• Главная
  • Сергушичев Алексей Александрович

Сергушичев Алексей Александрович

Сергушичев Алексей Александрович

Должность: доцент

Подразделение: факультет информационных технологий и программирования

Уч. степень: кандидат технических наук

Наименование направления подготовки и (или) специальности:

Преподаваемые дисциплины в текущем учебном году:

  • Производственная, преддипломная / Senior Inernship
  • Производственная, научно-исследовательская работа
  • Производственная, научно-исследовательская / Research Internship
  • Производственная, научно-исследовательская работа / Research Work

Повышение квалификации:

1. Тренинг Управление проектами 2018 Российская Федерация Санкт-Петербург

Список трудов:

  1. Perepelina K.I., Klauzen P., Khudiakov A., Zlotina A.M., Fomicheva Y., Rudenko D., Gordeev M., Sergushichev A.A., Malashicheva A.B., Kostareva A.A. Generation of two iPSC lines (FAMRCi006-A and FAMRCi006-B) from patient with dilated cardiomyopathy and Emery–Dreifuss muscular dystrophy associated with genetic variant LMNAp.Arg527Pro.. Stem Cell Research. 2020. Vol. 43. pp. 101714. [Тип: Статья, Год: 2020]
  2. Gainullina A., Sergushichev A.A. Samuel Rohl, Urszula Rykaczewska, Till Seime, Bianca E Suur, Maria Gonzalez Diez, Jesper R Gadin, Anastasiia Gainullina, Alexey A Sergushichev, Robert Wirka, Mariette Lengquist, Malin Kronqvist, Otto Bergman, Jacob Odeberg, Jan HN Lindeman, Thomas Quertermous, Anders Hamsten, Per Eriksson, Ulf Hedin, Anton Razuvaev, Ljubica Perisic Matic Transcriptomic profiling of experimental arterial injury reveals new mechanisms and temporal dynamics in vascular healing response. JVS: Vascular Science. 2020. pp. 1-15. [Тип: Статья, Год: 2020]
  3. Dmitrieva R.I., Ivanova O.A., Lelyavina T.A., Galenko V.L., Ignatieva E.V., Komarova M.Y., Khromova N.V., Sitnikova M.Y., Sergushichev A.A., Kostareva A.A. Anaerobic threshold-based exercise training programme stimulates genes that control skeletal muscle differentiation and function in heart failure patients. Journal of Cachexia, Sarcopenia and Muscle. 2019. Vol. 10. No. 6. pp. 1431. [Тип: Статья, Год: 2019]
  4. Сборник материалов конференции СПИСОК-2019 [Тип: Тезисы, Год: 2019]
  5. Адаптивный многоуровневый подход Монте-Карло для задачи функционального анализа представленности генов // Сборник тезисов докладов конгресса молодых ученых. Электронное издание. [2019, электронный ресурс]. - Режим доступа: https://kmu.itmo.ru/digests/article/710 [Тип: Тезисы, Год: 2019]
  6. Сухов В.Д., Короткевич Г.В., Сергушичев А.А. Адаптивный многоуровневый подход Монте-Карло для задачи функционального анализа представленности генов // Сборник тезисов докладов конгресса молодых ученых. Электронное издание. - 2019 [Электронный ресурс]. - Режим доступа: https://kmu.itmo.ru/digests/article/710, своб. [Тип: Тезисы, Год: 2019]
  7. Algorithm for gene regulatory network inference recovers biological insights from large-scale gene expression data (Abstract/Program #1426). Presented at the 69th Annual Meeting of The American Society of Human Genetics, October 18, Houston. [Тип: Тезисы, Год: 2019]
  8. Internship guidance and methodological advice for foreign students of ITMO University: Student handbook. [Тип: Учебник, учебное пособие, Год: 2019]
