. pp. W194-W200.

Статья
2016 год

Lu Q., Yokoyama C.C., Williams J.W., Baldridge M.T., Jin X., Desrochers B., Bricker T., Wilen C.B., Bagaitkar J., Loginicheva E., Sergushichev A., Kreamalmeyer D., Keller B.C., Zhao Y., Kambal A., Green D.R., Martinez J., Dinauer M.C., Holtzman M.J., Crouch E.C., Beatty W., Boon A.C., Zhang H., Randolph G.J., Artyomov M.N., Virgin H.W. Homeostatic Control of Innate Lung Inflammation by Vici Syndrome Gene Epg5 and Additional Autophagy Genes Promotes Influenza Pathogenesis. Cell Host and Microbe. 2016. Vol. 19. No. 1. pp. 102-113.

Статья
2016 год

Lampropoulou V., Sergushichev A.A., Bambouskova M., Nair S., Vincent E.E., Loginicheva E., Cervantes-Barragan L., Ma X., Huang S., Griss T., Weinheimer C.J., Khader S.A., Randolph G.J., Pearce E.J., Jones R.G., Diwan A., Diamond M.S., Artyomov M.N. Itaconate Links Inhibition of Succinate Dehydrogenase with Macrophage Metabolic Remodeling and Regulation of Inflammation. Cell Metabolism. 2016. Vol. 24. No. 1. pp. 158–166.

Статья
2016 год

Artyomov M.N., Sergushichev A., Schilling J. Integrating immunometabolism and macrophage diversity. Seminars in Immunology. 2016. Vol. 28. No. 5. pp. 417-424.

Статья
2016 год

Derr A.C., Yang C., Zilionis R., Sergushichev A.A., Blodgett D., Redick S., Bortell R., Luban J., Harlan В.M., Kadener S., Greiner D.L., Klein A., Artyomov M.N., Garber M. End Sequence Analysis Toolkit (ESAT) expands the extractable information from single-cell RNA-seq data. Genome Research. 2016. Vol. 26. No. 10. pp. 1397-1410.

Статья
2015 год

Jha A.K., Huang S.C., Sergushichev A.A., Lampropoulou V., Ivanova Y., Loginicheva E., Chmielewski K., Stewart K.M., Ashall J., Everts B., Pearce E.J., Driggers E.M., Artyomov M.N. Network integration of parallel metabolic and transcriptional data reveals metabolic modules that regulate macrophage polarization. Immunity. 2015. Vol. 42. No. 3. pp. 419-430.

Статья
2015 год

Vincent E.E., Sergushichev A.A., Griss T., Gingras M., Samborska B., Ntimbane T., Coelho P.P., Blagih J., Raissi T.C., Choiniere L., Bridon G., Loginicheva E., Flynn B.R., Thomas E.C., Tavare J.M., Avizonis D.Z., Pause A.P., Elder D.J., Artyomov M.N., Jones R.G. Mitochondrial Phosphoenolpyruvate Carboxykinase Regulates Metabolic Adaptation and Enables Glucose-Independent Tumor Growth. Molecular Cell. 2015. Vol. 60. No. 2. pp. 195-207.

Статья
2015 год

Glotov A.S., Kazakov S., Zhukova E.A., Alexandrov A., Glotov O.S., Pakin V.S., Danilova M.M., Poliakova I.V., Niyazova S.S., Chakova N.N., Komissarova S.M., Kurnikova E.A., Sarana A.M., Sherbak S.G., Sergushichev A., Shalyto A., Baranov V.S. Targeted next-generation sequencing (NGS) of nine candidate genes with custom AmpliSeq in patients and a cardiomyopathy risk group. Clinica Chimica Acta. 2015. Vol. 446. pp. 132-140.

Статья
2013 год

Aleksandrov A.V., Tsarev F.N., Kazakov S.V., Sergushichev A.A., Shalyto A.A. The use of evolutionary programming based on training examples for the generation of finite state machines for controlling objects with complex behavior. Journal of Computer and Systems Sciences International. 2013. Vol. 52. No. 3. pp. 410-425.

