Порозов Юрий Борисович

Порозов Юрий Борисович
доцент, кандидат медицинских наук
доцент (квалификационная категория "ординарный доцент"), факультет биотехнологий

Педагогический стаж

Общий стаж:
25 лет

Публикации

101
Статья
2020 год

Tinkov O., Polishchuk P., Matveieva M., Grigorev V., Grigoreva L., Porozov Y.B. The Influence of Structural Patterns on Acute Aquatic Toxicity of Organic Compounds. Molecular Informatics. 2020. pp. in press.

Статья
2020 год

Tinkov O., Polishchuk P., Grigorev V., Porozov Y. The Cross-Interpretation of QSAR Toxicological Models. Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics). 2020. Vol. 12304 LNBI. pp. 262-273.

Статья
2020 год

Solovev Y.V., Ostroverkhova D.S., Tamazian G.S., Domnin A.V., Anashkina A.A., Petrushanko I.Y., Stepanov E.O., Porozov Y.B. Na/K-ATPase Glutathionylation: in silico Modeling of Reaction Mechanisms. Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics). 2020. Vol. 12304 LNBI. pp. 372-380.

Статья
2020 год

Moldogazieva N.Т., Ostroverkhova D.S., Kuzmich N.N., Kadochnikov V.V., Terentiev A.A., Porozov Y.B. Elucidating Binding Sites and Affinities of ER Alpha Agonists and Antagonists to Human Alpha-Fetoprotein by In Silico Modeling and Point Mutagenesis. International Journal of Molecular Sciences. 2020. Vol. 21. No. 3. pp. 893.

Статья
2020 год

Ostroverkhova D.S., Hu J., Tarasov V.V., Melnikova T.I., Porozov Y.B., Mutig K. Calcium-Sensing Receptor and Regulation of WNK Kinases in the Kidney. Cells. 2020. Vol. 9. No. 7. pp. 1644.

Статья
2020 год

Delfino F., Porozov Y., Stepanov E., Tamazian G., Tozzini V. Evolutionary Switches Structural Transitions via Coarse-Grained Models. Journal of Computational Biology. 2020. Vol. 27. No. 2. pp. 189–199.

Статья
2020 год

Сенина А.С., Пац К.М., Москвин А.В., Порозов Ю.Б. Компьютерное моделирование взаимодействия гидрогалогенидов амидразонов с белками-мишенями. Фармация. 2020. Т. 69. № 8. С. 50-56.

Тезисы
2019 год

Связывание альфа-фетопротеина человека с эстрогенами и антиэстрогенами: изучение с помощью молекулярного моделирования и докинга

Тезисы
2019 год

Соловьев Ярослав Владимирович, The studying of the intraspecific polymorphism and protein-protein interactions of the LykX and Sym-10 Pisum sativum LysM receptor-like kinases using structural bioinformatics approaches//Abstract book

Статья
2019 год

Moldogazieva N., Mokhosoev I., Mel'Nikova T., Porozov Y.B., Terentiev A. Oxidative stress and advanced lipoxidation and glycation end products (ALEs and AGEs) in aging and age-related diseases. Oxidative Medicine and Cellular Longevity. 2019. Vol. 2019. pp. 3085756.

Тезисы
2019 год

Affinity of estrogen- and antiestrogen-binding sites of human alpha-fetoprotein silico study

Тезисы
2019 год

Оценка антирадикальных свойств флавоноидов in silico

Статья
2019 год

Popova E.A., Protas A., Mukhametshina A., Ovsepyan G., Suezov R., Eremin A., Stepchenkova E., Tarakhovskaya E., Fonin A., Starova G.L., Mikolaichuk O.V., Porozov Y.B., Gureev M.A., Trifonov R.E. Synthesis, biological evaluation and molecular docking studies on the DNA and BSA binding interactions of palladium(II) and platinum(II) complexes featuring amides of tetrazol-1-yl- and tetrazol-5-ylacetic acids. Polyhedron. 2019. Vol. 158. pp. 36-46.