  9. Ivanova O.A., Ignatieva E.V., Lelyavina T.A., Galenko V.L., Kiselev A.M., Sitnikova M.Y., Kostareva A.A., Dmitrieva R.I., Sergushichev A. Transcriptome sequencing revealed the upregulation of pathways that control regeneration and calcium handling in skeletal muscles of heart failure patients undergoing exercise rehabilitation program. European Journal of Heart Failure. 2019. Vol. 21. No. S1. pp. 578-579. [Тип: Статья, Год: 2019]
  10. Анализ транскриптома выявил влияние физических тренировок на молекулярные механизмы регуляции роста и метаболизма мышечной ткани у пациентов с ХСН [Тип: Тезисы, Год: 2019]
  11. Трезубов К.А., Сергушичев А.А. Разработка алгоритма для поиска соответствия атомов в биохимических реакциях. Сборник тезисов докладов конгресса молодых ученых (VIII Всероссийский конгресс молодых ученых, 15-19апреля 2019г.). Электронное издание. 2019. С. -. [Тип: Статья, Год: 2019]
  12. Pelgrom L.R., Patente T.A., Sergushichev A.A., Esaulova E., Otto F., Ozir-Fazalalikhan A., Van Der Zande H.J., Van Der Ham A.J., Van Der Stel S., Artyomov M.N., Everts B. LKB1 expressed in dendritic cells governs the development and expansion of thymus-derived regulatory T cells. Cell Research. 2019. Vol. 29. No. 5. pp. 406-419. [Тип: Статья, Год: 2019]
  13. Kiselev A., Vaz R., Knyazeva A., Sergushichev A.A., Dmitrieva R., Khudiakov A., Jorholt J., Smolina N.A., Sukhareva K., Fomicheva Y., Mikhaylov E.N., Mitrofanova L.B., Predeus A.V., Sjoberg G., Rudenko D., Sejersen T., Lindstrand A., Kostareva A.A. Truncating variant in MYOF gene is associated with limb-girdle type muscular dystrophy and cardiomyopathy. Frontiers in Genetics. 2019. Vol. 10. pp. 608. [Тип: Статья, Год: 2019]
  14. Zlotina A., Kiselev A., Sergushichev A., Parmon E., Kostareva A.A. Synemin expression profile during tissue-specific differentiation of mesenchymal stromal cells confirms its possible involvement in heart-hand syndrome. European Journal of Human Genetics. 2019. Vol. 27. No. Suppl.1. pp. 1008-1009. [Тип: Статья, Год: 2019]
  15. Dmitrieva R.I., Lelyavina T.A., Komarova M.Y., Galenko V.L., Ivanova O.A., Tikanova P.A., Khromova N., Golovkin A.S., Bortsova M.A., Sergushichev A.A., Sitnikova M.Y., Kostareva A.A. Skeletal muscle resident progenitor cells coexpress mesenchymal and myogenic markers and are not affected by chronic heart failure-induced dysregulations. Stem Cells International. 2019. pp. 5690345. [Тип: Статья, Год: 2019]
  16. Lelyavina T., Galenko V.L., Ivanova O.A., Komarova M.Y., Ignatieva E.V., Bortsova M.A., Yukina G.Y., Khromova N.V., Sitnikova M.Y., Kostareva A.A., Sergushichev A., Dmitrieva R.I. Clinical Response to Personalized Exercise Therapy in Heart Failure Patients with Reduced Ejection Fraction Is Accompanied by Skeletal Muscle Histological Alterations. International Journal of Molecular Sciences. 2019. Vol. 20. No. 21. pp. 5514. [Тип: Статья, Год: 2019]
  17. Исследование дифференциальной экспрессии и сигнальных путей в скелетной мускулатуре пациентов с ХСН после физической реабилитации [Тип: Тезисы, Год: 2019]
  18. Rare-event probability estimation in the functional gene set enrichment analysis [Тип: Тезисы, Год: 2019]