Статья
2013 год

Сергушичев А.А., Царев Ф.Н. Сборка генома и технология MapReduce. Суперкомпьютеры. 2013. № 4 (12). С. 40-43.

Статья
2013 год

Bradnam K.R., Fass J.N., Alexandrov A., Baranay P., Bechner M., Birol I., Boisvert S., Chapman J.A., Chapuis G., Chikhi R., Chitsaz H., Chou W., Corbeil J., Del Fabbro C., Docking T.R., Durbin R., Earl D., Emrich S., Fedotov P., Fonseca N.A., Ganapathy G., Gibbs R.A., Gnerre S., Godzaridis E., Goldstein S., Haimel M., Hall G., Haussler D., Hiatt J.B., Ho I.Y., Howard J., Hunt M., Jackman S.D., Jaffe D.B., Jarvis E.D., Jiang H., Kersey P.J., Kazakov S., Kitzman J.O., Knight J.R., Koren S., Lam T., Lavenier D., Laviolette F., Li Z., Li Y., Liu B., Liu Y., Luo R., Maccallum I., Macmanes M.D., Maillet N., Melnikov S., Naquin D., Ning Z., Otto T.D., Paten B., Paulo O., Phillippy A.M., Pina-Martins F., Place M., Przybylski D., Qin X., Qu C., Ribeiro F.J., Richards S., Rokhsar D.S., Ruby J.G., Scalabrin S., Schatz M.C., Schwartz D.C., Sergushichev A., Sharpe T., Shaw T.I., Shendure J., Shi Y., Simpson J.T., Song H., Tsarev F., Vezzi F., Vicedomini R., Vieira B.M., Wang J., Worley K.C., Yin S., Yiu S., Yuan J., Zhang G., Zhang H., Zhou S., Korf I.F. Assemblathon 2: evaluating de novo methods of genome assembly in three vertebrate species. GigaScience. 2013. Vol. 2. No. 1. pp. 10.

Статья
2013 год

Александров А.В., Казаков С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н., Шалыто А.А. Применение эволюционного программирования на основе обучающих примеров для генерации конечных автоматов, управляющих объектами со сложным поведением. Известия Российской академии наук. Теория и системы управления. 2013. № 3. С. 85-100.

Статья
2013 год

Сергушичев А.А., Александров А.В., Казаков С.В., Царев Ф.Н., Шалыто А.А. Совместное применение графа де Брейна, графа перекрытий и микросборки для de novo сборки генома. Известия Саратовского университета. Новая серия. Серия: Математика. Механика. Информатика. 2013. Т. 13. № 2-2. С. 51–57.

Статья
2012 год

Александров А.В., Казаков С.В., Мельников С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н. Метод сборки контигов геномных последовательностей на основе совместного применения графов Де Брюина и графов перекрытий. Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики [Scientific and Technical Journal of Information Technologies, Mechanics and Optics]. 2012. № 6(82). С. 93-98.

Статья
2011 год

Александров А.В., Казаков С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н., Шалыто А.А. Генерация конечных автоматов для управления моделью беспилотного самолета. Научно-технический вестник Санкт-Петербургского государственного университета информационных технологий, механики и оптики. 2011. № 2(72). С. 3-11.

Статья
2011 год

Александров А.В., Казаков С.В., Мельников С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н., Шалыто А.А. Метод исправления ошибок в наборе чтений нуклеотидной последовательности. Научно-технический вестник Санкт-Петербургского государственного университета информационных технологий, механики и оптики. 2011. № 5(75). С. 81-84.

Тезисы
2011 год

Genetic Algorithm for Induction of Finite Automata with Continuous and Discrete Actions

Статья
2011 год

Aleksandrov A.V., Sergushichev A.A., Kazakov S.V., Tsarev F.N. Genetic algorithm for induction of finite automata with continuous and discrete output actions. Genetic and Evolutionary Computation Conference, GECCO'11 - Companion Publication. 2011. pp. 775-778.

Повышение квалификации

Тренинг
2018 год
Управление проектами

Российская Федерация, Санкт-Петербург