Статья
2019 год

Федоров Б.А., Смирнов А.В., Ярошенко В.В., Порозов Ю.Б. Sascube – обновленный метод кубиков для pаcчета интенcивноcти pентгеновcкого pаccеяния биополимеpов в pаcтвоpе. Биофизика [Biofizika]. 2019. Т. 64. № 1. С. 48-60.

Статья
2019 год

Fedorov B.A., Smirnov A.V., Yaroshenko V.V., Porozov Y.B. SASCUBE: An Updated Method of Cubes for Calculation of the Intensity of X-Ray Scattering by Biopolymers in Solution. Biophysics. 2019. Vol. 64. No. 1. pp. 38-48.

Статья
2019 год

Терехов Р.П., Селиванова И.А., Жевлаков А.К., Порозов Ю.Б., Дзубан А.В. Анализ физических модификаций дигидрокверцетина in vitro и in silico [Analysis of dihydroquercetin physical modification via in vitro and in silico methods]. Биомедицинская химия [Biomeditsinskaya Khimiya]. 2019. Т. 65. № 2. С. 152-158.

Статья
2019 год

Terekhov R.P., Selivanova I.A., Tyukavkina N.A., Shylov G.A., Utenishev A.N., Porozov Y.B. Taxifolin tubes: crystal engineering and characteristics. Acta Crystallographica Section B: Structural Science, Crystal Engineering and Materials. 2019. Vol. 75. No. 2. pp. 175-182.

Статья
2019 год

Delfino F., Porozov Y.B., Stepanov E., Tamazian G., Tozzini V. Structural Transition States Explored With Minimalist Coarse Grained Models: Applications to Calmodulin. Frontiers in molecular bioscience. 2019. Vol. 6. pp. 104.

Статья
2019 год

Tuaeva N., Falzone L., Porozov Y.B., Nosyrev A.E., Trukhan V.M., Kovatsi L., Spandidos D.A., Drakoulis N., Kalogeraki A., Mamoulakis C., Tzanakakis G., Libra M., Tsatsakis A. Translational Application of Circulating DNA in Oncology: Review of the Last Decades Achievements. Cells. 2019. Vol. 8. No. 10. pp. 1251.

Статья
2019 год

Пац К.М., Порозов Ю.Б. CIS-белок - новая мишень в иммунотерапии рака, или Следствие ведут биоинформатики. Природа. 2019. № 2(1242). С. 49-54.

Статья
2018 год

Kirienko A.N., Porozov Y.B., Malkov N.V., Akhtemova G.A., Le Signor C., Thompson R., Saffray C., Dalmais M., Bendahmane A., Tikhonovich I.A., Dolgikh E.A. Role of a receptor-like kinase K1 in pea Rhizobium symbiosis development. Planta. 2018. Vol. 248. No. 5. pp. 1101–1120.

Тезисы
2018 год

Radical-catching activity of flavonoids

Учебник, учебное пособие
2018 год

Методические указания по проведению молекулярного докинга (в печати)

Статья
2018 год

Ilatovskaia D.B., Porozov Y.B., Demchenko P.S., Meglinski I.V., Khodzitsky M.K. The impact of optical radiation of femtosecond duration on human glial cells. Proceedings of SPIE. 2018. Vol. 10820. pp. 108203G.

Статья
2018 год

Protas A., Popova E.A., Mikolaichuk O.V., Porozov Y.B., Mehtiev A.R., Ott I., Alekseev G.V., Kasyanenko N.A., Trifonov R.E. Synthesis, DNA and BSA binding of Pd(II) and Pt(II) complexes featuring tetrazolylacetic acids and their esters. Inorganica Chimica Acta. 2018. Vol. 473. pp. 133-144.

Тезисы
2018 год

Радикал-улавливающая активность флавоноидов: компьютерное моделирование и экспериментальные данные

Статья
2018 год

Igolkina A., Porozov Y.B., Chizhevskaya E.P., Andronov E.E. Structural insight into the role of mutual polymorphism and conservatism in the contact zone of the NFR5–K1 heterodimer with the Nod factor. Frontiers in Plant Science. 2018. Vol. 9. pp. 344.