  19. Zlotina A., Kiselev A., Sergushichev A.A., Parmon E., Kostareva A.A. Rare case of ulnar-mammary-like syndrome with left ventricular tachycardia and lack of TBX3 mutation. Frontiers in Genetics. 2018. Vol. 9. pp. 209. [Тип: Статья, Год: 2018]
  20. Freylikhman O., Kiselev A., Kazakov S., Sergushichev A., Panferova Y., Tokarevich N., Kostareva A. Draft genome sequence of Coxiella burnetii historical strain Leningrad-2, isolated from blood of a patient with acute Q fever in Saint Petersburg, Russia. Genome announcements. 2018. Vol. 6. No. 3. pp. e01464-17. [Тип: Статья, Год: 2018]
  21. Isomurodov J.E., Sergushichev A., Korotkevich G. The Soft Vertex Classification for Active Module Identification Problem. не указано. 2018. pp. 1-20. [Тип: Статья, Год: 2018]
  22. Howard N.C., Marin N.D., Ahmed M., Rosa B.A., Martin J., Bambouskova M., Sergushichev A., Loginicheva E., Kurepina N., Rangel-Moreno J., Chen L., Kreiswirth B.N., Klein R.S., Balada-Llasat J., Torrelles J.B., Amarasinghe G.K., Mitreva M., Artyomov M.N., Hsu F.F., Mathema B., Khader S.A. Mycobacterium tuberculosis carrying a rifampicin drug resistance mutation reprograms macrophage metabolism through cell wall lipid changes. Nature Microbiology. 2018. Vol. 3. No. 10. pp. 1099-1108. [Тип: Статья, Год: 2018]
  23. Howard N.C., Marin N.D., Ahmed M., Rosa B.A., Martin J., Bambouskova M., Sergushichev A.A., Loginicheva E., Kurepina N., Rangel-Moreno J., Chen L., Kreiswirth B.N., Klein R.S., Balada-Llasat J., Torrelles J.B., Amarasinghe G.K., Mitreva M., Artyomov M.N., Hsu F.F., Mathema B., Khader S.A. Erratum to: Mycobacterium tuberculosis carrying a rifampicin drug resistance mutation reprograms macrophage metabolism through cell wall lipid changes (Nature Microbiology, (2018), 3, 10, (1099-1108), 10.1038/s41564-018-0245-0). Nature Microbiology. 2018. Vol. 3. No. 11. pp. 1327. [Тип: Статья, Год: 2018]
  24. Определение структуры генной регуляторной сети по профилям экспрессии генов [Тип: Тезисы, Год: 2018]
  25. Kiselev A., Vaz R., Knyazeva A., Khudiakov A., Tarnovskaya S., Liu J., Sergushichev A.A., Kazakov S.V., Frishman D., Smolina N.A., Pervunina T., Jorholt J., Sjoberg G., Vershinina T., Rudenko D., Arner A., Sejersen T., Lindstrand A., Kostareva A.A. De novo mutations in FLNC leading to early-onset restrictive cardiomyopathy and congenital myopathy. Human Mutation. 2018. Vol. 39. No. 9. pp. 1161-1172. [Тип: Статья, Год: 2018]
  26. Kostina A., Kiselev A., Bjorck H., Irtyuga O., Sergushichev A.A., Baranov Y., Eriksson P., Kostareva A., Malashicheva A. Notch signaling pathway is attenuated in aortic endothelial cells of patients with aortic pathologies associated with bicuspid aortic valve. Cardiovascular Research. 2018. Vol. 114. No. suppl.1. pp. S83. [Тип: Статья, Год: 2018]
  27. Bambouskova M., Gorvel L., Lampropoulou V., Sergushichev A.A., Loginicheva E., Johnson K., Korenfeld D., Mathyer M.E., Kim H., Huang L.H., Duncan D., Bregman H., Keskin A., Santeford A., Apte R.S., Sehgal R., Johnson B., Amarasinghe G.K., Soares M.P., Satoh T., Akira S., Hai T., Strong C.D., Auclair K., Roddy T.P., Biller S.A., Jovanovic M., Klechevsky E., Stewart K.M., Randolph G.J., Artyomov M.N. Electrophilic properties of itaconate and derivatives regulate the I kappa B zeta-ATF3 inflammatory axis. Nature. 2018. Vol. 556. No. 7702. pp. 501-504. [Тип: Статья, Год: 2018]