Статья
2018 год

Kashkin V.A., Shekunova E.V., Titov M.I., Eliseev I.I., Gureev M.A., Porozov Y.B., Makarova M.N., Makarov V.G. A new tridecapeptide with an octaarginine vector has analgesic therapeutic potential and prevents morphine-induced tolerance. Peptides. 2018. Vol. 99. pp. 61-69.

Тезисы
2018 год

Антирадикальная активность флавоноидов

Учебник, учебное пособие
2018 год

Молекулярный докинг и его верификация в контексте виртуального скрининга

Статья
2017 год

Kuzmich N.N., Sivak K.V., Chubarev V.N., Porozov Y.B., Savateeva-Lyubimova T.N., Peri F. TLR4 signaling pathway modulators as potential therapeutics in inflammation and sepsis. Vaccines. 2017. Vol. 5. No. 4. pp. 34.

Статья
2017 год

Кадочников В.В., Шандыбина Н.Д., Князев С.Н., Порозов Ю.Б. Программа для ЭВМ "Бета-Твистер 1.0". Федеральная служба по интеллектуальной собственности. 2017. № 2017662295. С. 1.

Тезисы
2017 год

Develompent of the inhibitor of CIS protein by methods of Structure-Based Drug Design

Тезисы
2017 год

АЛГОРИТМ И МАТЕМАТИЧЕСКАЯ МОДЕЛЬ ДЛЯ ВЕРИФИКАЦИИ КРОСС-БЕТА АМИЛОИДНЫХ СТРУКТУР

Статья
2016 год

Lutsenko E., Knyazev S.N., Porozov Y.B. A New Approach for Modeling of Conformational Changes of Multi Chain Proteins. Procedia Computer Science. 2016. Vol. 101. pp. 58-67.

Статья
2015 год

Князев С.Н., Калякин В.Ю., Дерябин И.Н., Федоров Б.А., Смирнов А.В., Степанов Е.О., Порозов Ю.Б. Предсказание конформационной подвижности белков и оценка ее достоверности с помощью малоуглового рентгеновского рассеяния [Prediction of Protein Conformational Mobility and Evaluation of Its Reliability Using Small-Angle X-ray Scattering]. Биофизика [Biofizika]. 2015. Т. 60. № 6. С. 1069–1076.

Статья
2015 год

Tamazian G.S., Ho Chang J., Knyazev S., Stepanov E., Kim K., Porozov Y.B. Modeling conformational redox-switch modulation of human succinic semialdehyde dehydrogenase. Proteins: Structure, Function and Bioinformatics. 2015. Vol. 83. No. 12. pp. 2217-2229.

Статья
2015 год

Knyazev S.N., Kalyakin V.Y., Deryabin I.N., Fedorov B.A., Smirnov A.V., Stepanov E.O., Porozov Y.B. Prediction of protein conformational mobility with validation using small-angle X-ray scattering. Biophysics. 2015. Vol. 60. No. 6. pp. 886-892.

Тезисы
2015 год

Упорядочивание конформационных переходов белковых молекул по данным малоуглового рентгеновского рассеяния

Статья
2014 год

Koshevoy A.A., Stepanov E.O., Porozov Y.B. Method of prediction and optimization of conformational motion of proteins based on mass transportation principle. Biophysics. 2014. Vol. 59. No. 1. pp. 28-34.

Тезисы
2014 год

Моделирование подвижности белка SSADH с использованием градиентного спуска и эвристик

Часть издания
2014 год

The Evolutionary Space Model to be Used for the Metagenomic Analysis of Molecular and Adaptive Evolution in the Bacterial Communities. In P. Pontarotti Editor, “Evolutionary Biology: Genome Evolution, Speciation, Coevolution and Origin of Life”. Springer International Publishing Switzerland.

Статья
2014 год

Кошевой А.А., Степанов Е.О., Порозов Ю.Б. Метод предсказания и оптимизации конформационной подвижности белков путем решения транспортной задачи переноса массы [Method of prediction and optimization of conformational motion of proteins based on mass transportation principle]. Биофизика [Biofizika]. 2014. Т. 59. № 1. С. 37-44.

Часть издания
2014 год

Evolutionary Biology: Genome Evolution, Speciation, Coevolution and Origin of Life

Статья
2014 год

Buzdalov M., Knyazev S., Porozov Y. Protein Conformation Motion Modeling using sep-CMA-ES. Proceedings - 2014 13th International Conference on Machine Learning and Applications, ICMLA 2014. 2014. pp. 35-40.

Статья
2014 год

Pershina E.V., Dolnik A.S., Tamazyan G.S., Vyatkina K.V., Porozov Y.B., Pinaev A.G., Karimov S.O., Provorov N.A., Andronov E.E. The Evolutionary Space Model to be Used for the Metagenomic Analysis of Molecular and Adaptive Evolution in the Bacterial Communities. Evolutionary Biology: Genome Evolution, Speciation, Coevolution and Origin of Life. 2014. pp. 339-355.

Статья
2014 год

Knyazev S., Tarakanov S., Kuznetsov V., Porozov Y., Koucheryavy Y.A., Stepanov E. Coarse-grained model of protein interaction for bio-inspired nano-communication. Ultra Modern Telecommunications and Control Systems and Workshops (ICUMT), 2014 6th International Congress on. 2014. pp. 260-262.

Тезисы
2014 год

Моделирование подвижности белка SSADH с использованием градиентного спуска и эвристик

Тезисы
2014 год

Protein Inter-Conformational Movement Modeling Based on Mass Transportation Principle

Часть издания
2014 год

The Evolutionary Space Model to be Used for the Metagenomic Analysis of Molecular and Adaptive Evolution in the Bacterial Communities.

Тезисы
2013 год

Protein Inter-Conformational Movement Modeling Based on Mass Transportation Principle

Статья
2013 год

Спельников Д.М., Князев С.Н., Балахонцева М.А., Буздалов М.В., Порозов Ю.Б., Маслов В.Г., Бухановский А.В. Высокопроизводительный программный комплекс моделирования конформационно-зависимых свойств белков в задачах рационального дизайна лекарственных препаратов. Динамика сложных систем - XXI век. 2013. Т. 7. № 3. С. 12-16.

Статья
2013 год

Тамазян Г.С., Князев С.Н., Степанов Е.О., Порозов Ю.Б. Модель конформационной подвижности белка на основе принципа переноса масс. Информационные технологии и системы - 2013. 2013.

Статья
2013 год

Porozov Y.B., Semenov A.D., Shevnin A.S. PDB-by-RMSD: the New Service and Tool for Searching Protein Structures. American Journal of Bioinformatics Research. 2013. Vol. 3. No. 2. pp. 30-33.

Статья
2013 год

Иголкина А.А., Андронов Е.Е., Порозов Ю.Б. Метод поиска субстратспецифичных областей ферментов класса целлюлаз на основании их первичной и третичной структур [Method of Search for Substrate Specificity Regions in Cellulase Class Enzymes Based on their Primary and Tertiary Structures]. Математическая биология и биоинформатика [Mathematical Biology and Bioinformatics]. 2013. Т. 8. № 2. С. 407-418.

Статья
2013 год

Igolkina A.A., Andronov E.E., Porozov Y.B. Method of Search for Substrate Specificity Regions in Cellulase Class Enzymes Based on their Primary and Tertiary Structures. Mathematical Biology and Bioinformatics. 2013. Vol. 8. No. 2. pp.  t1-t11.

Статья
2013 год

Porozov Y.B., Muntyan A.N., Chizhevskaya E.P., Simarov B.V., Andronov E.E. Conjugate Symbiotic Populations Part II: Analysis of nfr5 Receptor Gene Polymorphisms Using Molecular Docking. Russian Journal of Genetics: Applied Research. 2013. Vol. 3. No. 2. pp. 146-151.