  28. Alexeev N., Isomurodov J., Korotkevich G., Sergushichev A. The Soft Vertex Classification for Active Module Identification Problem. bioRxiv. 2018. pp. 1-20. [Тип: Статья, Год: 2018]
  29. Kiselev A., Kornishina T., Sergushichev A., Smolina N., Klyushina A., Pervunina T., Bang M.L., Sjoberg G., Sejersen T., Kostareva A. New variant in CMYA5 gene is associated with early-onset restrictive cardiomyopathy and autism-spectrum disorder. Cardiovascular Research. 2018. Vol. 114. No. suppl.1. pp. S19. [Тип: Статья, Год: 2018]
  30. Science in a Competitive Format [Тип: Тезисы, Год: 2017]
  31. Ulland T.K., Song W., Huang S.C., Ulrich J.D., Sergushichev A.A., Beatty W.L., Loboda A.A., Zhou Y., Cairns N.J., Kambal A., Loginicheva E., Gilfillan S., Cella M., Virgin H.W., Unanue E.R., Wang Y., Artyomov M.N., Holtzman D.M., Colonna M. TREM2 Maintains Microglial Metabolic Fitness in Alzheimer's Disease. Cell. 2017. Vol. 170. No. 4. pp. 649-663.e13. [Тип: Статья, Год: 2017]
  32. Khudiakov A., Kostina D., Zlotina A., Yany N., Sergushichev A.A., Pervunina T., Tomilin A., Kostareva A.A., Malashicheva A.B. Generation of iPSC line from patient with arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy carrying mutations in PKP2 gene. Stem Cell Research. 2017. Vol. 24. pp. 85-88. [Тип: Статья, Год: 2017]
  33. Khudiakov A., Kostina D., Zlotina A., Nikulina T., Sergushichev A.A., Gudkova A., Tomilin A., Malashicheva A.B., Kostareva A.A. Generation of iPSC line from desmin-related cardiomyopathy patient carrying splice site mutation of DES gene. Stem Cell Research. 2017. Vol. 24. pp. 77-80. [Тип: Статья, Год: 2017]
  34. Isomurodov J.E., Loboda A.A., Sergushichev A.A. Ranking Vertices for Active Module Recovery Problem. Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics). 2017. Vol. 10252. pp. 75-84. [Тип: Статья, Год: 2017]
  35. Lu Q., Yokoyama C.C., Williams J.W., Baldridge M.T., Jin X., Desrochers B., Bricker T., Wilen C.B., Bagaitkar J., Loginicheva E., Sergushichev A., Kreamalmeyer D., Keller B.C., Zhao Y., Kambal A., Green D.R., Martinez J., Dinauer M.C., Holtzman M.J., Crouch E.C., Beatty W., Boon A.C., Zhang H., Randolph G.J., Artyomov M.N., Virgin H.W. Homeostatic Control of Innate Lung Inflammation by Vici Syndrome Gene Epg5 and Additional Autophagy Genes Promotes Influenza Pathogenesis. Cell Host and Microbe. 2016. Vol. 19. No. 1. pp. 102-113. [Тип: Статья, Год: 2016]
  36. Sergushichev A.A., Loboda A.A., Jha A.K., Vincent E.E., Driggers E.M., Jones R.G., Pearce E.J., Artyomov M.N. GAM: a web-service for integrated transcriptional and metabolic network analysis. Nucleic Acids Research. 2016. Vol. 44. No. 1. pp. W194-W200. [Тип: Статья, Год: 2016]
  37. Loboda A.A., Artyomov M.N., Sergushichev A.A. Solving generalized maximum-weight connected subgraph problem for network enrichment analysis. Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics). 2016. Vol. 9838. pp. 210-221. [Тип: Статья, Год: 2016]