Статья
2013 год

Tikhvinskiy D.A., Porozov Y.B. Bioinformatics and tools for computer analysis and visualization of macromolecules. Russian Open Medical Journal. 2013. Vol. 2. No. 1. pp. 0101.

Статья
2013 год

Спельников Д.М., Порозов Ю.Б., Маслов В.Г., Бухановский А.В. Моделирование конформационно-зависимых свойств белков для рационального дизайна лекарственных препаратов в среде облачных вычислений CLAVIRE. Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики [Scientific and Technical Journal of Information Technologies, Mechanics and Optics]. 2013. № 5(87). С. 175-176.

Статья
2013 год

Никитин Т.А., Порозов Ю.Б. Программная система и информационный банк метаданных третичных структур белков. Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики [Scientific and Technical Journal of Information Technologies, Mechanics and Optics]. 2013. № 1(83). С. 94-99.

Учебник, учебное пособие
2012 год

Основы биоинформатики

Статья
2012 год

Порозов Ю.Б. Use of BioBlender for all atom morphing of protein structures. EMBNet.Journal. 2012. Vol. 18. pp. 124.

Статья
2012 год

Дольник А.С., Тамазян Г.С., Першина Е.В., Вяткина К.В., Порозов Ю.Б., Пинаев А.Г., Андронов Е.Е. Концепция универсальной таксономической системы бактерий: эволюционное пространство гена 16S-рРНК v. 1.0. Сельскохозяйственная биология [Sel'skokhozyaistvennaya Biologiya]. 2012. Т. 47. № 5. С. 112-120.

Статья
2012 год

Порозов Ю.Б. Сопряженные симбиотические популяции. Чаcть ii: анализ полиморфизма рецепторного гена nfr5 с использованием молекулярного докинга. Экологическая генетика. 2012. Т. 10. № 1. С. 12-18.

Тезисы
2012 год

ROLE OF A NEW RECEPTOR-LIKE KINASE K1 IN PEA-RHIZOBIUM SYMBIOSIS DEVELOPMENT

Учебник, учебное пособие
2012 год

Расширение языка PERL для решения задач биологии

Тезисы
2011 год

Метатаксономия для мегатеномики: a simplex problem

Тезисы
2011 год

Structural modeling of BCR-ABL drug resistance mutations

Тезисы
2011 год

Protein conformational movements modeling based on the average action principle

Статья
2011 год

Порозов Ю.Б. Применение вейвлет-преобразования к задаче поиска сайтов начала репликации в ДНК человека. Математическая биология и биоинформатика (Эл. ж-л). 2011. Т. 6. № 2.

Тезисы
2011 год

Elaboration of protein motion using Blender Game Engine

Статья
2011 год

Порозов Ю.Б. Применение вейвлет-преобразования к задаче поиска сайтов начала репликации в ДНК человека. Математическая биология и биоинформатика (Эл. ж-л). 2011. Т. 6. № 2.

Статья
2010 год

Порозов Ю.Б. Биоинформатика и средства компьютерного анализа и визуализации макромолекул. Саратовский научно-медицинский ж-л. 2010. Т. 6. № 2. С. 273-276.

Тезисы
2009 год

The problem of NMR model`s ordering. A physical mass-energy transfer model

Статья
2009 год

Порозов Ю.Б. BioBlender: Fast and Efficient All Atom Morphing of Proteins Using Blender Game Engine. Electronic journal arXiv.org. 2009. No. September.

Тезисы
2009 год

Вычисление оптимальной траектории перехода между конформациями белковых молекул

Статья
2008 год

Порозов Ю.Б. Using Blender for molecular animation and scientific representation. Proc. Blender Conference-2008. 2008.

Тезисы
2007 год

3D visualization of biomolecules: representation of surface properties

Тезисы
2007 год

Visualization of moving biomolecules: a new approach based on professional 3D animation software

Тезисы
2007 год

Visualization of biological processes using 3D animation

Тезисы
2007 год

Visualization and modeling of moving biomolecules: a new approach based on professional 3D animation software

Статья
2005 год

Порозов Ю.Б. G-beta-gamma-dependent and G-beta-gamma-independent basal activity of G protein-activated K+ channels. J. Biol. Chem. 2005. 2005. Vol. 280. No. 17. pp. 16685-16694.

Тезисы
2005 год

Биоинформатика – новая наука в системе медико-биологического образования

Тезисы
2004 год

G-beta-gamma-dependent and G-beta-gamma-independent basal activity in GIRK ion channels

Статья
2004 год

Порозов Ю.Б. G-alfa_i1 and G-alfa_i3 differentially interact with, and regulate, the G protein-activated K+ channel. J. Biol. Chem. 2004. Vol. 279. No. 17. pp. 17260-17268.

Тезисы
2003 год

Basal activity of GIRK channels includes G-beta-gamma-dependent and G-beta-gamma-independent components

Сборник
1999 год

Методика расчета концентрации гормонов в крови по набору тестов Bio-Rad с использованием ЭВМ

Статья
1998 год

Порозов Б.Ю., Порозов Ю.Б. Методика изучения фотореактивности изолированного сердца крысы. Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. 1998. Т. 125. № 6. С. 717-720.

Тезисы
1998 год

Устройство для демонстрации на ЭВМ аналоговых сигналов

Статья
1997 год

Порозов Ю.Б. Influence of He-Ne laser radiation of pacemaker on the frog`s heart function. Proc. SPIE, edited by Valery V. Tuchin. 1997. Vol. 3053. No. 160. pp. 160-171.

Автореферат
1997 год

Влияние гелий-неонового лазерного излучения на деятельность сердца

Тезисы
1996 год

Modification of the cardiac activity in He-Ne laser irradiation of the pacemaker

Статья
1996 год

Порозов Ю.Б. Influence of He-Ne laser radiation on the frog's heart. Proc. 12 Int. Congress "Laser 95". Ed. W. Waidelich, G. Staehler, R. Waidelich. 1996. pp. 495-498.

Тезисы
1995 год

Influence of He-Ne laser irradiation on frogs heart

Тезисы
1995 год

Changes in heart reaction to pacemaker region irradiation by He-Ne laser in different phases of the cardiac cycle

Тезисы
1995 год

Влияние низкоинтенсивного лазерного излучения на временную инамику гиподинамической депрессии в сердце амфибий

Тезисы
1995 год

Сhanges in photoreactivity of heart pacemaker in different phases of the cardiac cycle

Сборник
1994 год

Влияние гелий-неонового лазера на развитие гиподинамической депрессии в сердце лягушки

Тезисы
1994 год

Влияние низкоинтенсивного лазерного излучения на изолированное сердце амфибии

Тезисы
1993 год

Методика изучения влияния импульсного лазерного излучения на сердце

Статья
1993 год

Порозов Ю.Б. Автоматизированный комплекс для изучения влияния прерывистого лазерного излучения на изолированное сердце. Физиол. ж-л им. И.М. Сеченова. 1993. Т. 79. № 7. С. 118-122.

Повышение квалификации

Повышение квалификации
2019 год
Scientific Writing and Publishing online course

Германия, Штутгарт

Стажировка
2018 год
1st French-Israeli Workshop on Cheminformatics

Израиль

Конференция
2015 год
Участие в работе 23-й международной конференции "Интеллектуальные системы в молекулярной биологии" и 14-й европейской конференции по вычислительной биологии
23-ая международная конференция "Интеллектуальные системы в молекулярной биологии" и 14-й европейской конференции по вычислительной биологии

Ирландия, Дублин

Курсы повышения квалификации во внешней организации
2014 год
Повышение квалификации "Стратегический менеджмент и управление проектами"

Российская Федерация, Санкт-Петербург

Стажировка
2013 год
Стажировка

Корея, Республика, Тэгу

Стажировка
2011 год
Стажировка

США, Лос-Анжелес

Стажировка
2010 год
курс повышения квалификации "Управление высокотехнологичными проектами: от научной идеи к коммерческому продукту"

Российская Федерация, Санкт-Петербург

Стажировка
2008 год
Exploring Modular Protein Architecture

Германия, Хейдельберг