  38. Izreig S., Samborska B., Johnson R.M., Sergushichev A., Ma E.H., Lussier C., Loginicheva E., Donayo A.O., Poffenberger M.C., Sagan S.M., Vincent E.E., Artyomov M.N., Duchaine T.F., Jones R.G. The miR-17 similar to 92 microRNA Cluster Is a Global Regulator of Tumor Metabolism. Cell Reports. 2016. Vol. 16. No. 7. pp. 1915-1928. [Тип: Статья, Год: 2016]
  39. Artyomov M.N., Sergushichev A., Schilling J. Integrating immunometabolism and macrophage diversity. Seminars in Immunology. 2016. Vol. 28. No. 5. pp. 417-424. [Тип: Статья, Год: 2016]
  40. Derr A.C., Yang C., Zilionis R., Sergushichev A.A., Blodgett D., Redick S., Bortell R., Luban J., Harlan В.M., Kadener S., Greiner D.L., Klein A., Artyomov M.N., Garber M. End Sequence Analysis Toolkit (ESAT) expands the extractable information from single-cell RNA-seq data. Genome Research. 2016. Vol. 26. No. 10. pp. 1397-1410. [Тип: Статья, Год: 2016]
  41. Lampropoulou V., Sergushichev A.A., Bambouskova M., Nair S., Vincent E.E., Loginicheva E., Cervantes-Barragan L., Ma X., Huang S., Griss T., Weinheimer C.J., Khader S.A., Randolph G.J., Pearce E.J., Jones R.G., Diwan A., Diamond M.S., Artyomov M.N. Itaconate Links Inhibition of Succinate Dehydrogenase with Macrophage Metabolic Remodeling and Regulation of Inflammation. Cell Metabolism. 2016. Vol. 24. No. 1. pp. 158–166. [Тип: Статья, Год: 2016]
  42. Vincent E.E., Sergushichev A.A., Griss T., Gingras M., Samborska B., Ntimbane T., Coelho P.P., Blagih J., Raissi T.C., Choiniere L., Bridon G., Loginicheva E., Flynn B.R., Thomas E.C., Tavare J.M., Avizonis D.Z., Pause A.P., Elder D.J., Artyomov M.N., Jones R.G. Mitochondrial Phosphoenolpyruvate Carboxykinase Regulates Metabolic Adaptation and Enables Glucose-Independent Tumor Growth. Molecular Cell. 2015. Vol. 60. No. 2. pp. 195-207. [Тип: Статья, Год: 2015]
  43. Glotov A.S., Kazakov S., Zhukova E.A., Alexandrov A., Glotov O.S., Pakin V.S., Danilova M.M., Poliakova I.V., Niyazova S.S., Chakova N.N., Komissarova S.M., Kurnikova E.A., Sarana A.M., Sherbak S.G., Sergushichev A., Shalyto A., Baranov V.S. Targeted next-generation sequencing (NGS) of nine candidate genes with custom AmpliSeq in patients and a cardiomyopathy risk group. Clinica Chimica Acta. 2015. Vol. 446. pp. 132-140. [Тип: Статья, Год: 2015]
  44. Jha A.K., Huang S.C., Sergushichev A.A., Lampropoulou V., Ivanova Y., Loginicheva E., Chmielewski K., Stewart K.M., Ashall J., Everts B., Pearce E.J., Driggers E.M., Artyomov M.N. Network integration of parallel metabolic and transcriptional data reveals metabolic modules that regulate macrophage polarization. Immunity. 2015. Vol. 42. No. 3. pp. 419-430. [Тип: Статья, Год: 2015]
  45. Сергушичев А.А., Царев Ф.Н. Сборка генома и технология MapReduce. Суперкомпьютеры. 2013. № 4 (12). С. 40-43. [Тип: Статья, Год: 2013]
  46. Aleksandrov A.V., Tsarev F.N., Kazakov S.V., Sergushichev A.A., Shalyto A.A. The use of evolutionary programming based on training examples for the generation of finite state machines for controlling objects with complex behavior. Journal of Computer and Systems Sciences International. 2013. Vol. 52. No. 3. pp. 410-425. [Тип: Статья, Год: 2013]
  47. Сергушичев А.А., Александров А.В., Казаков С.В., Царев Ф.Н., Шалыто А.А. Совместное применение графа де Брейна, графа перекрытий и микросборки для de novo сборки генома. Известия Саратовского университета. Новая серия. Серия: Математика. Механика. Информатика. 2013. Т. 13. № 2-2. С. 51–57. [Тип: Статья, Год: 2013]
  48. Bradnam K.R., Fass J.N., Alexandrov A., Baranay P., Bechner M., Birol I., Boisvert S., Chapman J.A., Chapuis G., Chikhi R., Chitsaz H., Chou W., Corbeil J., Del Fabbro C., Docking T.R., Durbin R., Earl D., Emrich S., Fedotov P., Fonseca N.A., Ganapathy G., Gibbs R.A., Gnerre S., Godzaridis E., Goldstein S., Haimel M., Hall G., Haussler D., Hiatt J.B., Ho I.Y., Howard J., Hunt M., Jackman S.D., Jaffe D.B., Jarvis E.D., Jiang H., Kersey P.J., Kazakov S., Kitzman J.O., Knight J.R., Koren S., Lam T., Lavenier D., Laviolette F., Li Z., Li Y., Liu B., Liu Y., Luo R., Maccallum I., Macmanes M.D., Maillet N., Melnikov S., Naquin D., Ning Z., Otto T.D., Paten B., Paulo O., Phillippy A.M., Pina-Martins F., Place M., Przybylski D., Qin X., Qu C., Ribeiro F.J., Richards S., Rokhsar D.S., Ruby J.G., Scalabrin S., Schatz M.C., Schwartz D.C., Sergushichev A., Sharpe T., Shaw T.I., Shendure J., Shi Y., Simpson J.T., Song H., Tsarev F., Vezzi F., Vicedomini R., Vieira B.M., Wang J., Worley K.C., Yin S., Yiu S., Yuan J., Zhang G., Zhang H., Zhou S., Korf I.F. Assemblathon 2: evaluating de novo methods of genome assembly in three vertebrate species. GigaScience. 2013. Vol. 2. No. 1. pp. 10. [Тип: Статья, Год: 2013]
  49. Александров А.В., Казаков С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н., Шалыто А.А. Применение эволюционного программирования на основе обучающих примеров для генерации конечных автоматов, управляющих объектами со сложным поведением. Известия Российской академии наук. Теория и системы управления. 2013. № 3. С. 85-100. [Тип: Статья, Год: 2013]
  50. Александров А.В., Казаков С.В., Мельников С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н. Метод сборки контигов геномных последовательностей на основе совместного применения графов Де Брюина и графов перекрытий. Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики. 2012. № 6(82). С. 93-98. [Тип: Статья, Год: 2012]
  51. Genetic Algorithm for Induction of Finite Automata with Continuous and Discrete Actions [Тип: Тезисы, Год: 2011]
  52. Александров А.В., Казаков С.В., Мельников С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н., Шалыто А.А. Метод исправления ошибок в наборе чтений нуклеотидной последовательности. Научно-технический вестник Санкт-Петербургского государственного университета информационных технологий, механики и оптики. 2011. № 5(75). С. 81-84. [Тип: Статья, Год: 2011]
  53. Aleksandrov A.V., Sergushichev A.A., Kazakov S.V., Tsarev F.N. Genetic algorithm for induction of finite automata with continuous and discrete output actions. Genetic and Evolutionary Computation Conference, GECCO'11 - Companion Publication. 2011. pp. 775-778. [Тип: Статья, Год: 2011]
  54. Александров А.В., Казаков С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н., Шалыто А.А. Генерация конечных автоматов для управления моделью беспилотного самолета. Научно-технический вестник Санкт-Петербургского государственного университета информационных технологий, механики и оптики. 2011. № 2(72). С. 3-11. [Тип: Статья, Год: 2011]